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- PDB-4wau: Crystal structure of CENP-M solved by native-SAD phasing -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wau
タイトルCrystal structure of CENP-M solved by native-SAD phasing
要素Centromere protein M
キーワードCELL CYCLE / native-SAD / S-SAD / sulfur-SAD / sulfur SAD / Mitosis / Kinetochore / CCAN / G-protein
機能・相同性
機能・相同性情報


inner kinetochore / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / nucleoplasm ...inner kinetochore / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Centromere protein Cenp-M / Centromere protein M (CENP-M) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Centromere protein M
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Weinert, T. / Basilico, F. / Cecatiello, V. / Pasqualato, S. / Wang, M.
引用ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2015
タイトル: Fast native-SAD phasing for routine macromolecular structure determination.
著者: Weinert, T. / Olieric, V. / Waltersperger, S. / Panepucci, E. / Chen, L. / Zhang, H. / Zhou, D. / Rose, J. / Ebihara, A. / Kuramitsu, S. / Li, D. / Howe, N. / Schnapp, G. / Pautsch, A. / ...著者: Weinert, T. / Olieric, V. / Waltersperger, S. / Panepucci, E. / Chen, L. / Zhang, H. / Zhou, D. / Rose, J. / Ebihara, A. / Kuramitsu, S. / Li, D. / Howe, N. / Schnapp, G. / Pautsch, A. / Bargsten, K. / Prota, A.E. / Surana, P. / Kottur, J. / Nair, D.T. / Basilico, F. / Cecatiello, V. / Pasqualato, S. / Boland, A. / Weichenrieder, O. / Wang, B.C. / Steinmetz, M.O. / Caffrey, M. / Wang, M.
履歴
登録2014年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月31日Group: Database references
改定 1.22015年2月11日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centromere protein M
B: Centromere protein M


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4912
ポリマ－38,4912
非ポリマー00
水6,143341
1
A: Centromere protein M


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2451
ポリマ－19,2451
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Centromere protein M


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2451
ポリマ－19,2451
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.570, 104.570, 33.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

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要素

#1: タンパク質 Centromere protein M / CENP-M / Interphase centromere complex protein 39 / Proliferation-associated nuclear element protein 1


分子量: 19245.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: residue 62 can not be observed in the density, however the density for the whole loop region is not very good.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPM, C22orf18, ICEN39, PANE1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NSP4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.34 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM bicine pH 8.5, 11 % MPD, 8 mM spermidine / PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 2.0664 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.0664 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 40969 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 140.4 % / Net I/σ(I): 92.37
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 32.3 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Mean I/σ(I) obs: 16.94 / % possible all: 86.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→45.28 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.7 / 位相誤差: 14.5 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1476 2117 5.17 %
Rwork0.1168 --
obs0.1252 40969 98.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2351 0 0 341 2692
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022390
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5513241
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.567869
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.02400
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002406
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.25130.17931240.11552292X-RAY DIFFRACTION82
2.2513-2.30750.1641480.11992500X-RAY DIFFRACTION91
2.3075-2.36990.17011390.12942496X-RAY DIFFRACTION90
2.3699-2.43950.16431720.12712612X-RAY DIFFRACTION91
2.4395-2.51820.16211520.14222526X-RAY DIFFRACTION94
2.5182-2.60810.17471430.14722647X-RAY DIFFRACTION93
2.6081-2.71240.1751260.13972590X-RAY DIFFRACTION95
2.7124-2.83560.18091460.13242653X-RAY DIFFRACTION95
2.8356-2.98490.14321300.12642638X-RAY DIFFRACTION95
2.9849-3.17150.16171500.12692646X-RAY DIFFRACTION95
3.1715-3.41570.12841580.12472614X-RAY DIFFRACTION94
3.4157-3.75830.14531100.11512700X-RAY DIFFRACTION96
3.7583-4.29940.14481340.10232612X-RAY DIFFRACTION95
4.2994-5.40650.12691300.10352652X-RAY DIFFRACTION95
5.4065-23.97210.16341500.14162636X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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