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- PDB-6zbn: HIF Prolyl Hydroxylase 2 (PHD2/EGLN1) in complex with tert-butyl ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zbn
タイトルHIF Prolyl Hydroxylase 2 (PHD2/EGLN1) in complex with tert-butyl 6-(5-hydroxy-4-(1H-1,2,3-triazol-1-yl)-1H-pyrazol-1-yl)nicotinate (IOX4)
要素Egl nine homolog 1
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Inhibitor / Complex / IOX4 / HIF / PHD2 / Hypoxia
機能・相同性
機能・相同性情報


hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / peptidyl-proline dioxygenase activity / peptidyl-proline hydroxylation to 4-hydroxy-L-proline / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity ...hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / peptidyl-proline dioxygenase activity / peptidyl-proline hydroxylation to 4-hydroxy-L-proline / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / cardiac muscle tissue morphogenesis / heart trabecula formation / regulation of modification of postsynaptic structure / L-ascorbic acid binding / response to nitric oxide / ventricular septum morphogenesis / regulation of angiogenesis / ferrous iron binding / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to hypoxia / intracellular iron ion homeostasis / postsynaptic density / response to hypoxia / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / MYND finger / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger MYND-type profile. / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-QEE / Egl nine homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Figg Jr, W.D. / McDonough, M.A. / Nakashima, Y. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
Cancer Research UK 英国
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2021
タイトル: Structural Basis of Prolyl Hydroxylase Domain Inhibition by Molidustat.
著者: Figg Jr., W.D. / McDonough, M.A. / Chowdhury, R. / Nakashima, Y. / Zhang, Z. / Holt-Martyn, J.P. / Krajnc, A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2020年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / pdbx_contact_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22021年12月8日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Egl nine homolog 1
B: Egl nine homolog 1
C: Egl nine homolog 1
D: Egl nine homolog 1
E: Egl nine homolog 1
F: Egl nine homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,18119
ポリマ－152,7906
非ポリマー2,39213
水5,188288
1
A: Egl nine homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8483
ポリマ－25,4651
非ポリマー3832
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Egl nine homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8483
ポリマ－25,4651
非ポリマー3832
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Egl nine homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9404
ポリマ－25,4651
非ポリマー4753
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Egl nine homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8483
ポリマ－25,4651
非ポリマー3832
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Egl nine homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8483
ポリマ－25,4651
非ポリマー3832
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Egl nine homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8483
ポリマ－25,4651
非ポリマー3832
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.062, 75.472, 127.555
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.040, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Egl nine homolog 1 / Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HIF-PH2 / HIF-prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl ...Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HIF-PH2 / HIF-prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing protein 2 / PHD2 / SM-20


分子量: 25464.955 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGLN1, C1orf12, PNAS-118, PNAS-137 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9GZT9, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase
#2: 化合物
ChemComp-QEE / ~{tert}-butyl 6-[5-oxidanyl-4-(1,2,3-triazol-1-yl)pyrazol-1-yl]pyridine-3-carboxylate / tert-butyl 6-(5-hydroxy-4-(1H-1,2,3-triazol-1-yl)-1H-pyrazol-1-yl)nicotinate


分子量: 328.326 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H16N6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.15M Potassium thiocyanate pH 7, 20.5% PEG 3350, Sitting Drop (300 nL), protein-to-well ratio, 2:1, 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月26日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→76.76 Å / Num. obs: 97320 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 46.843 Å2 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 666214
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.01-2.046.613184148500.7261.87498.8
5.45-76.827.143.73568950290.0120.03299.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.9 Å127.06 Å
Translation4.9 Å127.06 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1-4122-000精密化
xia20.5.900データ削減
DIALS1.14.11データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
Coot0.9.3モデル構築
MolProbityモデル構築
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HQR

3hqr


解像度: 2.01→19.97 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2299 4821 4.97 %
Rwork0.2052 92131 -
obs0.2064 96952 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 172.75 Å2 / Biso mean: 74.1576 Å2 / Biso min: 35.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.01→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9348 0 259 288 9895
Biso mean--58.18 57.11 -
残基数----1196
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.01-2.030.38051600.373026318698
2.03-2.060.38471650.358330083173100
2.06-2.080.37971680.35553065323399
2.08-2.110.32881390.33623034317399
2.11-2.130.37051380.318330803218100
2.13-2.160.36951380.297130843222100
2.16-2.190.31191570.291930643221100
2.19-2.230.31631630.275130373200100
2.23-2.260.30221380.26973085322399
2.26-2.30.27071630.25243029319299
2.3-2.340.2911520.250430783230100
2.34-2.380.27441570.239730733230100
2.38-2.430.27151580.23830493207100
2.43-2.480.2461430.236430463189100
2.48-2.530.25291660.228130813247100
2.53-2.590.26691950.240330193214100
2.59-2.650.26441700.241130823252100
2.65-2.730.27541710.233530213192100
2.73-2.810.27911380.242431163254100
2.81-2.90.27461870.22730503237100
2.9-30.30361860.239730493235100
3-3.120.27421940.239230493243100
3.12-3.260.26281560.223831043260100
3.26-3.430.21941770.217730643241100
3.43-3.640.23781710.20930673238100
3.64-3.920.19431700.19230853255100
3.92-4.320.17071680.158731103278100
4.32-4.930.1651550.140131233278100
4.93-6.180.17171500.171831333283100
6.18-19.970.22151280.181232203348100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6146-0.03610.09930.24830.03070.09830.76931.2448-0.1274-0.9308-0.0383-0.6904-0.18690.57610.02720.7993-0.00890.03570.75070.07980.571934.23861.273126.8156
20.8482-0.1906-0.69541.02920.15410.7241-0.08180.09730.20510.34610.1997-0.78440.01930.535200.592-0.0222-0.09390.5983-0.06860.633843.6715-7.390442.4948
32.5709-0.1091-1.20680.66480.71.2316-0.0447-0.22650.07260.42440.1389-0.4964-0.02220.1874-00.6794-0.026-0.09250.4961-0.02520.539736.9368-1.658947.5909
41.94910.4703-0.00232.00360.77362.50460.00250.1005-0.05680.19250.1108-0.15840.28440.055500.5418-0.0147-0.04510.42310.01980.4431.0219-10.358940.6028
50.29060.2750.00210.3270.14840.247-0.19340.64410.2169-0.4446-0.2625-0.321-0.97590.1859-0.00010.6950.0307-0.05790.6442-0.04850.489125.8163-16.783627.4963
61.33570.9151-0.42680.94860.31971.4712-0.00330.2523-0.13010.18610.2171-0.30250.29090.0966-00.53680.0158-0.08190.4624-0.0170.461932.6756-12.731837.9339
70.6762-0.1127-0.22510.2932-0.01750.07930.1045-0.4025-0.13430.4662-0.58320.5491-0.27870.4035-00.72780.00570.08730.59990.06990.750114.10811.937647.0698
80.00510.0087-0.01210.00920.00750.0678-0.1453-1.06760.2237-0.0177-0.18641.54870.0395-1.17110.00031.0955-0.03090.30980.7794-0.02310.9927-5.5721-18.442868.2996
91.0250.52750.23150.57450.79271.41630.1954-0.16020.22280.24510.16351.1107-0.1496-0.6458-0.00010.89430.09910.44630.6920.11711.2034-7.243-10.234555.6035
100.4611-0.046-0.21780.338-0.2470.2724-0.0540.16081.12860.92090.02840.3978-0.7846-0.80650.00011.09410.10960.26040.69380.03451.1589-0.63944.126250.69
110.13410.05780.01950.27830.29760.30870.2031-0.34580.03780.207-0.17820.3885-0.1171-0.39980.00041.2296-0.0040.51830.7394-0.06130.9796-1.6141-6.042863.254
120.2568-0.0597-0.11390.0510.06120.14030.4587-0.44230.23180.8492-0.178-0.6988-0.29110.44890.00011.0239-0.05670.13070.6397-0.01950.8339.6963-12.612862.6068
131.13190.6182-1.21651.184-0.37281.32260.01750.22630.14150.17770.11181.1056-0.2572-0.325500.60980.0770.20760.57470.06440.9674-1.564-11.053645.1324
140.156-0.0054-0.05480.12560.18430.41740.5284-0.93280.45390.7530.19050.49940.7066-0.25450.00030.71810.01780.05840.5867-0.01130.8472.0568-26.142444.9334
150.24660.32880.34031.1997-0.52741.32320.0290.0989-0.0813-0.05760.15970.7675-0.0598-0.206400.65590.0140.1580.54680.02960.9126-2.2294-16.395447.0899
161.28550.1522-0.99711.80850.56581.00050.2335-0.36110.13710.7803-0.10930.4562-0.15340.179200.8606-0.03020.15920.57010.0770.599712.6921-6.859554.0106
170.151-0.16680.07540.22580.0620.37560.0521.1707-0.0964-0.77370.01270.91490.2045-0.2152-00.7051-0.0472-0.1540.9830.01230.8354-10.4886-48.173422.5718
180.366-0.03840.5020.5045-0.54651.0006-0.0629-0.5837-0.1050.87730.03260.35460.0439-0.725400.8135-0.02430.23070.7570.05810.989-14.8463-47.481748.3273
190.9783-0.2080.88321.4421-0.17820.78650.17410.4559-0.5907-0.1293-0.09660.73520.5863-0.254700.6197-0.0362-0.07060.6347-0.0560.8966-6.1957-56.01831.5973
201.19470.99480.44880.9162-0.00082.8127-0.15450.12290.26850.17860.12630.6673-0.4002-0.2156-00.4717-0.00460.0880.59170.03390.825-6.3548-38.906838.3261
211.34660.11120.17322.1729-0.98391.5218-0.00430.35560.24480.11250.04130.6321-0.47360.0722-00.4596-0.05430.01210.63050.05940.756-4.9518-38.483532.4276
220.5135-0.02180.09660.35010.24770.1946-0.13120.1018-0.32120.2398-0.1457-0.01240.1867-0.1005-00.65640.0275-0.01360.6329-0.0880.666912.2482-56.969438.2998
230.0758-0.037-0.07880.00160.03520.06270.1673-0.1907-0.4366-0.1192-0.0661-0.8201-0.33182.264801.072-0.0713-0.14371.24180.03750.734435.5245-45.476361.3077
242.65790.6193-0.0912.1337-0.8582.18410.0753-0.1149-0.29050.23350.0071-0.44470.10480.2432-00.5496-0.0076-0.08330.4780.00240.534131.8779-51.086245.4716
252.59490.5987-0.00993.73770.36463.03230.0896-0.07590.1073-0.0166-0.0351-0.1305-0.3130.063500.50280.0361-0.03740.4187-0.00770.40326.7056-43.341544.5005
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285.10210.7294-4.57780.6949-1.7876.2687-0.2604-0.1303-0.2651-0.4855-0.64680.08980.2459-0.5315-1.29080.28770.1164-0.80051.45190.68111.2591-17.1213-16.1645.9372
290.09570.11570.04140.11520.05780.0603-0.3428-0.0009-0.1247-0.496-0.30120.1260.6282-0.349601.0187-0.0191-0.31761.13240.16311.0351-7.5941-22.58242.448
300.6136-0.403-0.7610.23870.48470.86760.29390.26670.6446-0.31030.09930.3518-0.2634-0.2964-01.01420.0619-0.24761.0070.42831.06720.5966-5.32336.0019
310.66970.26280.49661.82941.26911.4968-0.16970.21580.3075-0.25770.18360.7510.1896-0.4738-00.639-0.0032-0.19410.88180.30410.9318-4.3006-19.140817.3026
320.4537-0.1919-0.04410.86050.60131.51330.24660.340.5056-0.10170.06410.3726-0.1602-0.261900.60110.0228-0.11060.80690.25370.8662-1.8909-14.576120.4475
330.1764-0.1320.02490.0885-0.03540.07260.15340.17840.6675-0.59220.5723-0.06190.12870.34320.00010.8273-0.1067-0.0441.07420.29550.697517.4236-16.31452.609
340.01160.0359-0.0150.0648-0.04050.02590.44210.5367-0.4486-0.0944-0.4485-0.7070.11170.7474-01.3338-0.0190.09860.9776-0.36551.123529.093-48.41584.2636
351.61240.17020.87451.28070.07871.7213-0.00940.7186-0.2118-0.70370.0302-0.45520.00560.6831-00.8221-0.12690.14991.0505-0.09740.560633.2444-30.52625.5828
361.6827-1.4296-0.00021.7577-0.18940.0686-0.35610.8145-0.7768-1.26290.41260.22290.36950.94090.15941.0124-0.20080.13791.4273-0.2470.367729.164-35.7024-1.2515
371.6388-0.6662-0.3472.43720.05221.4893-0.03160.4764-0.102-0.37720.08490.0231-0.01110.193300.5826-0.1002-0.00840.7864-0.04330.414926.1909-29.196912.1348
381.195-1.01840.43872.2434-0.54091.89040.0610.4005-0.1648-0.03730.0887-0.08780.21940.316300.5913-0.08840.01810.7081-0.06720.410427.2381-32.214717.0185
390.1306-0.02-0.05740.09150.0790.07980.22330.8621-0.3987-1.02690.2230.22990.0177-0.6471-0.00010.8874-0.0374-0.2431.0650.04170.60487.1977-25.82121.9417
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 189 through 205 )A189 - 205
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 206 through 230 )A206 - 230
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 231 through 283 )A231 - 283
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 284 through 342 )A284 - 342
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 343 through 353 )A343 - 353
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 354 through 391 )A354 - 391
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 392 through 406 )A392 - 406
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 187 through 197 )D187 - 197
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 198 through 231 )D198 - 231
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 232 through 266 )D232 - 266
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 267 through 283 )D267 - 283
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 284 through 297 )D284 - 297
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 298 through 342 )D298 - 342
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 343 through 353 )D343 - 353
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 354 through 382 )D354 - 382
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 383 through 405 )D383 - 405
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 189 through 215 )B189 - 215
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 216 through 266 )B216 - 266
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 267 through 297 )B267 - 297
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 298 through 342 )B298 - 342
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 343 through 391 )B343 - 391
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 392 through 406 )B392 - 406
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 184 through 197 )C184 - 197
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 198 through 266 )C198 - 266
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 267 through 391 )C267 - 391
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 392 through 405 )C392 - 405
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 189 through 215 )E189 - 215
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 216 through 229 )E216 - 229
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 230 through 266 )E230 - 266
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 267 through 297 )E267 - 297
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 298 through 342 )E298 - 342
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 343 through 392 )E343 - 392
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 393 through 406 )E393 - 406
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 188 through 197 )F188 - 197
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 198 through 266 )F198 - 266
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 267 through 283 )F267 - 283
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 284 through 342 )F284 - 342
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 343 through 391 )F343 - 391
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 392 through 405 )F392 - 405

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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