PDB-4w7d: Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant D21H/K26H With ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4w7d

タイトル

Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant D21H/K26H With Copper Mediated Crystal Contacts, P 21 21 21 Space Group

要素

fluorescent protein D21H/K26H

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta / COPPER (II) ION

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Leibly, D.J. / Waldo, G.S. / Yeates, T.O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: A Suite of Engineered GFP Molecules for Oligomeric Scaffolding.
著者: Leibly, D.J. / Arbing, M.A. / Pashkov, I. / DeVore, N. / Waldo, G.S. / Terwilliger, T.C. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2014年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.country ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4w7d.cif.gz	202.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4w7d.ent.gz	161.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4w7d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/4w7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/4w7d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w69C 4w6aC 4w6bC 4w6cC 4w6dC 4w6fC 4w6gC 4w6hC 4w6iC 4w6jC 4w6kC 4w6lC 4w6mC 4w6nC 4w6oC 4w6pC 4w6rC 4w6sC 4w6tC 4w6uC 4w72C 4w73C 4w74C 4w75C 4w76C 4w77C 4w7aC 4w7cC 4w7eC 4w7fC 4w7rC 4w7xC 2b3pS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7a7p-d 4en1-2 5dpi-2 6l26-d 5yr2-1 2ye1-d 5j2o-d 6l27-d 1qxt-d 1yjf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: fluorescent protein D21H/K26H

B: fluorescent protein D21H/K26H

ヘテロ分子

53.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: fluorescent protein D21H/K26H

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: fluorescent protein D21H/K26H

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	56.420, 82.050, 113.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	fluorescent protein D21H/K26H 分子量: 26120.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 319分子

#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸分子量: 207.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₇NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.24 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 20% PEG8000, 0.1M CHES pH9.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.799→66.57 Å / Num. obs: 49634 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / R_sym value: 0.138 / Net I/σ(I): 8.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: DEV_1555)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2B3P

2b3p

解像度: 1.8→66.57 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.221	4963	10 %
R_work	0.179	-	-
obs	0.183	49628	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→66.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3618	0	58	309	3985

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3814
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.321	5157
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.363	1429
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	554
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	659

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.799-1.8196	0.3769	150	0.3504	1344	X-RAY DIFFRACTION	89
1.8196-1.841	0.3093	160	0.3046	1446	X-RAY DIFFRACTION	100
1.841-1.8635	0.3407	164	0.2957	1471	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8635-1.8871	0.3104	164	0.2642	1483	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8871-1.9119	0.3071	165	0.2507	1478	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9119-1.9381	0.2725	162	0.2429	1455	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9381-1.9658	0.2517	163	0.2299	1474	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9658-1.9951	0.2645	166	0.2216	1492	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9951-2.0263	0.2533	163	0.2044	1463	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0263-2.0595	0.2383	162	0.2106	1465	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0595-2.0951	0.2639	167	0.199	1496	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0951-2.1332	0.241	161	0.1943	1451	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1332-2.1742	0.2537	167	0.1938	1499	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1742-2.2186	0.238	164	0.1958	1485	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2186-2.2668	0.2282	165	0.1814	1492	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2668-2.3195	0.2315	164	0.1844	1470	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3195-2.3776	0.2412	164	0.1797	1484	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3776-2.4418	0.2468	167	0.1796	1501	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4418-2.5137	0.2167	163	0.1826	1468	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5137-2.5948	0.2381	167	0.1764	1498	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5948-2.6876	0.253	167	0.184	1507	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6876-2.7952	0.2425	166	0.1774	1487	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7952-2.9224	0.2323	166	0.1785	1499	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9224-3.0765	0.2175	166	0.179	1494	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0765-3.2692	0.1812	168	0.1518	1515	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2692-3.5216	0.1882	169	0.1582	1516	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5216-3.876	0.193	168	0.159	1515	X-RAY DIFFRACTION	100
3.876-4.4368	0.1775	170	0.1407	1524	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4368-5.5894	0.201	173	0.1462	1564	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5894-66.6143	0.204	182	0.1889	1629	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5442	-0.2993	0.0685	1.7518	-0.4331	2.005	0.0144	-0.0423	-0.0356	-0.014	-0.0163	-0.0754	0.0796	0.1237	-0.0074	0.1279	0.0061	0.0163	0.1445	-0.0152	0.1713	-14.5524	14.3638	-25.9853
2	1.7789	0.0527	-0.1867	2.0611	-0.1651	1.8435	0.0331	-0.0764	0.0859	0.1316	-0.0615	-0.0316	-0.0381	0.0771	0.0177	0.1935	-0.0082	0.0088	0.1743	-0.0004	0.1692	-20.0107	40.7942	-11.4603

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESSEQ 3:229)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN B AND RESSEQ 5:230)

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