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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xbp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human 4E10 Fab crystalized in the presence of Phosphatidylethanolamine (06:0 PE) | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / human 4E10 Fab anti HIV-1 gp41 / membrane lipids / Phosphatidylethanolamine | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å | ||||||
データ登録者 | Irimia, A. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2016 タイトル: Crystallographic Identification of Lipid as an Integral Component of the Epitope of HIV Broadly Neutralizing Antibody 4E10. 著者: Irimia, A. / Sarkar, A. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4xbp.cif.gz | 328.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4xbp.ent.gz | 263.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4xbp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4xbp_validation.pdf.gz | 494.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4xbp_full_validation.pdf.gz | 507.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4xbp_validation.xml.gz | 57.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4xbp_validation.cif.gz | 78.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/4xbp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/4xbp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23395.850 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pDR12 / 細胞株 (発現宿主): 293 Freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 抗体 | 分子量: 24180.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pDR12 / 細胞株 (発現宿主): 293 Freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: Sitting drops contain 4E10 Fab at 10 mg/ml, 10 mM Phosphatidylethanolamine (06:0 PE) sample stock mixed (1:1 ratio) with reservoir solution of 20% PEG 6000, 0.1M Tris, pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03323 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03323 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.94→49.159 Å / Num. obs: 33714 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rsym value: 0.178 / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.94→3 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.594 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 94.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2FX7 解像度: 2.94→49.159 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.81 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.94→49.159 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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