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- PDB-4wt8: Crystal Structure of bactobolin A bound to 70S ribosome-tRNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wt8
タイトルCrystal Structure of bactobolin A bound to 70S ribosome-tRNA complex
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 21
  • (50S ribosomal protein ...) x 32
  • (mRNA) x 2
  • 23S rRNA (2899-MER)
  • 5S rRNA (119-MER)
  • A site tNA, E site tNA
  • DNA (55-MER)
  • P site trNA
  • RNA (1504-MER)
  • ribosomal L10 protein
  • tRNA (5'-D(*AP*UP*CP*CP*CP*CP*GP*UP*GP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*UP*UP*CP*G)-3')
  • tRNA (76-MER)
キーワードRIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translation / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding ...regulation of translation / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L1, bacterial-type / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z ...Ribosomal protein L1, bacterial-type / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / : / L28p-like / Ribosomal protein S15, bacterial-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Bactobolin A / PAROMOMYCIN / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 ...Bactobolin A / PAROMOMYCIN / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / 30S ribosomal protein S17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S8 / 50S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Amunts, A. / Fiedorczuk, K. / Ramakrishnan, V.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Bactobolin A Binds to a Site on the 70S Ribosome Distinct from Previously Seen Antibiotics.
著者: Amunts, A. / Fiedorczuk, K. / Truong, T.T. / Chandler, J. / Peter Greenberg, E. / Ramakrishnan, V.
履歴
登録2014年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Database references
置き換え2015年8月19日ID: 4wus, 4wwe, 4wwt
改定 1.22015年8月19日Group: Other
改定 1.32018年7月18日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_caveat / diffrn_radiation_wavelength ...database_PDB_caveat / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A2: mRNA
AA: 30S ribosomal protein S2
AC: 30S ribosomal protein S3
AD: 30S ribosomal protein S4
AE: 30S ribosomal protein S5
AF: 30S ribosomal protein S6
AG: 30S ribosomal protein S7
AH: 30S ribosomal protein S8
AI: 30S ribosomal protein S9
AJ: 30S ribosomal protein S10
AK: 30S ribosomal protein S11
AL: 30S ribosomal protein S12
AM: 30S ribosomal protein S13
AN: 30S ribosomal protein S14 type Z
AO: 30S ribosomal protein S15
AP: 30S ribosomal protein S16
AR: 30S ribosomal protein S17
AS: 30S ribosomal protein S18
AT: 30S ribosomal protein S19
AU: 30S ribosomal protein S20
AW: 30S ribosomal protein Thx
Ab: RNA (1504-MER)
B2: mRNA
Bb: RNA (1504-MER)
BA: 30S ribosomal protein S2
BC: 30S ribosomal protein S3
BD: 30S ribosomal protein S4
BE: 30S ribosomal protein S5
BF: 30S ribosomal protein S6
BG: 30S ribosomal protein S7
BH: 30S ribosomal protein S8
BI: 30S ribosomal protein S9
BJ: 30S ribosomal protein S10
BK: 30S ribosomal protein S11
BL: 30S ribosomal protein S12
BM: 30S ribosomal protein S13
BN: 30S ribosomal protein S14 type Z
BO: 30S ribosomal protein S15
BP: 30S ribosomal protein S16
BR: 30S ribosomal protein S17
BS: 30S ribosomal protein S18
BT: 30S ribosomal protein S19
BU: 30S ribosomal protein S20
BW: 30S ribosomal protein Thx
C2: A site tNA, E site tNA
C3: A site tNA, E site tNA
C4: P site trNA
CA: 50S ribosomal protein L1
CB: 50S ribosomal protein L2
CC: 50S ribosomal protein L3
CD: 50S ribosomal protein L4
CE: 50S ribosomal protein L5
CF: 50S ribosomal protein L6
CI: 50S ribosomal protein L9
CJ: ribosomal L10 protein
CM: 50S ribosomal protein L13
CN: 50S ribosomal protein L14
CO: 50S ribosomal protein L15
CP: 50S ribosomal protein L16
CQ: 50S ribosomal protein L17
CR: 50S ribosomal protein L18
CS: 50S ribosomal protein L19
CT: 50S ribosomal protein L20
CU: 50S ribosomal protein L21
CW: 50S ribosomal protein L22
CX: 50S ribosomal protein L23
CY: 50S ribosomal protein L24
CZ: 50S ribosomal protein L25
Ca: 50S ribosomal protein L27
CH: 50S ribosomal protein L28
CK: 50S ribosomal protein L29
CL: 50S ribosomal protein L30
C5: 50S ribosomal protein L31
C6: 50S ribosomal protein L32
C7: 50S ribosomal protein L33
C8: 50S ribosomal protein L34
C9: 50S ribosomal protein L35
C0: 50S ribosomal protein L36
C1: 23S rRNA (2899-MER)
Cs: 5S rRNA (119-MER)
D2: tRNA (5'-D(*AP*UP*CP*CP*CP*CP*GP*UP*GP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*UP*UP*CP*G)-3')
D3: A site tNA, E site tNA
D4: tRNA (76-MER)
DA: 50S ribosomal protein L1
DB: 50S ribosomal protein L2
DC: 50S ribosomal protein L3
DD: 50S ribosomal protein L4
DE: 50S ribosomal protein L5
DF: 50S ribosomal protein L6
DI: 50S ribosomal protein L9
DJ: ribosomal L10 protein
DM: 50S ribosomal protein L13
DN: 50S ribosomal protein L14
DO: 50S ribosomal protein L15
DP: 50S ribosomal protein L16
DQ: 50S ribosomal protein L17
DR: 50S ribosomal protein L18
DS: 50S ribosomal protein L19
DT: 50S ribosomal protein L20
DU: 50S ribosomal protein L21
DW: 50S ribosomal protein L22
DX: 50S ribosomal protein L23
DY: 50S ribosomal protein L24
DZ: 50S ribosomal protein L25
Da: 50S ribosomal protein L27
DH: 50S ribosomal protein L28
DK: 50S ribosomal protein L29
DL: 50S ribosomal protein L30
D5: 50S ribosomal protein L31
D6: 50S ribosomal protein L32
D7: 50S ribosomal protein L33
D8: 50S ribosomal protein L34
D9: 50S ribosomal protein L35
D0: 50S ribosomal protein L36
Ds: 5S rRNA (119-MER)
D1: 23S rRNA (2899-MER)
DV: DNA (55-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,460,697123
ポリマ－4,458,655117
非ポリマー2,0426
水00
1
A2: mRNA
AA: 30S ribosomal protein S2
AC: 30S ribosomal protein S3
AE: 30S ribosomal protein S5
AF: 30S ribosomal protein S6
AG: 30S ribosomal protein S7
AH: 30S ribosomal protein S8
AI: 30S ribosomal protein S9
AJ: 30S ribosomal protein S10
AK: 30S ribosomal protein S11
AL: 30S ribosomal protein S12
AM: 30S ribosomal protein S13
AN: 30S ribosomal protein S14 type Z
AO: 30S ribosomal protein S15
AP: 30S ribosomal protein S16
AR: 30S ribosomal protein S17
AS: 30S ribosomal protein S18
AT: 30S ribosomal protein S19
AU: 30S ribosomal protein S20
AW: 30S ribosomal protein Thx
Ab: RNA (1504-MER)
C2: A site tNA, E site tNA
C3: A site tNA, E site tNA
C4: P site trNA
CA: 50S ribosomal protein L1
CB: 50S ribosomal protein L2
CC: 50S ribosomal protein L3
CD: 50S ribosomal protein L4
CE: 50S ribosomal protein L5
CF: 50S ribosomal protein L6
CI: 50S ribosomal protein L9
CJ: ribosomal L10 protein
CM: 50S ribosomal protein L13
CN: 50S ribosomal protein L14
CO: 50S ribosomal protein L15
CP: 50S ribosomal protein L16
CQ: 50S ribosomal protein L17
CR: 50S ribosomal protein L18
CS: 50S ribosomal protein L19
CT: 50S ribosomal protein L20
CU: 50S ribosomal protein L21
CW: 50S ribosomal protein L22
CX: 50S ribosomal protein L23
CY: 50S ribosomal protein L24
CZ: 50S ribosomal protein L25
Ca: 50S ribosomal protein L27
CH: 50S ribosomal protein L28
CK: 50S ribosomal protein L29
CL: 50S ribosomal protein L30
C5: 50S ribosomal protein L31
C6: 50S ribosomal protein L32
C7: 50S ribosomal protein L33
C8: 50S ribosomal protein L34
C9: 50S ribosomal protein L35
C0: 50S ribosomal protein L36
C1: 23S rRNA (2899-MER)
Cs: 5S rRNA (119-MER)
DI: 50S ribosomal protein L9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,224,29161
ポリマ－2,223,27058
非ポリマー1,0213
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
AD: 30S ribosomal protein S4
B2: mRNA
Bb: RNA (1504-MER)
BA: 30S ribosomal protein S2
BC: 30S ribosomal protein S3
BD: 30S ribosomal protein S4
BE: 30S ribosomal protein S5
BF: 30S ribosomal protein S6
BG: 30S ribosomal protein S7
BH: 30S ribosomal protein S8
BI: 30S ribosomal protein S9
BJ: 30S ribosomal protein S10
BK: 30S ribosomal protein S11
BL: 30S ribosomal protein S12
BM: 30S ribosomal protein S13
BN: 30S ribosomal protein S14 type Z
BO: 30S ribosomal protein S15
BP: 30S ribosomal protein S16
BR: 30S ribosomal protein S17
BS: 30S ribosomal protein S18
BT: 30S ribosomal protein S19
BU: 30S ribosomal protein S20
BW: 30S ribosomal protein Thx
D2: tRNA (5'-D(*AP*UP*CP*CP*CP*CP*GP*UP*GP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*UP*UP*CP*G)-3')
D3: A site tNA, E site tNA
D4: tRNA (76-MER)
DA: 50S ribosomal protein L1
DB: 50S ribosomal protein L2
DC: 50S ribosomal protein L3
DD: 50S ribosomal protein L4
DE: 50S ribosomal protein L5
DF: 50S ribosomal protein L6
DJ: ribosomal L10 protein
DM: 50S ribosomal protein L13
DN: 50S ribosomal protein L14
DO: 50S ribosomal protein L15
DP: 50S ribosomal protein L16
DQ: 50S ribosomal protein L17
DR: 50S ribosomal protein L18
DS: 50S ribosomal protein L19
DT: 50S ribosomal protein L20
DU: 50S ribosomal protein L21
DW: 50S ribosomal protein L22
DX: 50S ribosomal protein L23
DY: 50S ribosomal protein L24
DZ: 50S ribosomal protein L25
Da: 50S ribosomal protein L27
DH: 50S ribosomal protein L28
DK: 50S ribosomal protein L29
DL: 50S ribosomal protein L30
D5: 50S ribosomal protein L31
D6: 50S ribosomal protein L32
D7: 50S ribosomal protein L33
D8: 50S ribosomal protein L34
D9: 50S ribosomal protein L35
D0: 50S ribosomal protein L36
Ds: 5S rRNA (119-MER)
D1: 23S rRNA (2899-MER)
DV: DNA (55-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,236,40662
ポリマ－2,235,38559
非ポリマー1,0213
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)214.210, 457.450, 639.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

-
要素

-
RNA鎖 , 10種, 15分子 A2AbBbB2C2C3D3C4C1D1CsDsD2D4DV

#1: RNA鎖 mRNA


分子量: 2840.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
#22: RNA鎖 RNA (1504-MER)


分子量: 488391.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: GenBank: 55771382, GenBank: 155076
#23: RNA鎖 mRNA


分子量: 3169.956 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
#25: RNA鎖 A site tNA, E site tNA


分子量: 24485.539 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
#26: RNA鎖 P site trNA


分子量: 24802.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
#58: RNA鎖 23S rRNA (2899-MER)


分子量: 942978.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
#59: RNA鎖 5S rRNA (119-MER)


分子量: 38553.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: GenBank: 55771382
#60: RNA鎖 tRNA (5'-D(*AP*UP*CP*CP*CP*CP*GP*UP*GP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*UP*UP*CP*G)-3')


分子量: 6289.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
#61: RNA鎖 tRNA (76-MER)


分子量: 24497.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
#64: RNA鎖 DNA (55-MER)


分子量: 17821.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579

+
30S ribosomal protein ... , 21種, 40分子 AABAACADBDAEBEAFBFAGBGAHBHAIBIAJBJAKBKALBLAMBMANBNAOBOAPBPAR...

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 26987.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80371
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 26621.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80372
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 24242.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80373
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 16331.079 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ5
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / TS9


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLP8
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17919.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P17291
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: P0DOY9*PLUS
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14298.466 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80374, UniProt: P62669
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11299.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN7
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 12606.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80376
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13804.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN3
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 14078.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80377
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7027.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: P0DOY6*PLUS
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10447.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJ76
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9924.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJH3
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 11722.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: P0DOY7*PLUS
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 8155.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLQ0
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 8949.435 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP2
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 10921.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80380
#21: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx / S31


分子量: 2960.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SIH3
#24: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 22862.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80372

+
50S ribosomal protein ... , 32種, 60分子 CACBDBCCDCCDDDCEDECFDFCIDICMDMCNDNCODOCPDPCQDQCRDRCSDSCTDTCU...

#27: タンパク質 50S ribosomal protein L1


分子量: 19880.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLP7
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29828.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60405
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22249.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN8
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / L1e


分子量: 23014.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN9
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20930.400 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ0
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 17363.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ3, UniProt: P0DOY8*PLUS
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 16093.858 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLQ1
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 15699.658 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60488
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13323.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP8
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15858.526 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ7
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15993.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60489
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13618.952 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q9Z9H5, UniProt: Q72I33
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / TL24


分子量: 10941.865 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ4
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 16218.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60490
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13571.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60491
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60492
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP3
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10273.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP0
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11078.515 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP9
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / TL5


分子量: 19892.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHZ1
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9397.878 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60493
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 10458.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HBB / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q72G84, UniProt: P60494
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8539.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP6
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6670.013 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ6
#52: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L31


分子量: 3278.860 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJE1
#53: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6590.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80339
#54: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33


分子量: 5473.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P35871
#55: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5975.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80340
#56: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7245.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SKU1
#57: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / Ribosomal protein B


分子量: 4304.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHR2
#62: タンパク質 50S ribosomal protein L1


分子量: 19866.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLP7
#63: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12749.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP3

-
タンパク質 , 1種, 2分子 CJDJ

#34: タンパク質 ribosomal L10 protein


分子量: 11081.651 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579

-
非ポリマー , 3種, 6分子

#65: 化合物 ChemComp-PAR / PAROMOMYCIN / PAROMOMYCIN I / AMMINOSIDIN / CATENULIN / CRESTOMYCIN / MONOMYCIN A / NEOMYCIN E / パロモマイシン


分子量: 615.628 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H45N5O14 / コメント: 抗菌剤, 薬剤*YM
#66: 化合物 ChemComp-3V6 / Bactobolin A


分子量: 381.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22Cl2N2O5
#67: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.2M KSCN, 0.1M Tris-HAc pH7, 3.5-4.5%(w/v) PEG20K, 3.5- 4.5%(w/v) PEG550MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→49.908 Å / Num. all: 841002 / Num. obs: 841002 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.8 % / Rpim(I) all: 0.112 / Rrim(I) all: 0.298 / Rsym value: 0.275 / Net I/av σ(I): 1.87 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 5690971
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
3.4-3.5851.3020.56102571211520.6081.3021.497.9
3.58-3.85.20.8660.86082611161680.4010.8662.199.2
3.8-4.065.60.5811.26083271087420.2610.5813.398.7
4.06-4.396.30.4191.66468091023340.1760.4194.999.6
4.39-4.816.80.3051.9644077942250.1220.3057.299.6
4.81-5.3880.2312.3672041842890.0850.23110.398.4
5.38-6.218.60.1922.5645304751650.0670.19213.299.3
6.21-7.69.10.1692.5570442630070.0580.16916.298.2
7.6-10.759.10.1282.8446640490670.0440.1282498.3
10.75-49.9088.90.0813.8238813268530.0280.08144.896.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.21データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化解像度: 3.4→49.908 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 29.772 / SU ML: 0.449 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.51 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2412 41975 5 %RANDOM
Rwork0.2044 798407 --
obs0.2062 841002 98.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 364.23 Å2 / Biso mean: 80.037 Å2 / Biso min: 24.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.93 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.16 Å2-0 Å2
3---2.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→49.908 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19157 32502 42 0 51701
Biso mean--65.7 --
残基数----3898
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.014321484
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02191481
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6151.462480795
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.283450224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.382512004
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.22821.2734148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.4991518136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.948151332
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.251709
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02221528
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0274196
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.6059.1948352
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.6059.1948352
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it12.44613.74460244
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 2938 -
Rwork0.334 57594 -
all-60532 -
obs--97.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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