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Yorodumi- PDB-4xcb: Crystal Structure of HygX from Streptomyces hygroscopicus with ni... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xcb | ||||||
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Title | Crystal Structure of HygX from Streptomyces hygroscopicus with nickel, 2-oxoglutarate, and hygromycin B bound | ||||||
Components | oxidase/hydroxylase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / double stranded beta helix | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptomyces hygroscopicus subsp. hygroscopicus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | McCulloch, K.M. / McCranie, E.K. / Sarwar, M. / Mathieu, J.L. / Gitschlag, B.L. / Du, Y. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2015 Title: Oxidative cyclizations in orthosomycin biosynthesis expand the known chemistry of an oxygenase superfamily. Authors: McCulloch, K.M. / McCranie, E.K. / Smith, J.A. / Sarwar, M. / Mathieu, J.L. / Gitschlag, B.L. / Du, Y. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xcb.cif.gz | 231.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xcb.ent.gz | 183.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xcb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4xcb_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4xcb_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | 4xcb_validation.xml.gz | 44.2 KB | Display | |
Data in CIF | 4xcb_validation.cif.gz | 62 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/4xcb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/4xcb | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4xaaC 4xabC 4xacC 4xbzC 4xc9C 4xcaSC 4zpiC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | biological unit is the same as asym. |
-Components
#1: Protein | Mass: 29363.971 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces hygroscopicus subsp. hygroscopicus (bacteria) Gene: hygX / Plasmid: pET28a(+) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q2MFS1 #2: Chemical | ChemComp-NI / #3: Chemical | ChemComp-AKG / #4: Chemical | ChemComp-HY0 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.14 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.3 / Details: 100 mM MES, 18% PEG20000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 17, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. obs: 126988 / % possible obs: 86.3 % / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 15.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 1.302 / Net I/av σ(I): 25.668 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 461160 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4XCA Resolution: 1.6→35.352 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 27.71 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 66.64 Å2 / Biso mean: 22.3972 Å2 / Biso min: 6.79 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.6→35.352 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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