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Yorodumi- PDB-4zpi: Crystal Structure of HygX from Streptomyces hygroscopicus with ir... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zpi | ||||||
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Title | Crystal Structure of HygX from Streptomyces hygroscopicus with iron bound | ||||||
Components | Putative oxidase/hydroxylase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / double stranded beta helix | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptomyces hygroscopicus subsp. hygroscopicus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.504 Å | ||||||
Authors | McCulloch, K.M. / McCranie, E.K. / Sarwar, M. / Mathieu, J.L. / Gitschlag, B.L. / Du, Y. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2015 Title: Oxidative cyclizations in orthosomycin biosynthesis expand the known chemistry of an oxygenase superfamily. Authors: McCulloch, K.M. / McCranie, E.K. / Smith, J.A. / Sarwar, M. / Mathieu, J.L. / Gitschlag, B.L. / Du, Y. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4zpi.cif.gz | 205.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4zpi.ent.gz | 165.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4zpi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/4zpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/4zpi | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4xaaC 4xabC 4xacC 4xbzC 4xc9C 4xcaSC 4xcbC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28981.477 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces hygroscopicus subsp. hygroscopicus (bacteria) Gene: hygX / Plasmid: pET28a(+) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q2MFS1 #2: Chemical | ChemComp-FE2 / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.83 Å3/Da / Density % sol: 56.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 0.6 M succinic acid |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 1.739 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 22, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.739 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 40436 / % possible obs: 87.8 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 41.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 2.511 / Net I/av σ(I): 18.781 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 149043 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4XCA Resolution: 2.504→48.674 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.53 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 86.28 Å2 / Biso mean: 39.4574 Å2 / Biso min: 17.21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.504→48.674 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24
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