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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ega | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Pellino2 FHA Domain at 1.8 Angstroms resolution | ||||||
![]() | Protein pellino homolog 2 | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / Pellino / FHA Domain / E3 ubiquitin ligase / substrate binding domain / Phosphoprotein | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of Toll signaling pathway / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / RING-type E3 ubiquitin transferase / Interleukin-1 signaling / positive regulation of protein phosphorylation / protein polyubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction ...regulation of Toll signaling pathway / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / RING-type E3 ubiquitin transferase / Interleukin-1 signaling / positive regulation of protein phosphorylation / protein polyubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ferguson, K.M. / Lin, C. / Schmitz, K.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Pellino proteins contain a cryptic FHA domain that mediates interaction with phosphorylated IRAK1. 著者: Lin, C.C. / Huoh, Y.S. / Schmitz, K.R. / Jensen, L.E. / Ferguson, K.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 437.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29319.123 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 15-275, FHA domain / 変異: V61M, L232M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M sodium acetate, 26.4% w/v PEG 2000 MME, 0.2 M ammonium sulfate, pH 5.5, vapor diffusion, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月5日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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Reflection | 冗長度: 8.2 % / Av σ(I) over netI: 37.26 / 数: 221150 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 3.47 / D res high: 1.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 27082 / % possible obs: 98.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 27082 / Num. obs: 27082 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 3.469 / Net I/σ(I): 37.257 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 2345 / Χ2: 0.881 / % possible all: 86.9 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 54.52 Å2 / Biso mean: 25.985 Å2 / Biso min: 6.96 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→43.07 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.843 Å / Total num. of bins used: 20
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