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- PDB-4wn5: Crystal structure of the C-terminal Per-Arnt-Sim (PASb) of human ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wn5
タイトルCrystal structure of the C-terminal Per-Arnt-Sim (PASb) of human HIF-3alpha9 bound to 18:1-1-monoacylglycerol
要素Hypoxia-inducible factor 3-alpha
キーワードTRANSCRIPTION / HIF-3alpha / PAS domain / monoacylglycerol / lipid / fatty acid
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / chromatin => GO:0000785 / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / post-translational protein modification / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Neddylation / angiogenesis / transcription by RNA polymerase II / protein dimerization activity ...: / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / chromatin => GO:0000785 / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / post-translational protein modification / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Neddylation / angiogenesis / transcription by RNA polymerase II / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein ubiquitination / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / PAS fold-3 / PAS fold / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain ...Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / PAS fold-3 / PAS fold / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MONOVACCENIN / Hypoxia-inducible factor 3-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Fala, A.M. / Oliveira, J.F. / Dias, S.M. / Ambrosio, A.L.
資金援助 ブラジル, 4件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2012/14298-9 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2009/10875-9 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2010/13739-6 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/04927-4 ブラジル
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Unsaturated fatty acids as high-affinity ligands of the C-terminal Per-ARNT-Sim domain from the Hypoxia-inducible factor 3 alpha.
著者: Fala, A.M. / Oliveira, J.F. / Adamoski, D. / Aricetti, J.A. / Dias, M.M. / Dias, M.V.B. / Sforca, M.L. / Lopes-de-Oliveira, P.S. / Rocco, S.A. / Caldana, C. / Dias, S.M.G. / Ambrosio, A.L.B.
履歴
登録2014年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypoxia-inducible factor 3-alpha
B: Hypoxia-inducible factor 3-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,35911
ポリマ－25,0422
非ポリマー2,3179
水5,314295
1
B: Hypoxia-inducible factor 3-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5385
ポリマ－12,5211
非ポリマー1,0174
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Hypoxia-inducible factor 3-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8216
ポリマ－12,5211
非ポリマー1,3005
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.650, 53.890, 67.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-405-

P6G

21B-403-

P6G

31B-404-

P6G

-
要素

#1: タンパク質 Hypoxia-inducible factor 3-alpha / HIF3-alpha / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP7 / Class E basic helix-loop-helix protein 17 / ...HIF3-alpha / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP7 / Class E basic helix-loop-helix protein 17 / bHLHe17 / HIF3-alpha-1 / Inhibitory PAS domain protein / IPAS / Member of PAS protein 7 / PAS domain-containing protein 7


分子量: 12520.955 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 235-345 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF3A, BHLHE17, MOP7, PASD7 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-2 / 参照: UniProt: Q9Y2N7
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MVC / MONOVACCENIN / 11.7 MAG


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物
ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.06 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 3% PEG 400, 1.95 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97724 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→28.5 Å / Num. obs: 68827 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.8 % / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.15→1.17 Å / 冗長度: 9.1 % / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4h6j

4h6j


解像度: 1.15→28.5 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 10.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1408 6669 5.07 %
Rwork0.1216 --
obs0.1226 68827 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→28.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1637 0 155 295 2087
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111871
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7222494
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.735737
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.433262
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007303
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.15-1.16310.14672170.1074190X-RAY DIFFRACTION99
1.1631-1.17680.11232020.10784151X-RAY DIFFRACTION98
1.1768-1.19110.13252050.1054174X-RAY DIFFRACTION99
1.1911-1.20620.14732140.1014130X-RAY DIFFRACTION99
1.2062-1.22210.1441900.10394192X-RAY DIFFRACTION99
1.2221-1.23880.12682450.10764145X-RAY DIFFRACTION99
1.2388-1.25650.12592160.10834166X-RAY DIFFRACTION99
1.2565-1.27520.13972600.10454163X-RAY DIFFRACTION100
1.2752-1.29520.12612330.10944104X-RAY DIFFRACTION99
1.2952-1.31640.14542410.1094153X-RAY DIFFRACTION99
1.3164-1.33910.1231730.10534152X-RAY DIFFRACTION99
1.3391-1.36350.12852410.10474191X-RAY DIFFRACTION99
1.3635-1.38970.14352300.10794163X-RAY DIFFRACTION99
1.3897-1.4180.11332170.10844178X-RAY DIFFRACTION99
1.418-1.44890.12632220.11014185X-RAY DIFFRACTION100
1.4489-1.48260.15292310.10474131X-RAY DIFFRACTION100
1.4826-1.51970.12672620.09794117X-RAY DIFFRACTION100
1.5197-1.56070.11972360.10284209X-RAY DIFFRACTION100
1.5607-1.60670.14032240.1094152X-RAY DIFFRACTION99
1.6067-1.65850.12152120.10744125X-RAY DIFFRACTION99
1.6585-1.71780.12842180.10784213X-RAY DIFFRACTION100
1.7178-1.78660.14832270.11264150X-RAY DIFFRACTION100
1.7866-1.86780.11822490.11614187X-RAY DIFFRACTION100
1.8678-1.96630.1362400.11614168X-RAY DIFFRACTION100
1.9663-2.08950.15021890.11764241X-RAY DIFFRACTION100
2.0895-2.25070.14712380.12044089X-RAY DIFFRACTION98
2.2507-2.47710.15092100.12794156X-RAY DIFFRACTION99
2.4771-2.83530.15461620.14514247X-RAY DIFFRACTION100
2.8353-3.57110.15862190.13784199X-RAY DIFFRACTION100
3.5711-28.50860.15052460.15294090X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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