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- PDB-4wxe: CRYSTAL STRUCTURE OF A LACI REGULATOR FROM LACTOBACILLUS CASEI (L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wxe
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A LACI REGULATOR FROM LACTOBACILLUS CASEI (LSEI_2103, TARGET EFI-512911) WITH BOUND TRIS
要素Transcriptional regulator, LacI family
キーワードTRANSCRIPTION / LACI REGULATOR / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I ...LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator, LacI family
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus casei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. ...Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF A LACI REGULATOR FROM LACTOBACILLUS CASEI (LSEI_2103, TARGET EFI-512911) WITH BOUND TRIS
著者: Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R. ...著者: Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2014年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Experimental preparation
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, LacI family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5826
ポリマ－33,3031
非ポリマー2795
水7,422412
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area850 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area13130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.047, 108.047, 121.477
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-671-

HOH

詳細biological unit is a dimer

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, LacI family


分子量: 33302.539 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 54-333 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus casei (バクテリア)
株: ATCC 334 / 遺伝子: LSEI_2103 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q036L9

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非ポリマー , 5種, 417分子

#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein (30.7 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT); Reservoir ((MCSG4 F4), 0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, 16%(w/v) PEG 4000, 0.2M Lithium Chloride, 20 %(w/v) PEG 3350); ...詳細: Protein (30.7 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT); Reservoir ((MCSG4 F4), 0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, 16%(w/v) PEG 4000, 0.2M Lithium Chloride, 20 %(w/v) PEG 3350); Cryoprotection (80% Reservoir + 20% Ethylene Glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→25.473 Å / Num. obs: 43692 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.1 % / Biso Wilson estimate: 12.77 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 21.5 / Num. measured all: 964401 / Scaling rejects: 79
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 21.9 % / Rmerge(I) obs: 0.952 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. measured all: 46843 / Num. unique all: 2142 / CC1/2: 0.91 / Rpim(I) all: 0.207 / Rejects: 0 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→25.473 Å / FOM work R set: 0.9109 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1681 2196 5.03 %
Rwork0.1459 41479 -
obs0.147 43675 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 65.47 Å2 / Biso mean: 17.81 Å2 / Biso min: 5.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→25.473 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2118 0 21 412 2551
Biso mean--17.75 30.03 -
残基数----278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012230
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2623044
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071348
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007403
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.497809
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.5-1.53260.19831420.181125682710
1.5326-1.56830.2041220.167125782700
1.5683-1.60750.17951300.158125682698
1.6075-1.65090.1751280.150525942722
1.6509-1.69950.18771290.145225802709
1.6995-1.75430.17031530.140625352688
1.7543-1.8170.17851380.141125842722
1.817-1.88980.16861250.143725902715
1.8898-1.97570.1631500.141725782728
1.9757-2.07990.17261190.132426032722
2.0799-2.21010.15811330.134125712704
2.2101-2.38060.16681560.135725922748
2.3806-2.620.15381470.134325832730
2.62-2.99860.19061430.144826202763
2.9986-3.77590.15181380.14426322770
3.7759-25.47690.16571430.159227032846
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.19450.1195-0.11780.02680.01280.09610.00510.00090.1464-0.0316-0.01530.0267-0.05840.04510.01240.0861-0.0027-0.01510.0873-0.00130.119831.508642.509160.4562
20.1281-0.04170.11270.2166-0.00710.2382-0.00860.04690.0427-0.09280.0354-0.23350.02260.09060.01150.07820.00390.00810.08250.00410.110937.074725.872754.6739
30.17990.06890.06330.57-0.0070.29640.02690.02470.0174-0.1138-0.01780.06440.0646-0.0139-0.00610.10280.0033-0.02870.05910.00230.059522.556213.37650.7464
40.0980.0125-0.08220.10570.0390.1076-0.0013-0.12380.05790.12160.03170.0550.08990.10140.00680.0539-0.008-0.02430.0831-0.0290.062934.909428.659969.1453
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 52 through 112 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 113 through 194 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 195 through 295 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 296 through 333 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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