PDB-2xs5: Crystal structure of the RRM domain of mouse Deleted in azoosperm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xs5

タイトル

Crystal structure of the RRM domain of mouse Deleted in azoospermia- like in complex with Mvh RNA, UGUUC

要素

5'-R(*UP*GP*UP*UP*CP)-3'
DELETED IN AZOOSPERMIA-LIKE

キーワード

RNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX / TRANSLATION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

female meiosis II / translation activator activity / positive regulation of meiotic nuclear division / oocyte maturation / germ cell development / positive regulation of translational initiation / mRNA 3'-UTR binding / spermatogenesis / ribosome / protein-containing complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Jenkins, H.T. / Edwards, T.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Kinked Beta-Strands Mediate High-Affinity Recognition of Mrna Targets by the Germ-Cell Regulator Dazl
著者: Jenkins, H.T. / Edwards, T.A.

履歴

登録	2010年9月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年11月2日	Group: Database references
改定 1.2	2011年11月23日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xs5.cif.gz	101.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xs5.ent.gz	77.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xs5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xs5_validation.pdf.gz	452.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xs5_full_validation.pdf.gz	452.5 KB	表示
XML形式データ	2xs5_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	2xs5_validation.cif.gz	17.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/2xs5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/2xs5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xs2SC 2xs7C 2xsfC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1i7h-1 5ioi-3 7k3l-d 6wax-2 4oeo-1 4hlx-4 4wjp-1 1sdz-d 5io9-1 1p13-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DELETED IN AZOOSPERMIA-LIKE

B: DELETED IN AZOOSPERMIA-LIKE

C: 5'-R(*UP*GP*UP*UP*CP)-3'

D: 5'-R(*UP*GP*UP*UP*CP)-3'

ヘテロ分子

22.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DELETED IN AZOOSPERMIA-LIKE

C: 5'-R(*UP*GP*UP*UP*CP)-3'

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DELETED IN AZOOSPERMIA-LIKE

D: 5'-R(*UP*GP*UP*UP*CP)-3'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.605, 77.538, 37.695
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9987, -0.05053, -0.000232), (-0.05052, -0.9987, 0.007928), (-0.000632, -0.007906, -1)
ベクター: -0.07941, -5.122, 18.76)

#1: タンパク質	DELETED IN AZOOSPERMIA-LIKE / DAZ-LIKE AUTOSOMAL / DELETED IN AZOOSPERMIA-LIKE 1 分子量: 9797.299 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 32-117 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PET-SUMO-28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA-2 PLYSS / 参照: UniProt: Q64368
#2: RNA鎖	5'-R(UPGPUPUPCP)-3' / MVH 3'-UTR 分子量: 1523.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) MUS MUSCULUS* (ハツカネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.1 M MAGNESIUM ACETATE, 18% (W/V) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月15日詳細: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR FOR HORIZONTAL AND VERTICAL FOCUSSING
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→27.07 Å / Num. obs: 29634 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 16.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XS2

2xs2

解像度: 1.6→27.07 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 4.234 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22418	1500	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18848	-	-	-
obs	0.19033	28134	98.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.648 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.79 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→27.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1303	184	7	239	1733

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	1601
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.511	2.105	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.404	5	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.114	22.787	61
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.542	15	270
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.48	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	253
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	628
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	1079
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.154	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.186	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.906	1.5	847
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.412	2	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.314	3	754
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.526	4.5	800
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	97	-
R_work	0.281	2026	-
obs	-	-	96.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4825	1.3406	-0.4596	3.2062	-0.2103	3.0636	0.0504	-0.0571	0.0551	-0.0673	-0.0432	0.1222	-0.0628	-0.0196	-0.0071	0.0047	0.002	-0.0025	0.0373	0.0066	0.0443	17.7698	8.2324	15.0124
2	0.2396	0.2449	-0.5182	3.1369	-1.5999	2.9844	-0.0391	0.0343	-0.0622	0.0325	0.0557	0.1544	0.0222	-0.1566	-0.0167	0.0122	-0.0054	0.0081	0.0464	-0.0036	0.061	12.7617	4.6497	9.236
3	0.4142	-0.316	-0.7992	1.2016	0.4505	1.6855	0.0357	-0.0275	-0.0173	-0.0589	-0.0015	-0.0736	-0.1551	0.0519	-0.0343	0.1141	-0.0107	0.0058	0.1015	0.0015	0.0954	19.1127	11.5777	11.2211
4	3.9558	0.74	-0.4182	1.2661	0.532	2.2759	-0.052	-0.0646	-0.0071	0.019	0.0761	0.25	-0.0052	-0.1624	-0.0241	0.052	-0.0197	0.0082	0.0586	0.0308	0.0743	12.4543	12.4329	16.8512
5	1.6029	-0.2594	-0.0313	2.3116	-0.3854	2.0396	-0.0423	-0.0305	0.062	0.0427	0.0083	0.1838	-0.0339	-0.1537	0.034	0.0101	0.0075	-0.0062	0.0202	-0.0064	0.0292	13.5051	-13.7955	7.3108
6	0.1254	0.1033	0.0222	4.8302	-3.3538	2.4461	-0.0407	-0.048	0.0551	0.0498	0.0886	0.0463	-0.0854	-0.1136	-0.0479	0.0931	0.0094	0.0119	0.0718	0.0021	0.0923	15.3638	-9.13	8.0016
7	0.465	0.4734	0.3497	1.0026	-0.0812	1.2459	-0.0018	-0.0366	0.0669	0.0262	0.034	-0.0103	0.105	-0.0217	-0.0322	0.0875	0.0142	0.0032	0.0912	-0.0066	0.0929	17.6981	-17.8984	7.1639
8	7.6545	0.2599	-0.518	1.9159	1.0141	2.1063	0.0495	0.118	-0.044	-0.0529	-0.0914	0.312	-0.0369	-0.3022	0.0418	0.0315	0.0128	-0.0081	0.0492	0.0045	0.0632	11.6258	-17.8454	1.8883
9	1.9686	-2.1171	-1.2562	6.5547	1.915	2.5523	-0.0408	-0.1913	-0.2184	0.4831	-0.1485	0.1617	0.1771	0.0531	0.1894	0.0718	-0.0083	0.0033	0.0804	0.022	0.0841	17.5026	2.8554	21.7172
10	2.3055	0.3395	1.0318	2.3589	1.1895	2.3034	0.0049	0.135	0.2227	-0.4415	-0.0378	0.0038	-0.133	0.0518	0.0329	0.0906	0.0081	0.0172	0.0678	0.0159	0.0967	18.4451	-8.9254	-2.476

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	35 - 50
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	51 - 78
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	79 - 97
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	98 - 117
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	34 - 61
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	62 - 77
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	78 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	100 - 117
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 5
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	1 - 5

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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