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- PDB-4wi1: Crystal Structure of Prolyl-tRNA synthetase (ProRS, Proline--tRNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wi1
タイトルCrystal Structure of Prolyl-tRNA synthetase (ProRS, Proline--tRNA ligase) from Plasmodium falciparum in complex with TCMDC-124506
要素Proline--tRNA ligase
キーワードLIGASE / SSGCID / Plasmodium falciparum / Prolyl-tRNA synthetase / ProRS / Proline--tRNA ligase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


Ala-tRNA(Pro) deacylase activity / proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / tRNA aminoacylation for protein translation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
C-terminal domain of ProRS / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / Proline-tRNA ligase, class IIa / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type ...C-terminal domain of ProRS / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / Proline-tRNA ligase, class IIa / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II / Translation Initiation Factor IF3 / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3O6 / IMIDAZOLE / Proline--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2016
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of Selective Allosteric Inhibitors of the Plasmodium falciparum Drug Target, Prolyl-tRNA-synthetase.
著者: Nakazawa Hewitt, S. / Dranow, D.M. / Horst, B.G. / Abendroth, J.A. / Forte, B. / Hallyburton, I. / Jansen, C. / Baragana, B. / Choi, R. / Rivas, K.L. / Hulverson, M.A. / Dumais, M. / Edwards, ...著者: Nakazawa Hewitt, S. / Dranow, D.M. / Horst, B.G. / Abendroth, J.A. / Forte, B. / Hallyburton, I. / Jansen, C. / Baragana, B. / Choi, R. / Rivas, K.L. / Hulverson, M.A. / Dumais, M. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.D. / Fairlamb, A.H. / Gray, D.W. / Read, K.D. / Lehane, A.M. / Kirk, K. / Myler, P.J. / Wernimont, A. / Walpole, C.S. / Stacy, R. / Barrett, L.K. / Gilbert, I.H. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2014年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Advisory / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proline--tRNA ligase
B: Proline--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,83322
ポリマ－117,9732
非ポリマー1,86020
水13,781765
1
A: Proline--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,94612
ポリマ－58,9861
非ポリマー96011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Proline--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,88610
ポリマ－58,9861
非ポリマー9009
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Proline--tRNA ligase
B: Proline--tRNA ligase
ヘテロ分子

A: Proline--tRNA ligase
B: Proline--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,66544
ポリマ－235,9464
非ポリマー3,71940
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area17130 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area70660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.180, 91.340, 110.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 129.530, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-809-

IMD

21A-963-

HOH

詳細biological unit is a monomer

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Proline--tRNA ligase / Prolyl-tRNA synthetase / ProRS


分子量: 58986.496 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 249-746 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: proRS, PFL0670c / プラスミド: PlfaA.18681.a.B4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8I5R7, proline-tRNA ligase

-
非ポリマー , 6種, 785分子

#2: 化合物 ChemComp-3O6 / 1-(4-fluorophenyl)-3-[4-(4-fluorophenyl)-1-methyl-3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazol-5-yl]urea


分子量: 396.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H13F5N4O
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 765 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.87 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: at 21.9mg/ml, incubated with 5mM TCMDC-124506, then 1:1 with Morpheus(B2): 10% PEG-8000, 20% ethylene glycol, 0.1M MES/imidazole, pH=6.5, 0.03M each magnesium chloride, calcium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 133468 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 21.93 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 1.018 / Net I/σ(I): 16.31 / Num. measured all: 564551
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.65-1.694.20.8310.5393.01421541010897250.61596.2
1.69-1.740.8990.4033.9341245984895130.45996.6
1.74-1.790.9370.3144.8940141957592580.35896.7
1.79-1.840.9620.2336.3738971927989860.26696.8
1.84-1.910.9730.27.537920906787860.22996.9
1.91-1.970.9830.159.7435270871384560.17297.1
1.97-2.050.990.10912.4235457843482140.12497.4
2.05-2.130.9930.08814.9433998811579120.197.5
2.13-2.220.9950.07417.4632604780376220.08597.7
2.22-2.330.9950.06519.3329583742672350.07597.4
2.33-2.460.9960.05621.729669710369730.06498.2
2.46-2.610.9970.0524.2327863672566090.05798.3
2.61-2.790.9970.04726.0725865628661840.05398.4
2.79-3.010.9980.04228.4124285591158270.04898.6
3.01-3.30.9980.03830.8621800539453250.04498.7
3.3-3.690.9980.03732.5419615492648550.04298.6
3.69-4.260.9980.03433.7417327434242800.03998.6
4.26-5.220.9980.03234.214437368335930.03797.6
5.22-7.380.9980.0334.2411587288528240.03497.9
7.380.9980.0332.944760162512910.03579.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ARPモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1803)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Q15

4q15


解像度: 1.65→40.288 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1879 2133 1.6 %
Rwork0.1616 131328 -
obs0.162 133461 97.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.38 Å2 / Biso mean: 33.2662 Å2 / Biso min: 10.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→40.288 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7035 0 124 766 7925
Biso mean--41.95 40.9 -
残基数----875
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077523
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04710218
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441097
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051298
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4262768
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6499-1.68830.21031310.20148607873896
1.6883-1.73060.23121490.18518671882097
1.7306-1.77730.21851260.1828642876897
1.7773-1.82960.21931190.17658694881397
1.8296-1.88870.22041370.18668703884097
1.8887-1.95620.21881320.17918694882697
1.9562-2.03450.21481410.17498740888198
2.0345-2.12710.24511450.17468771891698
2.1271-2.23920.19711650.16868731889698
2.2392-2.37950.20411330.16658774890798
2.3795-2.56320.181460.16648893903999
2.5632-2.82110.1931560.16958833898999
2.8211-3.22920.19581410.17048929907099
3.2292-4.06780.17391620.14388909907199
4.0678-40.29990.15351500.14178737888796
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.06012.67582.90833.36241.36383.3776-0.4597-0.23060.7597-0.22580.1830.3008-0.6128-0.01230.24380.35780.0150.00340.2105-0.07390.31641.538536.780739.9586
20.59830.41380.19151.77361.14572.01140.068-0.0780.1092-0.0221-0.03840.017-0.23250.0512-0.00140.1346-0.03780.00780.1387-0.01930.14414.187312.291421.6596
31.03930.1866-0.23111.16350.83151.85240.0564-0.06220.0199-0.0437-0.01020.0862-0.1113-0.0624-0.0420.1182-0.0162-0.02370.10560.01280.111-7.14664.717222.1547
41.37360.71780.6392.20251.44982.43910.05670.0466-0.170.16030.2056-0.41680.25430.3255-0.21960.21920.03-0.02170.2202-0.08680.252614.597125.947950.8946
54.28991.36312.43352.16911.26612.1560.1656-0.3046-0.22430.4926-0.1058-0.06070.3812-0.2785-0.05120.3326-0.05020.0370.2365-0.04020.1784-1.455815.086650.2601
60.76740.0912-0.34391.74260.15240.91950.42180.40740.764-0.3907-0.41170.6522-0.509-0.6636-0.00120.35510.19210.01970.5294-0.09540.6946-28.979418.313430.0691
71.1235-0.93240.41511.06610.36111.88940.34920.0870.3108-0.0575-0.45560.7509-0.1327-0.7399-0.05740.22340.06260.03750.4185-0.09580.5093-27.630711.775931.0997
81.41630.06480.58890.580.13451.83620.08130.01340.003-0.0699-0.055-0.0302-0.0280.1445-0.02060.1269-0.0373-0.01690.1302-0.00310.131816.74371.80848.5437
92.15491.43240.91342.4951.86511.57540.1374-0.12680.3413-0.17770.04380.0121-0.48270.170.07010.3465-0.13770.06770.2238-0.07270.251116.310424.097120.595
100.880.52890.0021.47320.27410.45360.1984-0.2360.2757-0.06430.0396-0.1754-0.36990.4361-0.16720.2917-0.21990.0840.2969-0.12190.291629.752319.936217.3078
111.0360.0373-0.00172.0753-0.932.2692-0.2131-0.2121-0.57050.3559-0.07380.41010.5533-0.11990.12310.317-0.0240.14970.23060.02040.399317.7038-18.15517.007
121.42711.2625-1.07863.0326-1.03751.6933-0.0086-0.1887-0.0879-0.0297-0.0408-0.5178-0.17380.28390.05230.1813-0.05590.02080.2977-0.03710.287840.74358.92576.6039
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 242 through 272 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 273 through 370 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 371 through 523 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 524 through 620 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 621 through 659 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 660 through 695 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 696 through 746 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 250 through 308 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 309 through 416 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 417 through 523 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 524 through 620 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 621 through 746 )B0

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万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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