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万見
- PDB-5j2o: Crystal structure of the cyan fluorescence protein Cerulean S175G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j2o
タイトルCrystal structure of the cyan fluorescence protein Cerulean S175G mutant
要素Green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Cerulean / Cyan Fluorescent Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Park, S.-W. / Kang, S. / Yoon, T.-S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation of KoreaNRF-2013M1A3A3A02042368 韓国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of the cyan fluorescent protein Cerulean-S175G
著者: Park, S.-W. / Kang, S. / Yoon, T.-S.
履歴
登録2016年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5881
ポリマ－27,5881
非ポリマー00
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area710 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area10230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.137, 62.898, 70.106
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 27588.092 Da / 分子数: 1 / 変異: F65L/Y145A/N146I/H148D/M153T/V163A/S175G/H231L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / プラスミド: PET21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODONPLUS(DE3) / 参照: UniProt: P42212
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細1. S72A IS MUTAGENESIS ACCORDING TO DATABASE P42212 (GFP_AEQVI) 2. CHROMOPHORE RESULTING FROM ...1. S72A IS MUTAGENESIS ACCORDING TO DATABASE P42212 (GFP_AEQVI) 2. CHROMOPHORE RESULTING FROM AUTOCATALYTIC CYCLIZATION OF CONSECUTIVE AMINO ACID RESIDUES THR65, TRP66 AND GLY67, ENGINEERED MUTANT (S65T, Y66W).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 16% PEG 8000, 0.1M MGCL2, 0.1M HEPES PH 7.5 / PH範囲: 7.0-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月26日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→35.053 Å / Num. obs: 36842 / % possible obs: 99.77 % / 冗長度: 7 % / Rsym value: 0.081 / Net I/av σ(I): 2.2 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 0.249 % / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1-2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Coot0.8.2モデル構築
HKL-20001.97.2データスケーリング
PHENIX1.10.1-2155位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ydz

2ydz


解像度: 1.5→35.053 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.1878 / 位相誤差: 96.33 / 詳細: add hydrogene
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1878 2000 5.43 %Random selection
Rwork0.1694 ---
obs-36841 98.2398 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / Bsol: 0.1411 Å2 / ksol: 0.9725 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 73.01 Å2 / Biso mean: 12.8524 Å2 / Biso min: 3.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→35.053 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1797 0 0 249 2046
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4996-1.53710.19841360.16412376251297
1.5371-1.57860.20271410.152524472588100
1.5786-1.62510.19261420.153124662608100
1.6251-1.67750.21081410.159724542595100
1.6775-1.73750.20051400.158324622602100
1.7375-1.80710.18121430.158124792622100
1.8071-1.88930.18431420.161524712613100
1.8893-1.98890.20321420.167424682610100
1.9889-2.11350.17861420.168624792621100
2.1135-2.27670.19411430.168724952638100
2.2767-2.50570.21721450.172525132658100
2.5057-2.86810.18711430.182125112654100
2.8681-3.6130.17341470.182825532700100
3.613-35.06260.17251530.168726672820100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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