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- PDB-4xbp: Crystal structure of human 4E10 Fab crystalized in the presence o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xbp
タイトルCrystal structure of human 4E10 Fab crystalized in the presence of Phosphatidylethanolamine (06:0 PE)
要素
  • 4E10 FAB LIGHT CHAIN
  • 4E10 Fab heavy chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / human 4E10 Fab anti HIV-1 gp41 / membrane lipids / Phosphatidylethanolamine
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Irimia, A. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI084817 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2016
タイトル: Crystallographic Identification of Lipid as an Integral Component of the Epitope of HIV Broadly Neutralizing Antibody 4E10.
著者: Irimia, A. / Sarkar, A. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A.
履歴
登録2014年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: 4E10 FAB LIGHT CHAIN
H: 4E10 Fab heavy chain
B: 4E10 FAB LIGHT CHAIN
A: 4E10 Fab heavy chain
D: 4E10 FAB LIGHT CHAIN
C: 4E10 Fab heavy chain
F: 4E10 FAB LIGHT CHAIN
E: 4E10 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,3969
ポリマ－190,3048
非ポリマー921
水1,802100
1
L: 4E10 FAB LIGHT CHAIN
H: 4E10 Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5762
ポリマ－47,5762
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19600 Å2
手法PISA
2
B: 4E10 FAB LIGHT CHAIN
A: 4E10 Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5762
ポリマ－47,5762
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19460 Å2
手法PISA
3
D: 4E10 FAB LIGHT CHAIN
C: 4E10 Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5762
ポリマ－47,5762
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19150 Å2
手法PISA
4
F: 4E10 FAB LIGHT CHAIN
E: 4E10 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6683
ポリマ－47,5762
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.426, 111.744, 146.196
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体
4E10 FAB LIGHT CHAIN


分子量: 23395.850 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pDR12 / 細胞株 (発現宿主): 293 Freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
4E10 Fab heavy chain


分子量: 24180.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pDR12 / 細胞株 (発現宿主): 293 Freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: Sitting drops contain 4E10 Fab at 10 mg/ml, 10 mM Phosphatidylethanolamine (06:0 PE) sample stock mixed (1:1 ratio) with reservoir solution of 20% PEG 6000, 0.1M Tris, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03323 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03323 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→49.159 Å / Num. obs: 33714 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rsym value: 0.178 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.94→3 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.594 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2FX7

2fx7


解像度: 2.94→49.159 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2713 1688 5.02 %Random selection
Rwork0.228 ---
obs0.2303 33632 91.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.94→49.159 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12858 0 6 100 12964
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00313236
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73718059
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.794619
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0282080
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042344
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.94-3.02570.40321340.32562475X-RAY DIFFRACTION86
3.0257-3.12340.34851360.30072747X-RAY DIFFRACTION95
3.1234-3.2350.31441540.27922693X-RAY DIFFRACTION94
3.235-3.36450.31121420.27052729X-RAY DIFFRACTION94
3.3645-3.51760.33241450.25552720X-RAY DIFFRACTION94
3.5176-3.7030.28631410.24012660X-RAY DIFFRACTION93
3.703-3.93490.30711460.22952683X-RAY DIFFRACTION93
3.9349-4.23850.25911410.21112700X-RAY DIFFRACTION93
4.2385-4.66480.20181280.17972666X-RAY DIFFRACTION92
4.6648-5.33910.23791460.18172670X-RAY DIFFRACTION91
5.3391-6.7240.22811410.20452629X-RAY DIFFRACTION90
6.724-49.16610.20021340.19612572X-RAY DIFFRACTION87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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