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- PDB-4v61: Homology model for the Spinach chloroplast 30S subunit fitted to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v61
タイトルHomology model for the Spinach chloroplast 30S subunit fitted to 9.4A cryo-EM map of the 70S chlororibosome.
要素
  • (Ribosomal Protein ...) x 49
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 4.8S rRNA
  • 5S rRNA
キーワードRIBOSOME / SMALL RIBOSOMAL SUBUNIT / SPINACH CHLOROPLAST RIBOSOME / RIBONUCLEOPROTEIN PARTICLE / MACROMOLECULAR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid small ribosomal subunit / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / chloroplast / DNA-templated transcription termination / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly ...plastid small ribosomal subunit / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / chloroplast / DNA-templated transcription termination / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L32p, plant/cyanobacteria type / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L11, bacterial-type ...Ribosomal protein L32p, plant/cyanobacteria type / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / : / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / : / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L24 / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S18 superfamily / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein L2 signature. / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL4c / Small ribosomal subunit protein uS11c / Small ribosomal subunit protein uS14c / Small ribosomal subunit protein uS19c ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL4c / Small ribosomal subunit protein uS11c / Small ribosomal subunit protein uS14c / Small ribosomal subunit protein uS19c / Large ribosomal subunit protein uL2cz/uL2cy / Small ribosomal subunit protein uS2c / Large ribosomal subunit protein uL22c / Small ribosomal subunit protein uS3c / Large ribosomal subunit protein uL14c / Small ribosomal subunit protein uS8c / Large ribosomal subunit protein uL13c / Small ribosomal subunit protein uS4c / Large ribosomal subunit protein uL16c / Large ribosomal subunit protein bL35c / Large ribosomal subunit protein bL21c / Large ribosomal subunit protein uL24c / Large ribosomal subunit protein bL20c / Large ribosomal subunit protein bL32c / Large ribosomal subunit protein bL33c / Small ribosomal subunit protein bS16c / Large ribosomal subunit protein uL11c / Small ribosomal subunit protein uS12cz/uS12cy / Small ribosomal subunit protein uS7cz/uS7cy / Small ribosomal subunit protein uS13c / Large ribosomal subunit protein uL5c / Large ribosomal subunit protein bL34c / Small ribosomal subunit protein uS9c / Small ribosomal subunit protein bS6c alpha / Large ribosomal subunit protein bL19c / Large ribosomal subunit protein uL1c / Large ribosomal subunit protein uL23c / Small ribosomal subunit protein uS15c / Small ribosomal subunit protein bS18c / Small ribosomal subunit protein uS5c
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacea oleracea (ホウレンソウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.4 Å
データ登録者Sharma, M.R. / Wilson, D.N. / Datta, P.P. / Barat, C. / Schluenzen, F. / Fucini, P. / Agrawal, R.K.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2007
タイトル: Cryo-EM study of the spinach chloroplast ribosome reveals the structural and functional roles of plastid-specific ribosomal proteins.
著者: Manjuli R Sharma / Daniel N Wilson / Partha P Datta / Chandana Barat / Frank Schluenzen / Paola Fucini / Rajendra K Agrawal /
要旨: Protein synthesis in the chloroplast is carried out by chloroplast ribosomes (chloro-ribosome) and regulated in a light-dependent manner. Chloroplast or plastid ribosomal proteins (PRPs) generally ...Protein synthesis in the chloroplast is carried out by chloroplast ribosomes (chloro-ribosome) and regulated in a light-dependent manner. Chloroplast or plastid ribosomal proteins (PRPs) generally are larger than their bacterial counterparts, and chloro-ribosomes contain additional plastid-specific ribosomal proteins (PSRPs); however, it is unclear to what extent these proteins play structural or regulatory roles during translation. We have obtained a three-dimensional cryo-EM map of the spinach 70S chloro-ribosome, revealing the overall structural organization to be similar to bacterial ribosomes. Fitting of the conserved portions of the x-ray crystallographic structure of the bacterial 70S ribosome into our cryo-EM map of the chloro-ribosome reveals the positions of PRP extensions and the locations of the PSRPs. Surprisingly, PSRP1 binds in the decoding region of the small (30S) ribosomal subunit, in a manner that would preclude the binding of messenger and transfer RNAs to the ribosome, suggesting that PSRP1 is a translation factor rather than a ribosomal protein. PSRP2 and PSRP3 appear to structurally compensate for missing segments of the 16S rRNA within the 30S subunit, whereas PSRP4 occupies a position buried within the head of the 30S subunit. One of the two PSRPs in the large (50S) ribosomal subunit lies near the tRNA exit site. Furthermore, we find a mass of density corresponding to chloro-ribosome recycling factor; domain II of this factor appears to interact with the flexible C-terminal domain of PSRP1. Our study provides evolutionary insights into the structural and functional roles that the PSRPs play during protein synthesis in chloroplasts.
履歴
登録2007年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 3BBO, 3BBN
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22015年3月25日Group: Other
改定 1.32019年12月18日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: atom_sites / em_image_scans ...atom_sites / em_image_scans / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1417
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AA: 16S rRNA
AB: Ribosomal Protein S2
AC: Ribosomal Protein S3
AD: Ribosomal Protein S4
AE: Ribosomal Protein S5
AF: Ribosomal Protein S6
AG: Ribosomal Protein S7
AH: Ribosomal Protein S8
AI: Ribosomal Protein S9
AJ: Ribosomal Protein S10
AK: Ribosomal Protein S11
AL: Ribosomal Protein S12
AM: Ribosomal Protein S13
AN: Ribosomal Protein S14
AO: Ribosomal Protein S15
AP: Ribosomal Protein S16
AQ: Ribosomal Protein S17
AR: Ribosomal Protein S18
AS: Ribosomal Protein S19
AT: Ribosomal Protein S20
AU: Ribosomal Protein S21
BA: 23S rRNA
BB: 5S rRNA
BC: 4.8S rRNA
BD: Ribosomal Protein L1
BE: Ribosomal Protein L2
BF: Ribosomal Protein L3
BG: Ribosomal Protein L4
BH: Ribosomal Protein L5
BI: Ribosomal Protein L6
BJ: Ribosomal Protein L9
BK: Ribosomal Protein L11
BL: Ribosomal Protein L13
BM: Ribosomal Protein L14
BN: Ribosomal Protein L15
BO: Ribosomal Protein L16
BP: Ribosomal Protein L17
BQ: Ribosomal Protein L18
BR: Ribosomal Protein L19
BS: Ribosomal Protein L20
BT: Ribosomal Protein L21
BU: Ribosomal Protein L22
BV: Ribosomal Protein L23
BW: Ribosomal Protein L24
BX: Ribosomal Protein L27
BY: Ribosomal Protein L28
BZ: Ribosomal Protein L29
B1: Ribosomal Protein L31
B2: Ribosomal Protein L32
B3: Ribosomal Protein L33
B4: Ribosomal Protein L34
B5: Ribosomal Protein L35
B6: Ribosomal Protein L36


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,447,89153
ポリマ－2,447,89153
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

-
要素

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 AABABBBC

#1: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 483490.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AVY as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 細胞内の位置: chloroplast / 参照: GenBank: 7636084
#22: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 911368.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 参照: EMBL: SOL400848
#23: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 37743.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 参照: EMBL: SOL400848
#24: RNA鎖 4.8S rRNA


分子量: 33330.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 参照: EMBL: SOL400848

+
Ribosomal Protein ... , 49種, 49分子 ABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAUBDBEBFBGBHBIBJBKBLBM...

#2: タンパク質 Ribosomal Protein S2


分子量: 26092.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AVY as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 細胞内の位置: chloroplast / 参照: UniProt: P08242
#3: タンパク質 Ribosomal Protein S3


分子量: 24965.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AVY as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 細胞内の位置: chloroplast / 参照: UniProt: P09595
#4: タンパク質 Ribosomal Protein S4


分子量: 23454.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AVY as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 細胞内の位置: chloroplast / 参照: UniProt: P13788
#5: タンパク質 Ribosomal Protein S5


分子量: 33626.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AVY as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 細胞内の位置: chloroplast / 参照: UniProt: Q9ST69
#6: タンパク質 Ribosomal Protein S6


分子量: 18870.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AVY as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 細胞内の位置: chloroplast / 参照: UniProt: P82403
#7: タンパク質 Ribosomal Protein S7


分子量: 17378.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AVY as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 細胞内の位置: chloroplast / 参照: UniProt: P82129
#8: タンパク質 Ribosomal Protein S8


分子量: 15527.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AVY as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 細胞内の位置: chloroplast / 参照: UniProt: P09597
#9: タンパク質 Ribosomal Protein S9


分子量: 21350.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AVY as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 細胞内の位置: chloroplast / 参照: UniProt: P82278
#10: タンパク質 Ribosomal Protein S10


分子量: 21632.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AVY as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 細胞内の位置: chloroplast
#11: タンパク質 Ribosomal Protein S11


分子量: 15085.706 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AVY as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 細胞内の位置: chloroplast / 参照: UniProt: P06506
#12: タンパク質 Ribosomal Protein S12


分子量: 13794.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AVY as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 細胞内の位置: chloroplast / 参照: UniProt: P62128
#13: タンパク質 Ribosomal Protein S13


分子量: 16306.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AVY as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 細胞内の位置: chloroplast / 参照: UniProt: P82163
#14: タンパク質 Ribosomal Protein S14


分子量: 11809.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AVY as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 細胞内の位置: chloroplast / 参照: UniProt: P06507
#15: タンパク質 Ribosomal Protein S15


分子量: 10778.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AVY as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 細胞内の位置: chloroplast / 参照: UniProt: Q9M3I4
#16: タンパク質 Ribosomal Protein S16


分子量: 10454.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AVY as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 細胞内の位置: chloroplast / 参照: UniProt: P28807
#17: タンパク質 Ribosomal Protein S17


分子量: 15828.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AVY as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 細胞内の位置: chloroplast
#18: タンパク質 Ribosomal Protein S18


分子量: 12337.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AVY as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 細胞内の位置: chloroplast / 参照: UniProt: Q9M3K7
#19: タンパク質 Ribosomal Protein S19


分子量: 10632.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AVY as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 細胞内の位置: chloroplast / 参照: UniProt: P06508
#20: タンパク質 Ribosomal Protein S20


分子量: 21866.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AVY as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 細胞内の位置: chloroplast
#21: タンパク質 Ribosomal Protein S21


分子量: 21701.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AVY as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 細胞内の位置: chloroplast
#25: タンパク質 Ribosomal Protein L1


分子量: 38681.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9LE95
#26: タンパク質 Ribosomal Protein L2


分子量: 29480.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06509
#27: タンパク質 Ribosomal Protein L3


分子量: 28423.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ)
#28: タンパク質 Ribosomal Protein L4


分子量: 32479.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: O49937
#29: タンパク質 Ribosomal Protein L5


分子量: 24248.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82192
#30: タンパク質 Ribosomal Protein L6


分子量: 24747.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ)
#31: タンパク質 Ribosomal Protein L9


分子量: 22169.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ)
#32: タンパク質 Ribosomal Protein L11


分子量: 23689.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P31164
#33: タンパク質 Ribosomal Protein L13


分子量: 28211.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12629
#34: タンパク質 Ribosomal Protein L14


分子量: 13484.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P09596
#35: タンパク質 Ribosomal Protein L15


分子量: 27491.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ)
#36: タンパク質 Ribosomal Protein L16


分子量: 15328.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P17353
#37: タンパク質 Ribosomal Protein L17


分子量: 22983.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ)
#38: タンパク質 Ribosomal Protein L18


分子量: 17850.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ)
#39: タンパク質 Ribosomal Protein L19


分子量: 26121.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82413
#40: タンパク質 Ribosomal Protein L20


分子量: 14617.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28803
#41: タンパク質 Ribosomal Protein L21


分子量: 28554.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P24613
#42: タンパク質 Ribosomal Protein L22


分子量: 23276.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P09594
#43: タンパク質 Ribosomal Protein L23


分子量: 21832.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9LWB5
#44: タンパク質 Ribosomal Protein L24


分子量: 21481.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P27683
#45: タンパク質 Ribosomal Protein L27


分子量: 21771.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ)
#46: タンパク質 Ribosomal Protein L28


分子量: 16730.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Thermus thermophilus 2J01 as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ)
#47: タンパク質 Ribosomal Protein L29


分子量: 19415.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ)
#48: タンパク質 Ribosomal Protein L31


分子量: 16060.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Thermus thermophilus 2J01 as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ)
#49: タンパク質 Ribosomal Protein L32


分子量: 6650.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28804
#50: タンパク質 Ribosomal Protein L33


分子量: 7668.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28805
#51: タンパク質 Ribosomal Protein L34


分子量: 16126.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82244
#52: タンパク質 Ribosomal Protein L35


分子量: 17376.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P23326
#53: タンパク質 Ribosomal Protein L36


分子量: 11509.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modeled using Escherichia coli 2AWB as template / 由来: (天然) Spinacea oleracea (ホウレンソウ)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: spinach 70S chloro-ribosome / タイプ: RIBOSOME / 詳細: tight couple chloroplast 70S ribosomes
緩衝液名称: 10mM Tris-HCL pH 7.6, 50mM KCL, 10mM MgOAc, 7mM 2-ME
pH: 7.6
詳細: 10mM Tris-HCL pH 7.6, 50mM KCL, 10mM MgOAc, 7mM 2-ME
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE
詳細: 5 microliters applied to the grid then blotted for 3 seconds with Whatman number 1 filter paper before plunging in liquid ethane.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000 X / 倍率（補正後）: 50760 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 93 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM

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解析

CTF補正詳細: CTF correction for each Micrograph
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: The projection matching procedure within the SPIDER software was used to get 3D map
解像度: 9.4 Å / 粒子像の数: 86370 / ピクセルサイズ（実測値）: 2.76 Å / 倍率補正: 50,760
詳細: An 11.5 A E.coli 70S ribosome map was used as initial reference and then resulting 18 A map from reconstruction of 70S chloro-ribosome was used as a reference for iterative refinement
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Best visual fit using the program O
詳細: METHOD--Cross-Correlation based manual fitting in O REFINEMENT PROTOCOL--Rigid Body
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / 詳細: 2XYZ AND 2ZXY FOR SMALL AND LARGE SUBUNIT RESPECTIVELY / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDAccession codeInitial refinement model-ID
12XYZ

2xyz

2XYZ1
22ZXY

2zxy

2ZXY2
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19373 31745 0 0 51118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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