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Yorodumi- PDB-4xaa: Crystal Structure of AviO1 from Streptomyces viridochromogenes Tue57 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xaa | ||||||
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Title | Crystal Structure of AviO1 from Streptomyces viridochromogenes Tue57 | ||||||
Components | Putative oxygenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / double stranded beta helix | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptomyces viridochromogenes Tue57 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | McCulloch, K.M. / McCranie, E.K. / Sarwar, M. / Mathieu, J.L. / Gitschlag, B.L. / Du, Y. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2015 Title: Oxidative cyclizations in orthosomycin biosynthesis expand the known chemistry of an oxygenase superfamily. Authors: McCulloch, K.M. / McCranie, E.K. / Smith, J.A. / Sarwar, M. / Mathieu, J.L. / Gitschlag, B.L. / Du, Y. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xaa.cif.gz | 58.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xaa.ent.gz | 40.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xaa.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4xaa_validation.pdf.gz | 420.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4xaa_full_validation.pdf.gz | 421.6 KB | Display | |
Data in XML | 4xaa_validation.xml.gz | 10.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4xaa_validation.cif.gz | 13.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/4xaa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/4xaa | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4xabC 4xacC 4xbzC 4xc9C 4xcaC 4xcbC 4zpiC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | biological unit is the same as asym. |
-Components
#1: Protein | Mass: 24326.391 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces viridochromogenes Tue57 (bacteria) Gene: aviO1, STVIR_2892 / Plasmid: pET23 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q93KW4 |
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#2: Chemical | ChemComp-NI / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.89 Å3/Da / Density % sol: 57.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 10 Details: 100 mM CAPS, 1.2 M NaH2PO4, 0.8 M K2HPO4, 0.2 M Li2SO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 1.485 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 27, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.485 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 8.5 % / Number: 88374 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Χ2: 2.25 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 10455 / % possible obs: 98.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.3→30 Å / % possible obs: 86.7 % / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 44.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 1.958 / Net I/av σ(I): 26.689 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 45967 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.3→27.057 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / Phase error: 25.9 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 97.47 Å2 / Biso mean: 46.7252 Å2 / Biso min: 28.58 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→27.057 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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