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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4whd | ||||||
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タイトル | Human CEACAM1 N-domain homodimer | ||||||
![]() | Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1 | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / dimer / CEACAM | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of endothelial cell differentiation / insulin receptor internalization / negative regulation of cytotoxic T cell degranulation / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / regulation of homophilic cell adhesion / regulation of sprouting angiogenesis / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of hepatocyte proliferation / filamin binding ...regulation of endothelial cell differentiation / insulin receptor internalization / negative regulation of cytotoxic T cell degranulation / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / regulation of homophilic cell adhesion / regulation of sprouting angiogenesis / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of hepatocyte proliferation / filamin binding / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of lipid biosynthetic process / bile acid transmembrane transporter activity / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of endothelial cell migration / negative regulation of granulocyte differentiation / Fibronectin matrix formation / insulin catabolic process / common myeloid progenitor cell proliferation / negative regulation of interleukin-1 production / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of vasculogenesis / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / negative regulation of platelet aggregation / regulation of immune system process / bile acid and bile salt transport / negative regulation of vascular permeability / wound healing, spreading of cells / transport vesicle membrane / microvillus membrane / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / blood vessel development / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / tertiary granule membrane / lateral plasma membrane / specific granule membrane / regulation of cell migration / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein tyrosine kinase binding / basal plasma membrane / integrin-mediated signaling pathway / regulation of cell growth / Cell surface interactions at the vascular wall / adherens junction / negative regulation of protein kinase activity / kinase binding / cellular response to insulin stimulus / cell-cell junction / cell migration / cell junction / actin binding / protein phosphatase binding / angiogenesis / protein dimerization activity / calmodulin binding / cell adhesion / apical plasma membrane / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kirouac, K.N. / Prive, G.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Human CEACAM1 N-domain homodimer 著者: Kirouac, K.N. / Prive, G.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 0 - 107 / Label seq-ID: 1 - 108
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11970.249 Da / 分子数: 2 / 断片: N-domain (UNP residues 34-141) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 糖 | ChemComp-BOG / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.17 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: PEG 3000, NaCl, Phosphate-Citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→76.07 Å / Num. obs: 13472 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 1.8 % / Net I/σ(I): 18.63 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→76.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 13.593 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.365 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 119.83 Å2 / Biso mean: 18.888 Å2 / Biso min: 5.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→76.07 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 6167 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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