+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wc5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of tRNA-processing enzyme complex 3 | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | TRANSFERASE/RNA / RNA Nucleotidyltransferase / CCA-adding enzyme / A-adding enzyme / TRANSFERASE-RNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() ATP:3'-cytidine-cytidine-tRNA adenylyltransferase activity / RNA 3'-end processing / tRNA processing / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases / tRNA binding / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yamashita, S. / Tomita, K. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Measurement of Acceptor-T Psi C Helix Length of tRNA for Terminal A76-Addition by A-Adding Enzyme. Authors: Yamashita, S. / Martinez, A. / Tomita, K. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 260.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 209 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4wbyC ![]() 4wbzC ![]() 4wc0C ![]() 4wc1C ![]() 4wc2SC ![]() 4wc3C ![]() 4wc4C ![]() 4wc6C ![]() 4wc7C ![]() 4x0aC ![]() 4x0bC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 46550.711 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 443-824 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: RNA chain | Mass: 23850.168 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: tRNAphe from Thermotoga maritima / Source: (synth.) ![]() ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-CTP / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.97 Å3/Da / Density % sol: 58.64 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: isopropanol, potassium chloride, magnesium chloride, sodium cacodylate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Jun 18, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.41→20 Å / Num. obs: 11953 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 111.81 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Rrim(I) all: 0.181 / Χ2: 0.924 / Net I/σ(I): 11.14 / Num. measured all: 86262 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Starting model: 4WC2 Resolution: 3.41→19.824 Å / FOM work R set: 0.6544 / SU ML: 0.44 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 38.3 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 528.79 Å2 / Biso mean: 247.83 Å2 / Biso min: 84.73 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.41→19.824 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|