PDB-4w6t: Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant E115H/T118H Wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4w6t

タイトル

Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant E115H/T118H With Copper Mediated Crystal Contacts, P 43 21 2 Space Group

要素

fluorescent protein E115H/T118H

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta / BROMIDE ION / COPPER (II) ION

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.604 Å

データ登録者

Leibly, D.J. / Waldo, G.S. / Yeates, T.O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: A Suite of Engineered GFP Molecules for Oligomeric Scaffolding.
著者: Leibly, D.J. / Arbing, M.A. / Pashkov, I. / DeVore, N. / Waldo, G.S. / Terwilliger, T.C. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2014年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4w6t.cif.gz	67.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4w6t.ent.gz	48.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4w6t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/4w6t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/4w6t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w69C 4w6aC 4w6bC 4w6cC 4w6dC 4w6fC 4w6gC 4w6hC 4w6iC 4w6jC 4w6kC 4w6lC 4w6mC 4w6nC 4w6oC 4w6pC 4w6rC 4w6sC 4w6uC 4w72C 4w73C 4w74C 4w75C 4w76C 4w77C 4w7aC 4w7cC 4w7dC 4w7eC 4w7fC 4w7rC 4w7xC 2b3pS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7a7v-d 2g16-d 5dpi-6 5dpj-4 6fll-d 3cd1-d 4w74-7 1emf-d 2hrs-d 3st3-3 4lw5-2 4w7e-d 4rtc-d 4orn-1 4j8a-d 4zf4-2 1emk-d 3st2-2 3lvd-3 4zf5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: fluorescent protein E115H/T118H

ヘテロ分子

27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.300, 105.300, 69.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	fluorescent protein E115H/T118H 分子量: 26102.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.72 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.15M Kbr, 30% PEG MME 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.604→74.46 Å / Num. obs: 51580 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.7 % / R_sym value: 0.07155 / Net I/σ(I): 17.81

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE: DEV_1555) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2B3P

2b3p

解像度: 1.604→74.46 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.207	5157	10 %
R_work	0.18	-	-
obs	0.182	51563	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.604→74.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1830	0	47	159	2036

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	1949
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.758	2621
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.909	727
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.106	278
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	339

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.604-1.6222	0.3039	158	0.2741	1436	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6222-1.6413	0.308	168	0.2574	1509	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6413-1.6614	0.2541	171	0.2475	1538	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6614-1.6824	0.2647	168	0.233	1511	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6824-1.7045	0.2674	169	0.2274	1520	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7045-1.7279	0.2416	172	0.2222	1543	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7279-1.7526	0.2498	170	0.2069	1532	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7526-1.7787	0.2353	170	0.2032	1527	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7787-1.8065	0.2188	169	0.1964	1517	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8065-1.8361	0.2646	170	0.1958	1537	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8361-1.8678	0.2037	169	0.1939	1517	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8678-1.9018	0.2193	171	0.1916	1539	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9018-1.9384	0.2155	172	0.1938	1544	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9384-1.9779	0.2206	169	0.1847	1529	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9779-2.0209	0.2222	170	0.1891	1521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0209-2.0679	0.225	173	0.1905	1560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0679-2.1197	0.2079	170	0.182	1533	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1197-2.177	0.2181	173	0.1909	1552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.177-2.241	0.2127	171	0.183	1538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.241-2.3134	0.2224	172	0.1938	1546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3134-2.3961	0.2282	172	0.1861	1548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3961-2.492	0.2284	173	0.1918	1558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.492-2.6054	0.2166	172	0.1879	1553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6054-2.7428	0.2142	173	0.1839	1554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7428-2.9147	0.2285	175	0.1931	1571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9147-3.1397	0.2164	174	0.1881	1569	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1397-3.4557	0.2293	175	0.1966	1572	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4557-3.9557	0.2097	177	0.1751	1600	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9557-4.9836	0.1594	180	0.1377	1619	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9836-74.5387	0.1619	191	0.1524	1713	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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