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Yorodumi- PDB-4xca: Crystal Structure of HygX from Streptomyces hygroscopicus with ni... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xca | |||||||||
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Title | Crystal Structure of HygX from Streptomyces hygroscopicus with nickel and 2-oxoglutarate bound | |||||||||
Components | oxidase/hydroxylase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / double stranded beta helix | |||||||||
Function / homology | Function and homology information q2cbj1_9rhob like domain / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta Similarity search - Domain/homology | |||||||||
Biological species | Streptomyces hygroscopicus subsp. hygroscopicus (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.295 Å | |||||||||
Authors | McCulloch, K.M. / McCranie, E.K. / Sarwar, M. / Mathieu, J.L. / Gitschlag, B.L. / Du, Y. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2015 Title: Oxidative cyclizations in orthosomycin biosynthesis expand the known chemistry of an oxygenase superfamily. Authors: McCulloch, K.M. / McCranie, E.K. / Smith, J.A. / Sarwar, M. / Mathieu, J.L. / Gitschlag, B.L. / Du, Y. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xca.cif.gz | 220.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xca.ent.gz | 176.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xca.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/4xca ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/4xca | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4xaaC 4xabC 4xacC 4xbzC 4xc9C 4xcbC 4zpiC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | biological unit is the same as asym. |
-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 28981.477 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces hygroscopicus subsp. hygroscopicus (bacteria) Gene: hygX / Plasmid: pET28a(+) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q2MFS1 |
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-Non-polymers , 5 types, 511 molecules
#2: Chemical | ChemComp-NI / #3: Chemical | ChemComp-AKG / #4: Chemical | ChemComp-TRS / | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 100 mM MES, 50 mM CsCl, 30% Jeffamine M-600. Sample was pre-incubated with 3 mM 2-oxoglutarate for 30 minutes. |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 9, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 7.3 % / Number: 168858 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Χ2: 2.59 / D res high: 2.95 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 23283 / % possible obs: 99.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 46741 / % possible obs: 96.1 % / Redundancy: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 32.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 1.265 / Net I/av σ(I): 21.085 / Net I/σ(I): 13.2 / Num. measured all: 204918 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.295→40.713 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.98 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 122.14 Å2 / Biso mean: 30.7862 Å2 / Biso min: 13.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.295→40.713 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29
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