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万見
- PDB-4w2o: Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody B Complexe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w2o
タイトルAnti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody B Complexed with Nucleoprotein C-terminal domain
要素
  • Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody B
  • Nucleoprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral budding via host ESCRT complex / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Lama glama (ラマ)
Lake Victoria marburgvirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Taylor, A.B. / Garza, J.A.
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2017
タイトル: Unveiling a Drift Resistant Cryptotope withinMarburgvirusNucleoprotein Recognized by Llama Single-Domain Antibodies.
著者: Garza, J.A. / Taylor, A.B. / Sherwood, L.J. / Hart, P.J. / Hayhurst, A.
履歴
登録2017年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody B
B: Nucleoprotein
C: Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody B
D: Nucleoprotein
E: Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody B
F: Nucleoprotein
G: Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody B
H: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,75516
ポリマ－103,9868
非ポリマー7698
水00
1
A: Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody B
B: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1894
ポリマ－25,9972
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area9110 Å2
手法PISA
2
C: Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody B
D: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1894
ポリマ－25,9972
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area9210 Å2
手法PISA
3
E: Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody B
F: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1894
ポリマ－25,9972
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area9240 Å2
手法PISA
4
G: Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody B
H: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1894
ポリマ－25,9972
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area9230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.998, 108.657, 141.272
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体
Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody B


分子量: 13758.283 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ)
解説: Semi-synthetic single pot library Nomad 1 based upon Lama glama
プラスミド: pecan73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質
Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 12238.336 Da / 分子数: 4 / Fragment: C-terminal domain residues 601-695 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lake Victoria marburgvirus (strain Musoke-80) (ウイルス)
株: Musoke-80 / 遺伝子: NP / プラスミド: pE-NP600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27588
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.53 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% polyethylene glycol 4000, 0.16M ammonium sulfate, 20% glycerol, 0.08M sodium acetate pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→58 Å / Num. obs: 15378 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 55.1 Å2 / Rpim(I) all: 0.081 / Rsym value: 0.189 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 2189 / Rpim(I) all: 0.297 / Rsym value: 0.705 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6APP

6app


解像度: 3.2→54.328 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 30.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2846 1530 10.01 %
Rwork0.2267 --
obs0.2325 15287 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 51.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→54.328 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5712 0 40 0 5752
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035876
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5647968
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.482160
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041836
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031036
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2001-3.30340.37161350.30241214X-RAY DIFFRACTION100
3.3034-3.42150.35321380.26811241X-RAY DIFFRACTION100
3.4215-3.55840.33571360.25571209X-RAY DIFFRACTION100
3.5584-3.72030.35471380.25451242X-RAY DIFFRACTION100
3.7203-3.91640.31521320.24821221X-RAY DIFFRACTION100
3.9164-4.16170.27681410.2371255X-RAY DIFFRACTION100
4.1617-4.48290.23311370.20231245X-RAY DIFFRACTION100
4.4829-4.93380.26091400.18961246X-RAY DIFFRACTION100
4.9338-5.64710.24791380.20421256X-RAY DIFFRACTION100
5.6471-7.11220.27151430.23111277X-RAY DIFFRACTION100
7.1122-54.33630.24361520.19721351X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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