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Yorodumi- PDB-6zbn: HIF Prolyl Hydroxylase 2 (PHD2/EGLN1) in complex with tert-butyl ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6zbn | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | HIF Prolyl Hydroxylase 2 (PHD2/EGLN1) in complex with tert-butyl 6-(5-hydroxy-4-(1H-1,2,3-triazol-1-yl)-1H-pyrazol-1-yl)nicotinate (IOX4) | |||||||||
Components | Egl nine homolog 1 | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Inhibitor / Complex / IOX4 / HIF / PHD2 / Hypoxia | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationpeptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / negative regulation of hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / peptidyl-proline dioxygenase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / regulation of modification of postsynaptic structure / labyrinthine layer development / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity ...peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / negative regulation of hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / peptidyl-proline dioxygenase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / regulation of modification of postsynaptic structure / labyrinthine layer development / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / heart trabecula formation / cardiac muscle tissue morphogenesis / L-ascorbic acid binding / response to nitric oxide / ventricular septum morphogenesis / regulation of angiogenesis / enzyme inhibitor activity / regulation of neuron apoptotic process / ferrous iron binding / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / cellular response to hypoxia / intracellular iron ion homeostasis / response to hypoxia / postsynaptic density / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.01 Å | |||||||||
Authors | Figg Jr, W.D. / McDonough, M.A. / Nakashima, Y. / Schofield, C.J. | |||||||||
| Funding support | United Kingdom, 2items
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Citation | Journal: Chemmedchem / Year: 2021Title: Structural Basis of Prolyl Hydroxylase Domain Inhibition by Molidustat. Authors: Figg Jr., W.D. / McDonough, M.A. / Chowdhury, R. / Nakashima, Y. / Zhang, Z. / Holt-Martyn, J.P. / Krajnc, A. / Schofield, C.J. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 6zbn.cif.gz | 696.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6zbn.ent.gz | 591.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6zbn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6zbn_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6zbn_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
| Data in XML | 6zbn_validation.xml.gz | 44.9 KB | Display | |
| Data in CIF | 6zbn_validation.cif.gz | 61.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/6zbn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/6zbn | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6zboC ![]() 3hqrS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 25464.955 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: EGLN1, C1orf12, PNAS-118, PNAS-137 / Production host: ![]() References: UniProt: Q9GZT9, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase #2: Chemical | ChemComp-QEE / ~{ #3: Chemical | ChemComp-MN / #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 49 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.15M Potassium thiocyanate pH 7, 20.5% PEG 3350, Sitting Drop (300 nL), protein-to-well ratio, 2:1, 298K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 26, 2019 | ||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: M / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.01→76.76 Å / Num. obs: 97320 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 46.843 Å2 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 666214 | ||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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| Phasing MR |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3HQR Resolution: 2.01→19.97 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.36 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 172.75 Å2 / Biso mean: 74.1576 Å2 / Biso min: 35.22 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.01→19.97 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United Kingdom, 2items
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