PDB-4w6p: Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant D102C Disulfide...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4w6p

タイトル

Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant D102C Disulfide Dimer, P 21 21 21 Space Group

要素

fluorescent protein D102C

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / dimer / disulfide

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.085 Å

データ登録者

Leibly, D.J. / Waldo, G.S. / Yeates, T.O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: A Suite of Engineered GFP Molecules for Oligomeric Scaffolding.
著者: Leibly, D.J. / Arbing, M.A. / Pashkov, I. / DeVore, N. / Waldo, G.S. / Terwilliger, T.C. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2014年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4w6p.cif.gz	654.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4w6p.ent.gz	550.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4w6p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4w6p_validation.pdf.gz	499.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4w6p_full_validation.pdf.gz	539.5 KB	表示
XML形式データ	4w6p_validation.xml.gz	61.9 KB	表示
CIF形式データ	4w6p_validation.cif.gz	79.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/4w6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/4w6p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w69C 4w6aC 4w6bC 4w6cC 4w6dC 4w6fC 4w6gC 4w6hC 4w6iC 4w6jC 4w6kC 4w6lC 4w6mC 4w6nC 4w6oC 4w6rC 4w6sC 4w6tC 4w6uC 4w72C 4w73C 4w74C 4w75C 4w76C 4w77C 4w7aC 4w7cC 4w7dC 4w7eC 4w7fC 4w7rC 4w7xC 2b3pS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4w6r-5 4j1v-d 4w6r-2 6q6j-d 6srr-d 5yel-1 3huh-d 2ztn-d 6czo-d 4w6r-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: fluorescent protein D102C

B: fluorescent protein D102C

C: fluorescent protein D102C

D: fluorescent protein D102C

E: fluorescent protein D102C

F: fluorescent protein D102C

G: fluorescent protein D102C

H: fluorescent protein D102C

215 kDa, 8 ポリマー
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1

A: fluorescent protein D102C

B: fluorescent protein D102C

登録者が定義した集合体
53.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: fluorescent protein D102C

D: fluorescent protein D102C

登録者が定義した集合体
53.6 kDa, 2 ポリマー
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3

E: fluorescent protein D102C

H: fluorescent protein D102C

登録者が定義した集合体
53.6 kDa, 2 ポリマー
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4

F: fluorescent protein D102C

G: fluorescent protein D102C

登録者が定義した集合体
53.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	86.050, 117.860, 209.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	fluorescent protein D102C 分子量: 26816.193 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.23 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 1.3M NaNO3, 0.1M NaAcetate pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.085→79.58 Å / Num. obs: 39143 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.7 % / R_sym value: 0.1491 / Net I/σ(I): 10.85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2B3P

2b3p

解像度: 3.085→79.575 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2789	3914	10 %
R_work	0.2323	-	-
obs	0.237	39137	97.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.085→79.575 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12960	0	0	0	12960

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	13217
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.414	17836
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.73	4844
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1976
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2277

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0852-3.1228	0.4499	98	0.3755	874	X-RAY DIFFRACTION	71
3.1228-3.1624	0.3233	141	0.293	1274	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1624-3.204	0.3462	140	0.297	1259	X-RAY DIFFRACTION	98
3.204-3.2479	0.3585	138	0.2833	1238	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2479-3.2943	0.3333	139	0.2724	1259	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2943-3.3435	0.3509	139	0.2693	1249	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3435-3.3957	0.307	142	0.2764	1276	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3957-3.4514	0.3189	134	0.2753	1210	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4514-3.5109	0.3421	137	0.2729	1227	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5109-3.5747	0.3404	142	0.2511	1277	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5747-3.6435	0.3339	140	0.2464	1262	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6435-3.7179	0.297	139	0.245	1253	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7179-3.7987	0.2682	141	0.2332	1270	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7987-3.8871	0.2915	141	0.2264	1267	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8871-3.9843	0.3089	141	0.223	1268	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9843-4.092	0.2477	142	0.217	1279	X-RAY DIFFRACTION	100
4.092-4.2124	0.231	140	0.2079	1256	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2124-4.3483	0.2424	142	0.2007	1276	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3483-4.5037	0.2029	140	0.1919	1268	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5037-4.684	0.234	136	0.18	1217	X-RAY DIFFRACTION	95
4.684-4.8972	0.2492	144	0.1896	1295	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8972-5.1553	0.2169	140	0.1797	1270	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1553-5.4783	0.2438	143	0.2017	1288	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4783-5.9011	0.2392	145	0.2186	1310	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9011-6.4947	0.2893	145	0.2416	1298	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4947-7.4339	0.3299	142	0.26	1277	X-RAY DIFFRACTION	97
7.4339-9.3636	0.2683	147	0.2365	1332	X-RAY DIFFRACTION	100
9.3636-79.6017	0.305	156	0.2674	1394	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3527	-0.1016	0.237	3.5408	-0.9257	3.7028	-0.0575	0.1145	0.0058	-0.0874	0.1318	0.0552	0.0977	-0.1589	-0.0576	0.3896	0.0235	0.0216	0.3374	0.0705	0.4844	32.7872	10.7477	45.779
2	3.4673	-0.0645	-0.1737	3.6673	0.1944	3.9725	0.0682	0.2889	-0.2388	-0.3947	-0.1768	-0.0863	0.3718	0.2337	0.0677	0.4528	0.0962	0.0712	0.4676	0.0838	0.5624	65.4231	34.5012	25.1271
3	4.508	-0.7237	1.095	6.0306	-0.3396	4.0871	0.1059	0.3707	-0.1126	-0.8774	-0.1238	0.1711	0.2447	0.1232	-0.0128	0.4528	0.0364	0.0061	0.4197	0.0862	0.4533	29.4381	42.0825	23.4843
4	3.0523	-0.3378	0.4704	5.6223	-1.791	4.5765	-0.0612	0.3901	0.5509	0.2521	-0.0079	-0.1472	-0.4753	0.4621	0.0284	0.395	-0.0265	0.0677	0.4784	0.1369	0.5654	62.0103	72.2875	20.0942
5	3.4568	-0.091	-0.1505	3.4992	-0.5647	4.2873	-0.0239	0.2656	0.3462	0.031	-0.1395	0.0982	-0.4855	0.5481	0.2061	0.4833	-0.0089	-0.1309	0.5625	0.2386	0.7228	9.1798	63.3806	20.1585
6	3.9529	0.5775	-0.3594	4.4036	-0.4785	4.0701	0.1182	-0.1002	-0.7111	0.1149	-0.3329	0.0532	0.2587	0.2369	0.1776	0.4347	0.0672	0.007	0.5211	0.0801	0.9041	-0.0507	17.4679	39.2095
7	3.7009	-0.6859	1.2641	3.5984	-0.0218	4.1166	-0.0204	0.0757	-0.435	-0.4886	-0.0844	-0.1601	0.2423	-0.1027	0.1226	0.6837	0.0224	0.074	0.3916	0.0001	0.6951	-36.2221	-7.3836	30.2362
8	0.7971	-0.2692	0.3551	1.6321	-0.8793	3.0248	0.0927	1.2137	1.1297	-0.4978	0.353	0.7087	0.0556	-0.6449	-0.3341	0.7705	0.0403	0.0144	1.3498	0.7	1.0537	45.167	77.8515	-1.484

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESSEQ 4:229)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN B AND RESSEQ 4:226)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN C AND RESSEQ 5:227)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN D AND RESSEQ 4:229)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN E AND RESSEQ 4:227)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN F AND RESSEQ 4:228)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN G AND RESSEQ 4:226)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN H AND RESSEQ 10:225)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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