PDB-4w74: Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant E115C/T118H Wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4w74

タイトル

Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant E115C/T118H With Metal Mediated Crystal Contacts, P 1 21 1 Space Group

要素

fluorescent protein E115C/T118H

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Leibly, D.J. / Waldo, G.S. / Yeates, T.O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: A Suite of Engineered GFP Molecules for Oligomeric Scaffolding.
著者: Leibly, D.J. / Arbing, M.A. / Pashkov, I. / DeVore, N. / Waldo, G.S. / Terwilliger, T.C. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2014年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb4w74.ent.gz	590.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4w74.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4w74_validation.pdf.gz	478.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4w74_full_validation.pdf.gz	509 KB	表示
XML形式データ	4w74_validation.xml.gz	67.3 KB	表示
CIF形式データ	4w74_validation.cif.gz	87.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/4w74 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/4w74	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w69C 4w6aC 4w6bC 4w6cC 4w6dC 4w6fC 4w6gC 4w6hC 4w6iC 4w6jC 4w6kC 4w6lC 4w6mC 4w6nC 4w6oC 4w6pC 4w6rC 4w6sC 4w6tC 4w6uC 4w72C 4w73C 4w75C 4w76C 4w77C 4w7aC 4w7cC 4w7dC 4w7eC 4w7fC 4w7rC 4w7xC 2b3pS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4lw5-4 2emn-d 6ogb-2 5yr3-d 4w77-2 6aa6-2 6uho-2 4w7e-d 2hjo-d 4w7f-d 4ar7-d 1c4f-d 6ylp-d 1z1q-d 7a83-d 6xzf-1 5b61-6 2qle-1 2dug-d 1jbz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: fluorescent protein E115C/T118H

B: fluorescent protein E115C/T118H

C: fluorescent protein E115C/T118H

D: fluorescent protein E115C/T118H

E: fluorescent protein E115C/T118H

F: fluorescent protein E115C/T118H

G: fluorescent protein E115C/T118H

H: fluorescent protein E115C/T118H

ヘテロ分子

209 kDa, 8 ポリマー
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1

A: fluorescent protein E115C/T118H

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: fluorescent protein E115C/T118H

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: fluorescent protein E115C/T118H

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: fluorescent protein E115C/T118H

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.1 kDa, 1 ポリマー
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5

E: fluorescent protein E115C/T118H

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.1 kDa, 1 ポリマー
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6

F: fluorescent protein E115C/T118H

登録者が定義した集合体
26.1 kDa, 1 ポリマー
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7

G: fluorescent protein E115C/T118H

登録者が定義した集合体
26.1 kDa, 1 ポリマー
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8

H: fluorescent protein E115C/T118H

登録者が定義した集合体
26.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	67.440, 119.790, 130.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.99, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	fluorescent protein E115C/T118H 分子量: 26067.383 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.37 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 17% PEG10000, 0.1M Ammpnium acetate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.099→88.27 Å / Num. obs: 119482 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.4 % / R_sym value: 0.1043 / Net I/σ(I): 8.06

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: DEV_1555)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2B3P

2b3p

解像度: 2.1→88.27 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235	11941	10 %
R_work	0.212	-	-
obs	0.214	119406	98.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→88.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14376	0	6	201	14583

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	14724
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.572	19917
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.994	5455
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.098	2147
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2583

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.099-2.1233	0.3189	355	0.3208	3194	X-RAY DIFFRACTION	89
2.1233-2.1482	0.3229	396	0.3032	3567	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1482-2.1744	0.3383	404	0.2906	3643	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1744-2.202	0.3009	394	0.2841	3545	X-RAY DIFFRACTION	99
2.202-2.2309	0.324	398	0.2827	3593	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2309-2.2615	0.2972	397	0.2796	3578	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2615-2.2938	0.2964	397	0.2795	3575	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2938-2.3281	0.2968	400	0.2752	3594	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3281-2.3644	0.2874	396	0.2531	3568	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3644-2.4032	0.2738	404	0.2491	3633	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4032-2.4446	0.278	395	0.2529	3562	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4446-2.4891	0.2706	401	0.2545	3600	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4891-2.537	0.2854	399	0.2561	3593	X-RAY DIFFRACTION	99
2.537-2.5888	0.2813	398	0.2431	3580	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5888-2.6451	0.278	399	0.2491	3586	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6451-2.7066	0.2988	398	0.2451	3574	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7066-2.7743	0.261	398	0.2548	3581	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7743-2.8493	0.2618	394	0.249	3551	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8493-2.9331	0.2741	410	0.2441	3682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9331-3.0278	0.2513	392	0.2384	3529	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0278-3.136	0.2483	404	0.211	3638	X-RAY DIFFRACTION	99
3.136-3.2616	0.235	398	0.2141	3584	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2616-3.4101	0.2526	402	0.2253	3618	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4101-3.5898	0.2592	398	0.2155	3581	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5898-3.8148	0.2095	396	0.1942	3561	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8148-4.1093	0.2046	403	0.1803	3625	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1093-4.5228	0.1655	402	0.1499	3618	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5228-5.1772	0.1584	402	0.1441	3625	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1772-6.5225	0.1977	403	0.1788	3622	X-RAY DIFFRACTION	99
6.5225-88.3478	0.1808	408	0.1666	3665	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7006	-0.0302	-0.1402	1.1883	0.0572	1.7135	0.1292	0.1073	-0.0363	-0.0295	-0.0671	0.014	-0.0016	-0.0523	-0.0542	0.2474	0.0187	0.0035	0.2497	0.0007	0.2312	-28.1728	-6.9964	-29.6613
2	2.2319	0.1311	-0.3409	1.4177	0.4093	1.948	0.0662	0.1848	-0.0794	-0.1132	-0.0586	0.0544	0.0733	-0.2255	-0.0236	0.2728	0.0369	-0.0103	0.3345	0.0174	0.2655	-1.1871	-35.7126	-64.8007
3	1.9461	0.0216	0.2329	1.4178	0.3203	1.7188	0.0621	-0.202	0.0355	0.1107	-0.0492	0.0766	-0.0794	-0.2169	-0.0129	0.2391	-0.0303	-0.0049	0.2842	0.0198	0.2276	-34.8751	-10.1907	-0.4866
4	1.6248	-0.0372	-0.0275	1.2991	-0.0973	1.6646	0.1392	-0.1146	-0.0034	0.0392	-0.087	-0.0006	0.0394	-0.0167	-0.0466	0.2705	-0.0005	-0.0175	0.2881	-0.0034	0.2429	5.4456	-39.0742	-35.803
5	1.5322	-0.1097	0.1371	0.9665	0.2053	2.2541	-0.0136	0.0368	-0.0262	0.0116	0.0178	-0.0023	0.009	-0.0654	-0.0008	0.2059	-0.0246	-0.0106	0.2977	0.0229	0.2618	2.1971	-28.2888	0.9369
6	1.7691	-0.2624	-0.4228	1.6134	0.1384	1.7467	-0.1547	-0.0573	0.0001	0.1126	0.1162	-0.079	0.0113	0.1226	0.0273	0.2985	0.0098	-0.0577	0.2697	-0.0088	0.2804	-36.3131	-64.7144	-36.3382
7	1.5576	0.4743	0.1814	1.6914	0.2907	1.7489	-0.1304	0.0961	-0.0685	-0.1209	0.1126	-0.072	0.0268	0.1403	0.0254	0.2743	-0.0025	0.04	0.2646	-0.01	0.2637	-2.5819	18.723	-28.9423
8	1.289	-0.053	-0.1259	1.2183	0.1336	2.0737	-0.0045	-0.0081	0.0644	-0.0049	0.0198	-0.0501	-0.0554	-0.05	-0.0203	0.2043	0.0243	0.0047	0.2867	0.0106	0.2376	-31.5507	-17.521	-66.2161

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESSEQ 4:229)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN B AND RESSEQ 4:229)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN C AND RESSEQ 4:229)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN D AND RESSEQ 4:229)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN E AND RESSEQ 4:228)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN F AND RESSEQ 5:230)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN G AND RESSEQ 4:229)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN H AND RESSEQ 4:229)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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