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- PDB-4v6u: Promiscuous behavior of proteins in archaeal ribosomes revealed b... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 4v6u
タイトルPromiscuous behavior of proteins in archaeal ribosomes revealed by cryo-EM: implications for evolution of eukaryotic ribosomes
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 24
  • (50S ribosomal protein ...) x 36
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • Acidic ribosomal protein P0 homolog
  • E-tRNA
  • P-tRNA
  • SSU ribosomal protein S19E
  • unknown 30S ribosomal protein SX
キーワードRIBOSOME / archaea / archaeal / ribosomal / 70S / kink-turn / protein synthesis / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / rRNA processing / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / rRNA processing / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L1, archaea / Ribosomal protein L14e / : / Ribosomal protein L40e, archaeal / Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal protein S27ae / 50S ribosomal protein L10, archaea / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal ...Ribosomal protein L1, archaea / Ribosomal protein L14e / : / Ribosomal protein L40e, archaeal / Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal protein S27ae / 50S ribosomal protein L10, archaea / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal / Ribosomal protein S4, archaeal / Ribosomal protein S12, archaea / Ribosomal protein S3, archaeal / 30S ribosomal protein S3Ae / : / Ribosomal protein S7, archaeal / Ribosomal protein S19e, archaeal / Ribosomal protein S11, archaeal / Ribosomal protein S2, archaeal / Ribosomal protein S14, type Z, archaeal / Ribosomal protein S8e, archaeal / Ribosomal protein L15e, archaeal / Ribosomal protein L19e, archaeal / Ribosomal protein L30, archaeal / Ribosomal protein L6P, archaea / Ribosomal protein L14P, archaeal / Ribosomal protein L21e, archaeal / Ribosomal protein L18e, archaea / Ribosomal protein L10e, archaea / Ribosomal protein L3, archaeal / Ribosomal protein L4, archaea / Ribosomal protein L5, archaeal / Ribosomal protein L32e, archaeal / Ribosomal protein L7Ae, archaea / 60s Acidic ribosomal protein / : / Ribosomal protein L30e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L23 / : / Ribosomal protein L30e signature 1. / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L30/YlxQ / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein S27e signature. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein eL43 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein eL40 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS31 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL16
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å
データ登録者Armache, J.-P. / Anger, A.M. / Marquez, V. / Frankenberg, S. / Froehlich, T. / Villa, E. / Berninghausen, O. / Thomm, M. / Arnold, G.J. / Beckmann, R. / Wilson, D.N.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2013
タイトル: Promiscuous behaviour of archaeal ribosomal proteins: implications for eukaryotic ribosome evolution.
著者: Jean-Paul Armache / Andreas M Anger / Viter Márquez / Sibylle Franckenberg / Thomas Fröhlich / Elizabeth Villa / Otto Berninghausen / Michael Thomm / Georg J Arnold / Roland Beckmann / Daniel N Wilson /
要旨: In all living cells, protein synthesis occurs on ribonucleoprotein particles called ribosomes. Molecular models have been reported for complete bacterial 70S and eukaryotic 80S ribosomes; however, ...In all living cells, protein synthesis occurs on ribonucleoprotein particles called ribosomes. Molecular models have been reported for complete bacterial 70S and eukaryotic 80S ribosomes; however, only molecular models of large 50S subunits have been reported for archaea. Here, we present a complete molecular model for the Pyrococcus furiosus 70S ribosome based on a 6.6 Å cryo-electron microscopy map. Moreover, we have determined cryo-electron microscopy reconstructions of the Euryarchaeota Methanococcus igneus and Thermococcus kodakaraensis 70S ribosomes and Crenarchaeota Staphylothermus marinus 50S subunit. Examination of these structures reveals a surprising promiscuous behavior of archaeal ribosomal proteins: We observe intersubunit promiscuity of S24e and L8e (L7ae), the latter binding to the head of the small subunit, analogous to S12e in eukaryotes. Moreover, L8e and L14e exhibit intrasubunit promiscuity, being present in two copies per archaeal 50S subunit, with the additional binding site of L14e analogous to the related eukaryotic r-protein L27e. Collectively, these findings suggest insights into the evolution of eukaryotic ribosomal proteins through increased copy number and binding site promiscuity.
履歴
登録2012年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 3J20, 3J21, 3J2L
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22015年4月1日Group: Other
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.42019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.52023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / database_2
Item: _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年5月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2009
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  • マップデータ: EMDB-2009
  • + PDB-3j15
  • UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AQ: 30S ribosomal protein S15P/S13e
AK: 30S ribosomal protein S9P
AI: 30S ribosomal protein S8P
AG: 30S ribosomal protein S6e
AW: 30S ribosomal protein S27e
AC: 30S ribosomal protein S3P
AB: 30S ribosomal protein S2P
AR: 30S ribosomal protein S17P
A9: unknown 30S ribosomal protein SX
AD: 30S ribosomal protein S4P
A1: E-tRNA
AN: 30S ribosomal protein S12P
AX: 30S ribosomal protein S28e
AM: 30S ribosomal protein S11P
AE: 30S ribosomal protein S4e
AJ: 30S ribosomal protein S8e
AO: 30S ribosomal protein S13P
AF: 30S ribosomal protein S5P
AS: 30S ribosomal protein S17e
A3: 50S ribosomal protein L7Ae
A2: 16S rRNA
AY: 30S ribosomal protein S27ae
AT: 30S ribosomal protein S19P
AA: 30S ribosomal protein S3Ae
AH: 30S ribosomal protein S7P
AP: 30S ribosomal protein S14P type Z
A0: P-tRNA
AV: 30S ribosomal protein S24e
AL: 30S ribosomal protein S10P
AU: SSU ribosomal protein S19E
BY: 50S ribosomal protein L30P
BO: 50S ribosomal protein L18P
BC: 50S ribosomal protein L3P
B5: 50S ribosomal protein L14e
BL: 50S ribosomal protein L15P
Bf: 50S ribosomal protein L39e
BU: 50S ribosomal protein L24P
Bb: 50S ribosomal protein L32e
Be: 50S ribosomal protein L37e
BE: 50S ribosomal protein L5P
Ba: 50S ribosomal protein L31e
BT: 50S ribosomal protein L23P
Bk: Acidic ribosomal protein P0 homolog
BW: 50S ribosomal protein L29P
Bi: 50S ribosomal protein L37Ae
BA: 50S ribosomal protein L1P
BI: 50S ribosomal protein L13P
BR: 50S ribosomal protein L21e
BK: 50S ribosomal protein L14e
BQ: 50S ribosomal protein L19e
BV: 50S ribosomal protein L24e
Bj: 50S ribosomal protein L44E
BB: 50S ribosomal protein L2P
BG: 50S ribosomal protein L7Ae
BD: 50S ribosomal protein L4P
BF: 50S ribosomal protein L6P
Bh: 50S ribosomal protein L41e
BH: 50S ribosomal protein L11P
BZ: 50S ribosomal protein L30e
B6: 30S ribosomal protein S24e
BP: 50S ribosomal protein L18e
BM: 50S ribosomal protein L15e
BS: 50S ribosomal protein L22P
Bd: 50S ribosomal protein L34e
BN: 50S ribosomal protein L10e
Bg: 50S ribosomal protein L40e
B4: 50S ribosomal protein L7Ae
Bc: 50S ribosomal protein L35Ae
BJ: 50S ribosomal protein L14P
Bl: 50S ribosomal protein LX
B1: 23S rRNA
B3: 5S rRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,602,98572
ポリマ－2,602,98572
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

+
30S ribosomal protein ... , 24種, 25分子 AQAKAIAGAWACABARADANAXAMAEAJAOAFASAYATAAAHAPAVB6AL

#1: タンパク質 30S ribosomal protein S15P/S13e / 30S ribosomal protein S15


分子量: 18640.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8TZD9
#2: タンパク質 30S ribosomal protein S9P / 30S ribosomal protein S9


分子量: 15317.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U0E7
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S8P / 30S ribosomal protein S8


分子量: 14684.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U014
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S6e


分子量: 14002.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U3H8
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S27e


分子量: 6888.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U474
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S3P / 30S ribosomal protein S3


分子量: 23464.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U004
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S2P / 30S ribosomal protein S2


分子量: 23039.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U0F0
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S17P / 30S ribosomal protein S17


分子量: 13296.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U008
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S4P / 30S ribosomal protein S4


分子量: 21381.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: P61993
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12P / 30S ribosomal protein S12


分子量: 16477.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: P61995
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S28e


分子量: 8116.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U159
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S11P / 30S ribosomal protein S11


分子量: 14756.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U0E3
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S4e


分子量: 28197.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U011
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S8e


分子量: 14293.733 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U1Y5
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S13P / 30S ribosomal protein S13


分子量: 16948.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U0E2
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S5P / PfS5 / 30S ribosomal protein S5


分子量: 26590.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U017
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S17e


分子量: 7942.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U0U1
#22: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S27ae / 30S ribosomal protein S31e


分子量: 5864.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U443
#23: タンパク質 30S ribosomal protein S19P / 30S ribosomal protein S19


分子量: 15357.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U002
#24: タンパク質 30S ribosomal protein S3Ae / 30S ribosomal protein S1e


分子量: 22984.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8TZE1
#25: タンパク質 30S ribosomal protein S7P / 30S ribosomal protein S7


分子量: 24701.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U0M8
#26: タンパク質 30S ribosomal protein S14P type Z / 30S ribosomal protein S14


分子量: 6634.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U013
#28: タンパク質 30S ribosomal protein S24e


分子量: 11698.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U442
#29: タンパク質 30S ribosomal protein S10P / 30S ribosomal protein S10


分子量: 11769.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: P61885

-
タンパク質 , 3種, 3分子 A9AUBk

#9: タンパク質 unknown 30S ribosomal protein SX


分子量: 4868.993 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1
#30: タンパク質 SSU ribosomal protein S19E / 30S ribosomal protein S19e


分子量: 17394.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U0T4
#43: タンパク質 Acidic ribosomal protein P0 homolog / L10E / 50S ribosomal protein P0


分子量: 37166.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8TZJ8

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 A1A2A0B1B3

#11: RNA鎖 E-tRNA


分子量: 24880.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1
#21: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 485455.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1
#27: RNA鎖 P-tRNA


分子量: 24538.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1
#67: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 990820.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1
#68: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 40689.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1

+
50S ribosomal protein ... , 36種, 39分子 A3BGB4BYBOBCB5BKBLBfBUBbBeBEBaBTBWBiBABIBRBQBVBjBBBDBFBhBHBZ...

#20: タンパク質 50S ribosomal protein L7Ae / 30S ribosomal protein L8e(S)


分子量: 13414.664 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U160
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L30P / PfL30 / 50S ribosomal protein L30


分子量: 17745.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q9HH78
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L18P / PfL18 / 50S ribosomal protein L18


分子量: 23233.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q9HH80
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L3P / 50S ribosomal protein L3


分子量: 41465.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8TZZ8
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L14e


分子量: 8979.659 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U2L5
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L15P / 50S ribosomal protein L15


分子量: 16439.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U018
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L39e


分子量: 6323.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U3S6
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L24P / 50S ribosomal protein L24


分子量: 14364.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U010
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L32e / PfeL32


分子量: 15576.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q9HH82
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L37e


分子量: 7245.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U0P5
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L5P / 50S ribosomal protein L5


分子量: 21269.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U012
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L31e


分子量: 11083.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U3S7
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L23P / 50S ribosomal protein L23


分子量: 9893.677 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U000
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L29P / 50S ribosomal protein L29


分子量: 8549.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U005
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L37Ae / 50S ribosomal protein L43e


分子量: 8956.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8TZI4
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L1P / 50S ribosomal protein L1


分子量: 23893.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8TZJ9
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L13P / 50S ribosomal protein L13


分子量: 16345.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U0E6
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L21e


分子量: 11371.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U217
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L19e / PfeL19


分子量: 17920.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U016
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L24e


分子量: 7938.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U158
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L44E


分子量: 11234.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U475
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L2P / 50S ribosomal protein L2


分子量: 26085.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U001
#53: タンパク質 50S ribosomal protein L4P / 50S ribosomal protein L4


分子量: 28765.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8TZZ9
#54: タンパク質 50S ribosomal protein L6P / 50S ribosomal protein L6


分子量: 20891.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U015
#55: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L41e


分子量: 3277.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U232
#56: タンパク質 50S ribosomal protein L11P / 50S ribosomal protein L11


分子量: 17657.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8TZK0
#57: タンパク質 50S ribosomal protein L30e


分子量: 10727.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U0M6
#58: タンパク質 50S ribosomal protein L18e


分子量: 13758.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U0E5
#59: タンパク質 50S ribosomal protein L15e


分子量: 22644.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U2F9
#60: タンパク質 50S ribosomal protein L22P / 50S ribosomal protein L22


分子量: 17679.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U003
#61: タンパク質 50S ribosomal protein L34e


分子量: 10677.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U2L3
#62: タンパク質 50S ribosomal protein L10e / 50S ribosomal protein L16


分子量: 20974.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q9UWP5
#63: タンパク質 50S ribosomal protein L40e


分子量: 5858.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U0V6
#64: タンパク質 50S ribosomal protein L35Ae / 50S ribosomal protein L33e


分子量: 9755.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8TZV6
#65: タンパク質 50S ribosomal protein L14P / 50S ribosomal protein L14


分子量: 15264.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U009
#66: タンパク質 50S ribosomal protein LX


分子量: 9350.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 参照: UniProt: Q8U3S9

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詳細

配列の詳細THE SEQUENCE OF 30S RIBOSOMAL PROTEIN SX IS NOT KNOWN.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Pyrococcus furiosus 70S ribosome / タイプ: RIBOSOME
緩衝液名称: 56 mM Tris pH 8.2, 250 mM KOAc, 80 mM NH4OAc, 50 mM MgCl2, 1 mM DTT, 2 mM ADPNP
pH: 8.2
詳細: 56 mM Tris pH 8.2, 250 mM KOAc, 80 mM NH4OAc, 50 mM MgCl2, 1 mM DTT, 2 mM ADPNP
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Quantifoil grids (3/3) with 2 nm carbon on top
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 %
詳細: Blot for 10 seconds before plunging into liquid ethane, using 2 layers of filter paper (FEI VITROBOT)

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア名称: SPIDER / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: Wiener Filter
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: Single Particle / 解像度: 6.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 10000 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.24 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.24 Å
詳細: sorting for ribosome conformation and ligand presence was performed
対称性のタイプ: POINT
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28609 35409 0 0 64018

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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