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- PDB-4v4n: Structure of the Methanococcus jannaschii ribosome-SecYEBeta chan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v4n
タイトルStructure of the Methanococcus jannaschii ribosome-SecYEBeta channel complex
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 26
  • (50S ribosomal protein ...) x 34
  • (Preprotein translocase subunit ...) x 2
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • E-tRNA
  • Protein translocase subunit SecY
キーワードRIBOSOME/PROTEIN TRANSPORT / archaea / archaeal / ribosomal / 50S / protein synthesis / RNA / large subunit / co-translational translocation / protein conducting channel / RIBOSOME-PROTEIN TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular protein transmembrane transport / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / protein secretion / protein transmembrane transporter activity / protein targeting / protein transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Preprotein translocase subunit SecG / Protein translocase subunit SecY / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. ...Preprotein translocase subunit SecG / Protein translocase subunit SecY / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Preprotein translocase subunit SecG / Protein translocase subunit SecE / Protein translocase subunit SecY
類似検索 - 構成要素
生物種Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9 Å
データ登録者Menetret, J.F. / Park, E. / Gumbart, J.C. / Ludtke, S.J. / Li, W. / Whynot, A. / Rapoport, T.A. / Akey, C.W.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structure of the SecY channel during initiation of protein translocation.
著者: Eunyong Park / Jean-François Ménétret / James C Gumbart / Steven J Ludtke / Weikai Li / Andrew Whynot / Tom A Rapoport / Christopher W Akey /
要旨: Many secretory proteins are targeted by signal sequences to a protein-conducting channel, formed by prokaryotic SecY or eukaryotic Sec61 complexes, and are translocated across the membrane during ...Many secretory proteins are targeted by signal sequences to a protein-conducting channel, formed by prokaryotic SecY or eukaryotic Sec61 complexes, and are translocated across the membrane during their synthesis. Crystal structures of the inactive channel show that the SecY subunit of the heterotrimeric complex consists of two halves that form an hourglass-shaped pore with a constriction in the middle of the membrane and a lateral gate that faces the lipid phase. The closed channel has an empty cytoplasmic funnel and an extracellular funnel that is filled with a small helical domain, called the plug. During initiation of translocation, a ribosome-nascent chain complex binds to the SecY (or Sec61) complex, resulting in insertion of the nascent chain. However, the mechanism of channel opening during translocation is unclear. Here we have addressed this question by determining structures of inactive and active ribosome-channel complexes with cryo-electron microscopy. Non-translating ribosome-SecY channel complexes derived from Methanocaldococcus jannaschii or Escherichia coli show the channel in its closed state, and indicate that ribosome binding per se causes only minor changes. The structure of an active E. coli ribosome-channel complex demonstrates that the nascent chain opens the channel, causing mostly rigid body movements of the amino- and carboxy-terminal halves of SecY. In this early translocation intermediate, the polypeptide inserts as a loop into the SecY channel with the hydrophobic signal sequence intercalated into the open lateral gate. The nascent chain also forms a loop on the cytoplasmic surface of SecY rather than entering the channel directly.
履歴
登録2013年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 3J43, 3J44, 1VVK
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22015年3月18日Group: Other
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.42019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5691
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A7: Preprotein translocase subunit SecE
A8: Preprotein translocase subunit SecG
Af: 50S ribosomal protein L39E
AQ: 50S ribosomal protein L19E
AS: 50S ribosomal protein L22P
AT: 50S ribosomal protein L23P
AU: 50S ribosomal protein L24P
AW: 50S ribosomal protein L29P
AX: Protein translocase subunit SecY
B1: E-tRNA
B2: 16S ribosomal RNA
B3: 30S ribosomal protein L7AE
BA: 30S ribosomal protein S3AE
BB: 30S ribosomal protein S2P
BC: 30S ribosomal protein S3P
BD: 30S ribosomal protein S4P
BE: 30S ribosomal protein S4E
BF: 30S ribosomal protein S5P
BG: 30S ribosomal protein S6E
BH: 30S ribosomal protein S7P
BI: 30S ribosomal protein S8P
BJ: 30S ribosomal protein S8E
BK: 30S ribosomal protein S9P
BL: 30S ribosomal protein S10P
BM: 30S ribosomal protein S11P
BN: 30S ribosomal protein S12P
BO: 30S ribosomal protein S13P
BP: 30S ribosomal protein S14P
BQ: 30S ribosomal protein S15P/S13E
BR: 30S ribosomal protein S17P
BS: 30S ribosomal protein S17E
BT: 30S ribosomal protein S19P
BU: 30S ribosomal protein S19E
BV: 30S ribosomal protein S24E
BW: 30S ribosomal protein S27E
BX: 30S ribosomal protein S28E
BY: 30S ribosomal protein S27AE
A1: 23S ribosomal RNA
A3: 5S ribosomal RNA
A5: 50S ribosomal protein L14E
AA: 50S ribosomal protein L1P
Aa: 50S ribosomal protein L31E
AB: 50S ribosomal protein L2
Ab: 50S ribosomal protein L32E
AC: 50S ribosomal protein L3P
AD: 50S ribosomal protein L4P
Ad: 50S ribosomal protein L34E
AE: 50S ribosomal protein L5P
Ae: 50S ribosomal protein L37E
AF: 50S ribosomal protein L6P
AG: 30S ribosomal protein L7AE
Ag: 50S ribosomal protein L40E
AH: 50S ribosomal protein L11P
Ah: 50S ribosomal protein L41E
AI: 50S ribosomal protein L13P
Ai: 50S ribosomal protein L37AE
AJ: 50S ribosomal protein L14P
Aj: 50S ribosomal protein L44E
AK: 50S ribosomal protein L14E
Ak: 50S ribosomal protein P0/L10E
AL: 50S ribosomal protein L15P
AM: 50S ribosomal protein L15E
AN: 50S ribosomal protein L10E/L16
AO: 50S ribosomal protein L18P
AP: 50S ribosomal protein L18E
AR: 50S ribosomal protein L21E
AV: 50S ribosomal protein L24E
AY: 50S ribosomal protein L30P
AZ: 50S ribosomal protein L30E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,556,27269
ポリマ－2,556,27269
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
Preprotein translocase subunit ... , 2種, 2分子 A7A8

#1: タンパク質 Preprotein translocase subunit SecE / SECE/SECgamma


分子量: 7701.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
プラスミド: pBAD22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: Q57817
#2: タンパク質 Preprotein translocase subunit SecG / SECbeta


分子量: 5853.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
プラスミド: pBAD22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: P60460

+
50S ribosomal protein ... , 34種, 35分子 AfAQASATAUAWA5AKAAAaABAbACADAdAEAeAFAgAHAhAIAiAJAjAkALAMANAO...

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L39E


分子量: 6323.784 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L19E


分子量: 17920.600 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L22P


分子量: 17043.994 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L23P


分子量: 9647.393 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L24P


分子量: 14364.969 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L29P


分子量: 8549.290 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L14E


分子量: 8751.348 Da / 分子数: 2 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L1P


分子量: 23893.088 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L31E


分子量: 10767.811 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 26085.379 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L32E


分子量: 15231.212 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L3P


分子量: 41465.969 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L4P


分子量: 28765.779 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L34E


分子量: 10677.132 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L5P


分子量: 21269.877 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L37E


分子量: 7245.577 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L6P


分子量: 20891.189 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#51: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L40E


分子量: 5327.440 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L11P


分子量: 14160.834 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#53: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L41E


分子量: 3277.149 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#54: タンパク質 50S ribosomal protein L13P


分子量: 16345.384 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#55: タンパク質 50S ribosomal protein L37AE


分子量: 8451.080 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#56: タンパク質 50S ribosomal protein L14P


分子量: 14446.868 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#57: タンパク質 50S ribosomal protein L44E


分子量: 11234.449 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#58: タンパク質 50S ribosomal protein P0/L10E


分子量: 23257.232 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#59: タンパク質 50S ribosomal protein L15P


分子量: 16439.346 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#60: タンパク質 50S ribosomal protein L15E


分子量: 22644.896 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#61: タンパク質 50S ribosomal protein L10E/L16


分子量: 19584.717 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#62: タンパク質 50S ribosomal protein L18P


分子量: 22633.268 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#63: タンパク質 50S ribosomal protein L18E


分子量: 13758.037 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#64: タンパク質 50S ribosomal protein L21E


分子量: 11141.122 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#65: タンパク質 50S ribosomal protein L24E


分子量: 7938.257 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#66: タンパク質 50S ribosomal protein L30P


分子量: 17745.029 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#67: タンパク質 50S ribosomal protein L30E


分子量: 10727.576 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AX

#9: タンパク質 Protein translocase subunit SecY / SECY/SECalpha


分子量: 47482.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
プラスミド: pBAD22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: Q60175

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 B1B2A1A3

#10: RNA鎖 E-tRNA


分子量: 24880.865 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#11: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 485455.500 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#38: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 990820.375 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#39: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 40689.262 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)

+
30S ribosomal protein ... , 26種, 27分子 B3AGBABBBCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBXBY

#12: タンパク質 30S ribosomal protein L7AE


分子量: 13414.664 Da / 分子数: 2 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S3AE


分子量: 22151.090 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S2P


分子量: 23039.861 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S3P


分子量: 20742.381 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S4P


分子量: 20409.756 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S4E


分子量: 27994.748 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S5P


分子量: 24453.385 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S6E


分子量: 14002.330 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S7P


分子量: 24701.791 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S8P


分子量: 14552.977 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#22: タンパク質 30S ribosomal protein S8E


分子量: 14293.733 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#23: タンパク質 30S ribosomal protein S9P


分子量: 15317.932 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#24: タンパク質 30S ribosomal protein S10P


分子量: 11769.689 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#25: タンパク質 30S ribosomal protein S11P


分子量: 14280.448 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#26: タンパク質 30S ribosomal protein S12P


分子量: 16249.310 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#27: タンパク質 30S ribosomal protein S13P


分子量: 16948.904 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#28: タンパク質 30S ribosomal protein S14P


分子量: 6634.046 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#29: タンパク質 30S ribosomal protein S15P/S13E


分子量: 18640.025 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#30: タンパク質 30S ribosomal protein S17P


分子量: 13296.521 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#31: タンパク質 30S ribosomal protein S17E


分子量: 7942.465 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#32: タンパク質 30S ribosomal protein S19P


分子量: 13177.785 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#33: タンパク質 30S ribosomal protein S19E


分子量: 16633.314 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#34: タンパク質 30S ribosomal protein S24E


分子量: 11698.564 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S27E


分子量: 6888.388 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S28E


分子量: 8116.332 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
#37: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S27AE


分子量: 5864.958 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)

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詳細

配列の詳細RIBOSOME COORDINATES HAVE BEEN MODELED USING PROTEIN SEQUENCES FROM PYROCOCCUS FURIOSIS.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法 / 使用した結晶の数: 1
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Parent-ID
1Methanococcus jannaschii 70S ribosome-SecYEbeta complexRIBOSOMEThe sample was reconstituted from ribosomal subunits purified from M. jannaschii and from recombinant SecYEbeta.0
2non-translating 70S ribosome1
3SecYEbetaSecY channel1
4transfer RNA1
分子量値: 2.6 MDa / 実験値: NO
緩衝液名称: 100 mM NH4Cl, 30 mM MgCl2, 20 mM HEPES-KOH, 6 mM beta-mercaptoethanol, 0.1% DDM
pH: 7.5
詳細: 100 mM NH4Cl, 30 mM MgCl2, 20 mM HEPES-KOH, 6 mM beta-mercaptoethanol, 0.1% DDM
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Quantifoil 400 mesh 2/1 Cu grids, air glow discharged, and 400 mesh Cu grids with a thin continuous carbon foil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / Temp: 77 K / 湿度: 100 %
詳細: Blot 1-2 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III).

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2008年4月10日 / 詳細: Low dose imaging, data collected manually
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000 X / 倍率（補正後）: 51000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 資料ホルダタイプ: Oxford holder / 温度: 93 K
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / 詳細: Kodak SO163 film
画像スキャンデジタル画像の数: 217
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1MDFFモデルフィッティング
2UCSF Chimeraモデルフィッティング
3EMAN1３次元再構成
4EMAN2３次元再構成
CTF補正詳細: per micrograph
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: projection matching / 解像度: 9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 37000 / ピクセルサイズ（公称値）: 2.73 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2.73 Å
詳細: Final map calculated as an average of 6 different refinements in EMAN2 with different parameters. Resolution method was FSC at 0.5 cut-off using a comparison between experimental map and a ...詳細: Final map calculated as an average of 6 different refinements in EMAN2 with different parameters. Resolution method was FSC at 0.5 cut-off using a comparison between experimental map and a map of the docked ribosomal models calculated at 7 Angstrom resolution with EMAN.
クラス平均像の数: 3800 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDプロトコル空間詳細
1FLEXIBLE FITREALREFINEMENT PROTOCOL--FLEXIBLE
2FLEXIBLE FITREALREFINEMENT PROTOCOL--FLEXIBLE DETAILS--Docked with Chimera and fit with MDFF. Chains omitted- 1(el 1-77), 6(L83-1), 4(L83-2), c(L33e). Chains truncated- a(L31e) 78-85, W(L29) 67-72, C(L3) 103-125.
3FLEXIBLE FITREALREFINEMENT PROTOCOL--FLEXIBLE DETAILS--Regions omitted- rRNA chain 1 [1-6, 3047-3049 5 and 3 ends 23S], 150-163, 750-756, 1311-1321, 2904-2942 (ES).
4FLEXIBLE FITREALREFINEMENT PROTOCOL--FLEXIBLE
原子モデル構築

Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-ID
11RHZ

1rhz

A11RHZ1
21RHZ

1rhz

B11RHZ1
31RHZ

1rhz

C11RHZ1
43J21

3j21
PDB 未公開エントリ

23J212
53J2L

3j2l
PDB 未公開エントリ

33J2L3
63J20

3j20
PDB 未公開エントリ

43J204
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9227 0 0 0 9227

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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