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- PDB-4mny: Crystal structure of urokinase-type plasminogen activator (uPA) c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mny
タイトルCrystal structure of urokinase-type plasminogen activator (uPA) complexed with bicyclic peptide UK903
要素
  • Urokinase-type plasminogen activator chain B
  • bicyclic peptide UK903
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / competitive inhibitor / bicyclic peptide / inhibitor / protease / N / N' / N''-(benzene-1 / 3 / 5-triyl)tris(2-bromoacetamide) (TBAB) cyclization / extracellular / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / regulation of signaling receptor activity / regulation of smooth muscle cell migration ...u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / regulation of signaling receptor activity / regulation of smooth muscle cell migration / serine-type endopeptidase complex / Dissolution of Fibrin Clot / smooth muscle cell migration / plasminogen activation / regulation of cell adhesion mediated by integrin / tertiary granule membrane / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cell adhesion / specific granule membrane / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / chemotaxis / blood coagulation / regulation of cell population proliferation / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / focal adhesion / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / : / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. ...Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / : / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
bicyclic peptide UK903 / Chem-29O / ACETATE ION / Urokinase-type plasminogen activator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Chen, S. / Pojer, F. / Heinis, C.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Peptide ligands stabilized by small molecules.
著者: Chen, S. / Bertoldo, D. / Angelini, A. / Pojer, F. / Heinis, C.
履歴
登録2013年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月26日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urokinase-type plasminogen activator chain B
B: Urokinase-type plasminogen activator chain B
C: bicyclic peptide UK903
D: bicyclic peptide UK903
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,88218
ポリマ－57,9544
非ポリマー1,92814
水7,728429
1
A: Urokinase-type plasminogen activator chain B
C: bicyclic peptide UK903
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9579
ポリマ－28,9772
非ポリマー9807
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area11940 Å2
手法PISA
2
B: Urokinase-type plasminogen activator chain B
D: bicyclic peptide UK903
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9249
ポリマ－28,9772
非ポリマー9477
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area11710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.959, 54.457, 71.681
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 245
2114B1 - 245
1125C1 - 101
2125D1 - 101

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.95132, -0.004525, 0.308173), (-0.00248, -0.999972, -0.007029), (0.308196, 0.005923, -0.951304)15.57428, -19.42945, -95.49374

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Urokinase-type plasminogen activator chain B / U-plasminogen activator / uPA


分子量: 27586.420 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain (UNP residues 179-423) / 変異: C122A, N145Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLAU / プラスミド: pSecTagA / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00749, u-plasminogen activator
#2: タンパク質・ペプチド bicyclic peptide UK903


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1390.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: modified with N,N',N''-(benzene-1,3,5-triyl)tris(2-bromoacetamide) (TBAB)
参照: bicyclic peptide UK903

-
非ポリマー , 5種, 443分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-29O / N,N',N''-benzene-1,3,5-triyltris(2-bromoacetamide) / N,N′,N′′-(1,3,5-ベンゼントリイル)トリス(ブロモアセトアミド)


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 485.954 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H12Br3N3O3 / 参照: bicyclic peptide UK903
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.71 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.25
詳細: 20% PEG4000, 16% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月5日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→45.68 Å / Num. all: 56805 / Num. obs: 56805 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 15.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 7709 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→43.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 5.058 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21471 2847 5 %RANDOM
Rwork0.16557 ---
all0.16799 56805 --
obs0.16799 53950 98.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.091 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2 Å20 Å2-0.88 Å2
2---1.14 Å20 Å2
3----0.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→43.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4058 0 94 429 4581
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0194269
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023959
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2771.975791
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9233.0069091
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.235514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.23523.26181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.94415695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4461527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2618
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214778
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02989
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.42238222
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free35.3915131
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.13358411
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A3767MEDIUM POSITIONAL0.50.5
1A3767MEDIUM THERMAL4.632
2C74MEDIUM POSITIONAL0.570.5
2C143LOOSE POSITIONAL0.725
2C74MEDIUM THERMAL5.642
2C143LOOSE THERMAL3.6610
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 162 -
Rwork0.259 3506 -
obs--86.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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