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- PDB-4wx9: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis OGT in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wx9
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis OGT in complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(E1X)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*C)-3')
  • Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / direct DNA damage reversal / alkylated DNA-protein alkyltransferase / protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / response to nitrosative stress / DNA alkylation repair / methylation / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain / Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, active site / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase active site. / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain ...Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain / Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, active site / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase active site. / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Miggiano, R. / Rossi, F. / Garavaglia, S. / Rizzi, M.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
European CommunitySysteMTB HEALTH-F4-2010-241587 イタリア
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis O6-methylguanine-DNA methyltransferase protein clusters assembled on to damaged DNA.
著者: Miggiano, R. / Perugino, G. / Ciaramella, M. / Serpe, M. / Rejman, D. / Pav, O. / Pohl, R. / Garavaglia, S. / Lahiri, S. / Rizzi, M. / Rossi, F.
履歴
登録2014年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月11日Group: Database references
改定 1.22016年1月13日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(E1X)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3')
E: DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*C)-3')
A: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
B: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
C: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6576
ポリマ－61,5655
非ポリマー921
水1448
1
D: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(E1X)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3')
E: DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*C)-3')
A: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
ヘテロ分子

C: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

B: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6576
ポリマ－61,5655
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation4_545x+1/2,-y-1/2,-z1
手法PISA
2
B: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

C: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

D: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(E1X)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3')
E: DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*C)-3')
A: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6576
ポリマ－61,5655
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_344-x-3/2,-y-1,z-1/21
crystal symmetry operation4_445x-1/2,-y-1/2,-z1
手法PISA
3
C: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

B: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

D: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(E1X)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3')
E: DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*C)-3')
A: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6576
ポリマ－61,5655
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_345-x-3/2,-y-1,z+1/21
crystal symmetry operation3_445-x-1,y-1/2,-z+1/21
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.481, 102.905, 137.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(E1X)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3')


分子量: 4020.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3951.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / 6-O-methylguanine-DNA methyltransferase / MGMT / O-6-methylguanine-DNA-alkyltransferase


分子量: 17864.156 Da / 分子数: 3 / Mutation: I2V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: ogt, Rv1316c, MTCY130.01c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WJW5, methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2M Ammonium acetate, 22% PEG 3350, 0.1M Hepes

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→82.3 Å / Num. obs: 12278 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 8.78
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.889 / Mean I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BHB, 1T39

4bhb

1t39


解像度: 3→82.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 26.378 / SU ML: 0.448 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.477 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26473 628 4.9 %RANDOM
Rwork0.19362 ---
obs0.19721 12278 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.12 Å20 Å20 Å2
2--5.73 Å20 Å2
3----2.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→82.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3725 532 6 8 4271
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0184408
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023927
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3711.8596092
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86339027
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7845485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.23922.959169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.99415585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3041533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2655
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214682
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021013
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8255.671952
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8255.6691951
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.5788.4992433
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.5788.52434
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4586.6132456
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4586.6132456
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6659.8363660
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.21852.9795208
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.21752.9815209
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 41 -
Rwork0.286 884 -
obs--99.89 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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