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- PDB-6zbn: HIF Prolyl Hydroxylase 2 (PHD2/EGLN1) in complex with tert-butyl ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6zbn | |||||||||
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Title | HIF Prolyl Hydroxylase 2 (PHD2/EGLN1) in complex with tert-butyl 6-(5-hydroxy-4-(1H-1,2,3-triazol-1-yl)-1H-pyrazol-1-yl)nicotinate (IOX4) | |||||||||
![]() | Egl nine homolog 1 | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Inhibitor / Complex / IOX4 / HIF / PHD2 / Hypoxia | |||||||||
Function / homology | ![]() hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / peptidyl-proline dioxygenase activity / peptidyl-proline hydroxylation to 4-hydroxy-L-proline / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / cardiac muscle tissue morphogenesis ...hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / peptidyl-proline dioxygenase activity / peptidyl-proline hydroxylation to 4-hydroxy-L-proline / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / cardiac muscle tissue morphogenesis / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / heart trabecula formation / regulation of modification of postsynaptic structure / L-ascorbic acid binding / response to nitric oxide / ventricular septum morphogenesis / regulation of angiogenesis / ferrous iron binding / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to hypoxia / intracellular iron ion homeostasis / postsynaptic density / response to hypoxia / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Figg Jr, W.D. / McDonough, M.A. / Nakashima, Y. / Schofield, C.J. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural Basis of Prolyl Hydroxylase Domain Inhibition by Molidustat. Authors: Figg Jr., W.D. / McDonough, M.A. / Chowdhury, R. / Nakashima, Y. / Zhang, Z. / Holt-Martyn, J.P. / Krajnc, A. / Schofield, C.J. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 44.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 61.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6zboC ![]() 3hqrS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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6 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 25464.955 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9GZT9, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase #2: Chemical | ChemComp-QEE / ~{ #3: Chemical | ChemComp-MN / #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 49 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.15M Potassium thiocyanate pH 7, 20.5% PEG 3350, Sitting Drop (300 nL), protein-to-well ratio, 2:1, 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 26, 2019 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: M / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.01→76.76 Å / Num. obs: 97320 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 46.843 Å2 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 666214 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3HQR Resolution: 2.01→19.97 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.36 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 172.75 Å2 / Biso mean: 74.1576 Å2 / Biso min: 35.22 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.01→19.97 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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