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- PDB-1t39: HUMAN O6-ALKYLGUANINE-DNA ALKYLTRANSFERASE COVALENTLY CROSSLINKED... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t39
タイトルHUMAN O6-ALKYLGUANINE-DNA ALKYLTRANSFERASE COVALENTLY CROSSLINKED TO DNA
要素
  • 5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(E1X)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*C)-3'
  • Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
キーワードTRANSFERASE/DNA / ALKYLTRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / DNA REPAIR / HELIX-TURN-HELIX / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


MGMT-mediated DNA damage reversal / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / DNA-methyltransferase activity / DNA alkylation repair / positive regulation of double-strand break repair / methyltransferase activity / methylation / DNA repair / negative regulation of apoptotic process ...MGMT-mediated DNA damage reversal / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / DNA-methyltransferase activity / DNA alkylation repair / positive regulation of double-strand break repair / methyltransferase activity / methylation / DNA repair / negative regulation of apoptotic process / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain / Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, active site / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase active site. / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain ...Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain / Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, active site / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase active site. / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Daniels, D.S. / Woo, T.T. / Luu, K.X. / Noll, D.M. / Clarke, N.D. / Pegg, A.E. / Tainer, J.A.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: DNA binding and nucleotide flipping by the human DNA repair protein AGT.
著者: Daniels, D.S. / Woo, T.T. / Luu, K.X. / Noll, D.M. / Clarke, N.D. / Pegg, A.E. / Tainer, J.A.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2000
タイトル: Active and alkylated human AGT structures: a novel zinc site, inhibitor and extrahelical base binding
著者: Daniels, D.S. / Mol, C.D. / Arvai, A.S. / Kanugula, S. / Pegg, A.E. / Tainer, J.A.
#2: ジャーナル: Mutat.Res. / 年: 2000
タイトル: Conserved structural motifs governing the stoichiometric repair of alkylated DNA by O(6)-alkylguanine-DNA alkyltransferase
著者: Daniels, D.S. / Tainer, J.A.
履歴
登録2004年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE CYS 145 residues are COVALENTly CHEMICAL CROSSLINK TO E1X 7 residues

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(E1X)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3'
D: 5'-D(*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*C)-3'
E: 5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(E1X)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3'
F: 5'-D(*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*C)-3'
A: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
B: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6556
ポリマ－56,6556
非ポリマー00
水00
1
C: 5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(E1X)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3'
D: 5'-D(*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*C)-3'
A: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3283
ポリマ－28,3283
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(E1X)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3'
F: 5'-D(*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*C)-3'
B: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3283
ポリマ－28,3283
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)228.145, 41.250, 70.629
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(E1X)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3'


分子量: 4020.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*C)-3'


分子量: 3951.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / 6-O- methylguanine-DNA methyltransferase


分子量: 20355.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGMT / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: P16455, methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 8000, MES, calcium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 800011
2MES11
3calcium acetate11
4H2O11
5PEG 800012
6calcium acetate12
7H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 Å
検出器日付: 2002年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→53 Å / Num. obs: 9362
反射 シェル最高解像度: 3.3 Å / Num. unique all: 9362

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EH6

1eh6


解像度: 3.3→27.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 8413320.97 / Data cutoff high rms absF: 8413320.97 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.344 973 10.4 %RANDOM
Rwork0.296 ---
all0.301 ---
obs0.296 9362 93.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.4823 Å2 / ksol: 0.185184 e/Å3
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.71 Å0.6 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.73 Å0.86 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→27.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2302 1058 0 0 3360
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.26
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル最高解像度: 3.3 Å / Total num. of bins used: 6 /
反射数%反射
Rwork1374 -
Rfree-10.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA.PARAMDNA-RNA.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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