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- PDB-4w5l: Crystal structure of a prp peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w5l
タイトルCrystal structure of a prp peptide
要素PrP peptide
キーワードde novo protein / membrane protein / prion peptide
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1 Å
データ登録者Yu, L. / Lee, S.-J. / Yee, V.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Crystal Structures of Polymorphic Prion Protein beta 1 Peptides Reveal Variable Steric Zipper Conformations.
著者: Yu, L. / Lee, S.J. / Yee, V.C.
履歴
登録2014年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月3日Group: Derived calculations
改定 1.22015年7月1日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / pdbx_entity_src_syn ...citation / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PrP peptide
B: PrP peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,3312
ポリマ－1,3312
非ポリマー00
水19811
1
A: PrP peptide
B: PrP peptide
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,98912
ポリマ－7,98912
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation1_566x,y+1,z+11
crystal symmetry operation3_555-x+1/2,y+1/2,-z1
crystal symmetry operation3_556-x+1/2,y+1/2,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)50.483, 21.113, 9.429
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

HOH

21A-204-

HOH

詳細BIOLOGICAL UNIT DISPLAYS ONLY A PORTION OF THE CRYSTAL LATTICE TO DEMONSTRATE THE CRYSTAL PACKING CONTENT. THE CRYSTAL PACKING IS FORMED BY A REPETITION IN BOTH DIRECTIONS OF THE PORTION INDICATED IN REMARK 350.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PrP peptide


分子量: 665.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M tri-sodium citrate, 0.1 M Hepes pH 7.5, and 30 % MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.7749 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7749 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→50 Å / Num. obs: 4814 / % possible obs: 80.3 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 5.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 1.002 / Net I/av σ(I): 16.97 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 15931
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1-1.041.80.1442530.99143.2
1.04-1.082.40.113420.94559.2
1.08-1.1330.0863881.03867.5
1.13-1.1930.0764681.01377.5
1.19-1.262.80.0894661.01882.5
1.26-1.363.10.0795380.9788.1
1.36-1.493.40.085521.00296.2
1.49-1.713.70.0645791.01897.1
1.71-2.154.20.0456001.01496.3
2.15-504.20.0456280.98391.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1→13.159 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 20.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1769 213 4.51 %
Rwork0.1682 4507 -
obs0.1686 4720 79.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 47.42 Å2 / Biso mean: 10.077 Å2 / Biso min: 3.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1→13.159 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数94 0 0 11 105
Biso mean---35.85 -
残基数----14
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005108
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.208144
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04514
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00419
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.69136
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
0.999-1.25850.1638890.1431783187265
1.2585-13.16040.18081240.17612724284893

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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