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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ubz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a prion peptide | ||||||
![]() | prion peptide | ||||||
![]() | de novo protein / membrane protein / prion peptide | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yu, L. / Lee, S.-J. / Yee, V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Polymorphic Prion Protein beta 1 Peptides Reveal Variable Steric Zipper Conformations. 著者: Yu, L. / Lee, S.J. / Yee, V.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 13.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 7.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 373.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 373.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||
単位格子 |
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詳細 | BIOLOGICAL UNIT DISPLAYS ONLY A PORTION OF THE CRYSTAL LATTICE TO DEMONSTRATE THE CRYSTAL PACKING CONTENT. THE CRYSTAL PACKING IS FORMED BY A REPETITION IN BOTH DIRECTIONS OF THE PORTION INDICATED IN REMARK 350. |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 578.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 21.33 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M sodium thiocyanate and 2.2 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月20日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.7749 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1→50 Å / Num. obs: 3289 / % possible obs: 83.2 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 2.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.227 / Net I/av σ(I): 15.454 / Net I/σ(I): 14.4 / Num. measured all: 9659 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.001→12.476 Å / SU ML: 0.04 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.15 / 位相誤差: 8.61 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 7.11 Å2 / Biso mean: 2.7193 Å2 / Biso min: 1.39 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.001→12.476 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.001→12.4773 Å / Total num. of bins used: 1
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