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- PDB-6wax: C-terminal SH2 domain of p120RasGAP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wax
タイトルC-terminal SH2 domain of p120RasGAP
要素Ras GTPase-activating protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH2 domain / RasGAP / phosphopeptide / phosphotyrosine
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of RNA metabolic process / regulation of actin filament polymerization / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of cell adhesion / blood vessel morphogenesis / negative regulation of cell-matrix adhesion / mitotic cytokinesis / ephrin receptor signaling pathway / vasculogenesis / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases ...regulation of RNA metabolic process / regulation of actin filament polymerization / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of cell adhesion / blood vessel morphogenesis / negative regulation of cell-matrix adhesion / mitotic cytokinesis / ephrin receptor signaling pathway / vasculogenesis / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / ruffle / EPHB-mediated forward signaling / phosphotyrosine residue binding / Downstream signal transduction / GTPase activator activity / VEGFR2 mediated cell proliferation / Regulation of RAS by GAPs / GTPase binding / regulation of cell shape / negative regulation of neuron apoptotic process / intracellular signal transduction / signaling receptor binding / GTPase activity / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ras GTPase-activating protein 1, N-terminal SH2 domain / RasGAP, SH3 domain / Ras GTPase-activating protein 1, C-terminal SH2 domain / Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain ...Ras GTPase-activating protein 1, N-terminal SH2 domain / RasGAP, SH3 domain / Ras GTPase-activating protein 1, C-terminal SH2 domain / Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / Rho GTPase activation protein / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain profile. / PH domain / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ras GTPase-activating protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Jaber Chehayeb, R. / Wang, J. / Stiegler, A.L. / Boggon, T.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM102262 米国
American Heart Association19IPLOI34740007 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: The GTPase-activating protein p120RasGAP has an evolutionarily conserved "FLVR-unique" SH2 domain.
著者: Jaber Chehayeb, R. / Wang, J. / Stiegler, A.L. / Boggon, T.J.
履歴
登録2020年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras GTPase-activating protein 1
B: Ras GTPase-activating protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,50010
ポリマ－24,9362
非ポリマー5658
水4,378243
1
A: Ras GTPase-activating protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7505
ポリマ－12,4681
非ポリマー2824
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ras GTPase-activating protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7505
ポリマ－12,4681
非ポリマー2824
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.499, 65.588, 71.614
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 343 through 395 or resid 397...
21(chain B and (resid 343 through 395 or resid 397...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 343 through 395 or resid 397...A343 - 395
121(chain A and (resid 343 through 395 or resid 397...A397 - 401
131(chain A and (resid 343 through 395 or resid 397...A403 - 409
141(chain A and (resid 343 through 395 or resid 397...A412 - 413
151(chain A and (resid 343 through 395 or resid 397...A415 - 422
161(chain A and (resid 343 through 395 or resid 397...A425 - 431
171(chain A and (resid 343 through 395 or resid 397...A433 - 444
211(chain B and (resid 343 through 395 or resid 397...B343 - 395
221(chain B and (resid 343 through 395 or resid 397...B397 - 401
231(chain B and (resid 343 through 395 or resid 397...B343 - 444
241(chain B and (resid 343 through 395 or resid 397...B425 - 43
251(chain B and (resid 343 through 395 or resid 397...B425 - 431
261(chain B and (resid 343 through 395 or resid 397...B433 - 444

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要素

#1: タンパク質 Ras GTPase-activating protein 1 / RasGAP / Ras p21 protein activator / p120GAP


分子量: 12467.936 Da / 分子数: 2 / 変異: C372S, C402S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RASA1, GAP, RASA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P20936
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 2.3 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis Tris pH 6.5 / Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 40194 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 471661
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.5-1.5571.02639410.6890.4071.1060.99899.9
1.55-1.629.40.80839590.8460.2670.8530.996100
1.62-1.6912.30.61339730.9180.1770.6380.997100
1.69-1.7812.70.43239610.9620.1240.450.998100
1.78-1.8912.40.29539890.9820.0860.3070.993100
1.89-2.0412.40.20239780.9880.0590.211.01299.9
2.04-2.2412.90.15640140.9910.0440.1620.99199.9
2.24-2.5613.10.12540240.9940.0350.130.99399.8
2.56-3.2312.50.09540850.9960.0270.0991.043100
3.23-5012.50.07342700.9970.0210.0760.998100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1D4T

1d4t


解像度: 1.5→48.368 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1968 1943 4.84 %
Rwork0.1791 --
obs0.1799 40121 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 104.38 Å2 / Biso mean: 32.8258 Å2 / Biso min: 17.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→48.368 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1714 0 34 243 1991
Biso mean--48.87 42.29 -
残基数----207
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061882
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8722544
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2971126
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007340
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A874X-RAY DIFFRACTION8.306TORSIONAL
12B874X-RAY DIFFRACTION8.306TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5004-1.53790.29691260.2847259095
1.5379-1.57950.28091440.2532662100
1.5795-1.6260.27151460.23592711100
1.626-1.67850.25681270.22222704100
1.6785-1.73850.26961460.21732689100
1.7385-1.80810.22891650.20312682100
1.8081-1.89040.23481430.20082707100
1.8904-1.990.22671510.18822715100
1.99-2.11470.22631450.18592718100
2.1147-2.2780.22641420.17542732100
2.278-2.50720.20081240.17362743100
2.5072-2.870.20771320.18382763100
2.87-3.61570.18321120.17062822100
3.6157-48.3680.15271400.1622940100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.8606-3.346-4.98383.37611.94447.1828-0.4963-0.6289-0.04420.6560.40420.22840.18040.08130.06180.27280.02190.01770.28740.00170.3033-0.431855.367359.5254
26.33052.67591.34657.9741-1.19675.09210.1051-0.8328-0.13660.2654-0.1430.02320.2406-0.1883-0.0060.16030.01160.01850.25620.0040.16459.49453.96458.6446
34.64790.7588-0.6543.40122.03055.33340.0018-0.17690.1525-0.01550.0175-0.3130.12510.37120.02270.21380.0193-0.02240.28010.01250.252220.946153.109757.6397
46.5553-4.5241-1.89046.26551.40294.7436-0.1259-0.29420.63830.24630.1887-0.314-0.20010.2052-0.13050.1461-0.02-0.02360.1777-0.03520.20212.295360.861854.3683
54.2804-5.77834.09749.026-4.17475.5375-0.2096-0.04811.00530.1612-0.1408-0.8516-0.25120.65790.18780.2167-0.0582-0.00940.2517-0.01810.273218.978161.038349.5511
63.8822-3.9939-2.73914.25923.86788.4924-0.127-0.5288-0.08760.0647-0.04260.2705-0.2720.00220.19250.25980.01980.00260.20570.02380.26072.605964.338545.2175
78.1325.87120.48898.8603-2.05157.998-0.09150.29460.1087-0.62230.150.14070.00880.2-0.10870.25530.0093-0.00590.2221-0.00350.25475.031561.918240.3535
88.5255-5.6102-5.02697.9125-0.57428.6367-0.19520.3531-0.0711-0.2620.057-0.02360.1992-0.09250.11180.2177-0.0297-0.03580.1899-0.00720.20449.746253.264841.9622
95.75034.1849-0.43793.9091-0.69862.2203-0.42161.43040.5605-0.9630.0708-0.3876-0.50521.51150.23210.367-0.0580.04710.45560.12510.368520.412956.905438.9193
102.48992.2799-0.63758.8528-3.41226.94440.1083-0.1479-0.19060.4561-0.04680.04030.217-0.2931-0.23980.22130.00860.02160.27710.02570.279616.737449.316849.7797
112.7831-2.77530.02233.98842.45866.0883-0.004-1.1315-1.44281.23331.1343-3.41841.19821.4784-1.09520.54940.0442-0.18770.6891-0.20041.175426.661535.461952.056
127.05052.2559-1.08066.013-0.83743.92760.314-0.248-0.12920.4797-0.2250.1291-0.05930.025-0.09110.2521-0.01630.01510.17580.01140.164610.327933.403851.4244
138.8109-6.8736-2.3849.67370.50133.79860.25410.346-0.8329-0.2549-0.05060.55790.1394-0.3-0.22460.2215-0.0639-0.02990.19970.0310.265811.266728.849643.6711
145.9045-1.1824-2.70392.90150.53892.32340.16660.2150.0916-0.1233-0.0157-0.0226-0.1369-0.0343-0.13630.2231-0.0178-0.0040.18820.00840.172518.178436.427239.4284
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 340 through 349 )A340 - 349
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 350 through 357 )A350 - 357
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 358 through 373 )A358 - 373
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 374 through 391 )A374 - 391
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 392 through 402 )A392 - 402
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 403 through 411 )A403 - 411
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 412 through 418 )A412 - 418
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 419 through 428 )A419 - 428
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 429 through 433 )A429 - 433
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 434 through 444 )A434 - 444
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 343 through 348 )B343 - 348
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 349 through 378 )B349 - 378
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 379 through 401 )B379 - 401
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 402 through 444 )B402 - 444

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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