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- PDB-4wbq: Crystal structure of the exonuclease domain of QIP (QDE-2 interac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wbq
タイトルCrystal structure of the exonuclease domain of QIP (QDE-2 interacting protein) solved by native-SAD phasing.
要素QDE-2-interacting protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN
機能・相同性Gfd2/YDR514C-like / nucleic acid binding / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / metal ion binding / QDE-2-interacting protein
機能・相同性情報
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.693 Å
データ登録者Boland, A. / Weinert, T. / Weichenrieder, O. / Wang, M.
引用ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2015
タイトル: Fast native-SAD phasing for routine macromolecular structure determination.
著者: Weinert, T. / Olieric, V. / Waltersperger, S. / Panepucci, E. / Chen, L. / Zhang, H. / Zhou, D. / Rose, J. / Ebihara, A. / Kuramitsu, S. / Li, D. / Howe, N. / Schnapp, G. / Pautsch, A. / ...著者: Weinert, T. / Olieric, V. / Waltersperger, S. / Panepucci, E. / Chen, L. / Zhang, H. / Zhou, D. / Rose, J. / Ebihara, A. / Kuramitsu, S. / Li, D. / Howe, N. / Schnapp, G. / Pautsch, A. / Bargsten, K. / Prota, A.E. / Surana, P. / Kottur, J. / Nair, D.T. / Basilico, F. / Cecatiello, V. / Pasqualato, S. / Boland, A. / Weichenrieder, O. / Wang, B.C. / Steinmetz, M.O. / Caffrey, M. / Wang, M.
履歴
登録2014年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月31日Group: Database references
改定 1.22015年2月11日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: QDE-2-interacting protein
B: QDE-2-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7506
ポリマ－53,5902
非ポリマー1604
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5940 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area15860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.040, 77.040, 112.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 QDE-2-interacting protein


分子量: 26794.941 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 326-565 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5JQJ3
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M CaCl2, 0.1M Hepes buffer, pH7, 20% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 2.0664 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.0664 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.693→43 Å / Num. obs: 20707 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 154 % / Net I/σ(I): 37.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.134 / Mean I/σ(I) obs: 16.94 / Num. unique all: 2661 / % possible all: 86.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.693→42.963 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 1032 4.99 %
Rwork0.1719 --
obs0.1748 20678 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.693→42.963 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2729 0 4 33 2766
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022772
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5873744
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.036984
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.022432
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002471
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6932-2.83520.31451430.22642855X-RAY DIFFRACTION99
2.8352-3.01270.23841480.21062765X-RAY DIFFRACTION100
3.0127-3.24530.32091380.19122825X-RAY DIFFRACTION100
3.2453-3.57170.21631500.17582809X-RAY DIFFRACTION100
3.5717-4.08820.23311500.15332789X-RAY DIFFRACTION100
4.0882-5.14940.18311480.14562818X-RAY DIFFRACTION100
5.1494-42.96830.21771550.17882785X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined
精密化 TLSグループSelection details: chain 'B' and resid ' 519 ' and name ' SD ' and altloc ' '

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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