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Yorodumi- PDB-4xbz: Crystal Structure of EvdO1 from Micromonospora carbonacea var. au... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xbz | ||||||
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Title | Crystal Structure of EvdO1 from Micromonospora carbonacea var. aurantiaca | ||||||
Components | EvdO1 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / double stranded beta helix | ||||||
Function / homology | Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / NICKEL (II) ION / EvdO1 Function and homology information | ||||||
Biological species | Micromonospora carbonacea (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | McCulloch, K.M. / McCranie, E.K. / Sarwar, M. / Mathieu, J.L. / Gitschlag, B.L. / Du, Y. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2015 Title: Oxidative cyclizations in orthosomycin biosynthesis expand the known chemistry of an oxygenase superfamily. Authors: McCulloch, K.M. / McCranie, E.K. / Smith, J.A. / Sarwar, M. / Mathieu, J.L. / Gitschlag, B.L. / Du, Y. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xbz.cif.gz | 504.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xbz.ent.gz | 410.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xbz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/4xbz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/4xbz | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4xaaC 4xabC 4xacC 4xc9C 4xcaC 4xcbC 4zpiC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | The biological unit is a dimer. There are 4 biological units in the asymmetric unit (chains A & B, chains C & D, chains E & F, and chains G & H). |
-Components
#1: Protein | Mass: 37588.465 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Micromonospora carbonacea (bacteria) / Strain: var. aurantiaca / Gene: evdO1 / Plasmid: pET28a(+) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A0M3KL03*PLUS #2: Chemical | ChemComp-NI / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | The authors state that the structure contains four dimers in the ASU and four partially ordered ...The authors state that the structure contains four dimers in the ASU and four partially ordered purification His tags, of which it is unclear what chain the tag belongs to. They are currently modeled as part of the polymer chains. | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.1 Details: 100 mM sodium citrate, 13% PEG8000, crystals soaked with 2 mM NiCl2 |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 4, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 7.7 % / Number: 462649 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Χ2: 1.95 / D res high: 2.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 60108 / % possible obs: 98.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 120971 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 1.019 / Net I/av σ(I): 15.212 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 456961 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.3→46.316 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 25.09 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 84.93 Å2 / Biso mean: 35.2407 Å2 / Biso min: 16.41 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→46.316 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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