PDB-4w6c: Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant K26C Disulfide ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4w6c

タイトル

Crystal Structure of Full-Length Split GFP Mutant K26C Disulfide Dimer, P 21 21 21 Space Group

要素

fluorescent protein D21H/K26C

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / dimer / disulfide

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4924 Å

データ登録者

Leibly, D.J. / Waldo, G.S. / Yeates, T.O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: A Suite of Engineered GFP Molecules for Oligomeric Scaffolding.
著者: Leibly, D.J. / Arbing, M.A. / Pashkov, I. / DeVore, N. / Waldo, G.S. / Terwilliger, T.C. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2014年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4w6c.cif.gz	188.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4w6c.ent.gz	152.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4w6c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/4w6c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/4w6c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w69C 4w6aC 4w6bC 4w6dC 4w6fC 4w6gC 4w6hC 4w6iC 4w6jC 4w6kC 4w6lC 4w6mC 4w6nC 4w6oC 4w6pC 4w6rC 4w6sC 4w6tC 4w6uC 4w72C 4w73C 4w74C 4w75C 4w76C 4w77C 4w7aC 4w7cC 4w7dC 4w7eC 4w7fC 4w7rC 4w7xC 2b3pS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6uhr-d 4jgb-d 3hha-4 4mny-d 5oee-4 1zag-1 6yje-d 5x4t-d 4nwj-d 4w6g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: fluorescent protein D21H/K26C

B: fluorescent protein D21H/K26C

52.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.330, 88.370, 120.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	fluorescent protein D21H/K26C 分子量: 26085.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.11 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 35% MPD, 0.1M Imidazole pH 8.0, 0.2M MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.49→71.3 Å / Num. obs: 19311 / % possible obs: 97.33 % / 冗長度: 4.2 % / R_sym value: 0.1036 / Net I/σ(I): 7.28

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2B3P

2b3p

解像度: 2.4924→71.3 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2761	1929	10.01 %
R_work	0.248	-	-
obs	0.2506	19278	97.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4924→71.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3553	0	0	0	3553

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	3648
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.366	4933
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.224	1349
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	534
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	638

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4924-2.5547	0.4633	120	0.428	1079	X-RAY DIFFRACTION	85
2.5547-2.6238	0.402	134	0.4077	1203	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6238-2.701	0.3796	137	0.3797	1230	X-RAY DIFFRACTION	98
2.701-2.7882	0.3671	136	0.349	1220	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7882-2.8879	0.3828	135	0.3463	1223	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8879-3.0035	0.3577	135	0.3501	1212	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0035-3.1402	0.3346	137	0.2961	1232	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1402-3.3057	0.3184	138	0.2701	1248	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3057-3.5128	0.3227	138	0.267	1242	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5128-3.7841	0.2615	141	0.2433	1261	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7841-4.1648	0.2197	139	0.2187	1251	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1648-4.7674	0.2297	142	0.1852	1278	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7674-6.0059	0.2606	143	0.2117	1292	X-RAY DIFFRACTION	99
6.0059-71.3295	0.2467	154	0.2275	1378	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6507	0.1987	-0.2063	3.7837	-0.9994	3.9788	-0.18	-0.1585	0.2133	0.4233	0.0619	-0.5186	-0.0612	0.0914	0.0846	0.3756	0.0304	-0.0902	0.4146	-0.0429	0.5731	17.8216	7.6885	127.8905
2	3.3029	0.1491	0.3753	3.3879	-0.7561	5.1199	0.1067	0.1423	0.3007	0.0915	-0.0514	-0.0668	-0.8408	0.2805	-0.0606	0.6368	-0.0337	-0.0018	0.4538	0.0292	0.4652	20.4045	7.2222	165.8734

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESSEQ 4:227)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN B AND RESSEQ 4:229)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)