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- PDB-4v5h: E.Coli 70s Ribosome Stalled During Translation Of Tnac Leader Peptide. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v5h
タイトルE.Coli 70s Ribosome Stalled During Translation Of Tnac Leader Peptide.
要素
  • (30S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 20
  • (50S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 30
  • 16S RIBOSOMAL RNA
  • 23S RIBOSOMAL RNA
  • 5S RIBOSOMAL RNA
  • MRNA
  • P-SITE TRNA
  • POLY-ALA NASCENT CHAIN
キーワードRIBOSOME / RIBOSOMAL PROTEIN / RIBONUCLEOPROTEIN / NUCLEOTIDE-BINDING / PROTEIN BIOSYNTHESIS / TRANSLATION / ZINC-FINGER / TNAC / 70S RIBOSOME / STALLING
機能・相同性
機能・相同性情報


stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / positive regulation of ribosome biogenesis / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity ...stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / positive regulation of ribosome biogenesis / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / translational termination / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / ribosome assembly / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / DNA endonuclease activity / transcription antitermination / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / regulation of translation / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein L1-like ...Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL11 ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein uS15
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å
データ登録者Seidelt, B. / Innis, C.A. / Wilson, D.N. / Gartmann, M. / Armache, J. / Villa, E. / Trabuco, L.G. / Becker, T. / Mielke, T. / Schulten, K. ...Seidelt, B. / Innis, C.A. / Wilson, D.N. / Gartmann, M. / Armache, J. / Villa, E. / Trabuco, L.G. / Becker, T. / Mielke, T. / Schulten, K. / Steitz, T.A. / Beckmann, R.
引用ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: Structural insight into nascent polypeptide chain-mediated translational stalling.
著者: Birgit Seidelt / C Axel Innis / Daniel N Wilson / Marco Gartmann / Jean-Paul Armache / Elizabeth Villa / Leonardo G Trabuco / Thomas Becker / Thorsten Mielke / Klaus Schulten / Thomas A ...著者: Birgit Seidelt / C Axel Innis / Daniel N Wilson / Marco Gartmann / Jean-Paul Armache / Elizabeth Villa / Leonardo G Trabuco / Thomas Becker / Thorsten Mielke / Klaus Schulten / Thomas A Steitz / Roland Beckmann /
要旨: Expression of the Escherichia coli tryptophanase operon depends on ribosome stalling during translation of the upstream TnaC leader peptide, a process for which interactions between the TnaC nascent ...Expression of the Escherichia coli tryptophanase operon depends on ribosome stalling during translation of the upstream TnaC leader peptide, a process for which interactions between the TnaC nascent chain and the ribosomal exit tunnel are critical. We determined a 5.8 angstrom-resolution cryo-electron microscopy and single-particle reconstruction of a ribosome stalled during translation of the tnaC leader gene. The nascent chain was extended within the exit tunnel, making contacts with ribosomal components at distinct sites. Upon stalling, two conserved residues within the peptidyltransferase center adopted conformations that preclude binding of release factors. We propose a model whereby interactions within the tunnel are relayed to the peptidyltransferase center to inhibit translation. Moreover, we show that nascent chains adopt distinct conformations within the ribosomal exit tunnel.
履歴
登録2009年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 2WWL, 2WWQ
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22015年2月4日Group: Other
改定 1.32015年3月18日Group: Other
改定 1.42017年7月26日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: em_software / struct_conn
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id
改定 1.52018年4月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.62019年12月11日Group: Derived calculations / Other / カテゴリ: atom_sites / struct_conn
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.72024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_sheet.number_strands
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "QA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "QA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1657
  • UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: 16S RIBOSOMAL RNA
AB: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
AC: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
AD: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
AE: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
AF: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
AG: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
AH: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
AI: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
AJ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
AK: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
AL: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
AM: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
AN: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
AO: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
AP: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
AQ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
AR: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
AS: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
AT: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
AU: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S21
AV: P-SITE TRNA
AX: MRNA
AZ: POLY-ALA NASCENT CHAIN
B0: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L28
B1: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29
B2: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30
B3: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32
B4: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
B5: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L1
B6: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34
B7: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35
B8: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36
BA: 5S RIBOSOMAL RNA
BB: 23S RIBOSOMAL RNA
BC: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2
BD: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3
BE: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4
BF: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5
BG: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6
BH: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L9
BI: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11
BJ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13
BK: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14
BL: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15
BM: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16
BN: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L17
BO: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18
BP: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19
BQ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L20
BR: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21
BS: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22
BT: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23
BU: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24
BW: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25
BY: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,166,08156
ポリマ－2,166,08156
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 AAAVAXBABB

#1: RNA鎖 16S RIBOSOMAL RNA


分子量: 495927.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: GenBank: 54791136
#22: RNA鎖 P-SITE TRNA


分子量: 24890.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: GenBank: 54791136
#23: RNA鎖 MRNA


分子量: 3497.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#34: RNA鎖 5S RIBOSOMAL RNA


分子量: 37848.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: GenBank: 38859724
#35: RNA鎖 23S RIBOSOMAL RNA


分子量: 941306.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: GenBank: 38859724

-
30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 20分子 ABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAU

#2: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2


分子量: 24253.943 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 9-226 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V0
#3: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3


分子量: 23078.785 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 2-207 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V3
#4: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4


分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V8
#5: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5


分子量: 15804.282 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 10-159 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W1
#6: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6


分子量: 11669.371 Da / 分子数: 1 / Fragment: 1-100 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358
#7: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7


分子量: 16764.406 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 3-152 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359
#8: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W7
#9: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9


分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 4-130 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7X3
#10: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10


分子量: 11196.988 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 5-102 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R5
#11: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11


分子量: 12487.200 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 13-129 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9
#12: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12


分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S3
#13: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13


分子量: 12528.639 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 2-114 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S9
#14: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14


分子量: 11028.997 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG59
#15: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15


分子量: 10188.687 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 2-89 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8X9M2
#16: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16


分子量: 9065.417 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 1-80 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T3
#17: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17


分子量: 9263.946 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 4-83 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG63
#18: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18


分子量: 6466.477 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 20-74 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T7
#19: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19


分子量: 9057.626 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 3-81 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U3
#20: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20


分子量: 9506.190 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 3-87 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U7
#21: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S21


分子量: 6067.081 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 4-54 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P68679

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 AZ

#24: タンパク質・ペプチド POLY-ALA NASCENT CHAIN


分子量: 1439.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

+
50S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 30種, 30分子 B0B1B2B3B4B5B6B7B8BCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBWBY

#25: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L28


分子量: 8896.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M2
#26: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M6
#27: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30


分子量: 6423.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG51
#28: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32


分子量: 6332.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N4
#29: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33


分子量: 5814.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N9
#30: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L1


分子量: 24765.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L0
#31: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7P5
#32: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35


分子量: 7181.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q1
#33: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q6
#36: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2


分子量: 29663.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P60422
#37: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P60438
#38: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P60723
#39: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5


分子量: 20202.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P62399
#40: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6


分子量: 18801.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG55
#41: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R1
#42: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11


分子量: 14763.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7J7
#43: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA10
#44: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14


分子量: 13352.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY3
#45: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15


分子量: 14877.273 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 2-144 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P02413
#46: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY7
#47: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L17


分子量: 13721.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG44
#48: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18


分子量: 12663.471 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 2-117 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C018
#49: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19


分子量: 13028.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7K6
#50: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L20


分子量: 13396.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L3
#51: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG48
#52: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P61175
#53: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23


分子量: 10546.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ0
#54: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24


分子量: 11078.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P60624
#55: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P68919
#56: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27


分子量: 8476.680 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 7-85 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L8

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TNAC STALLED 70S RIBOSOME WITH P-SITE TRNA. / タイプ: RIBOSOME
緩衝液名称: 50 MM TRIS-HCL PH 8.0, 10MM MG-ACETATE, 50MM KCL, 10MM NH4CL, 2MM EGTA, 2MM L-TRYPTOPHAN, 10 MM DTT
pH: 8
詳細: 50 MM TRIS-HCL PH 8.0, 10MM MG-ACETATE, 50MM KCL, 10MM NH4CL, 2MM EGTA, 2MM L-TRYPTOPHAN, 10 MM DTT
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結凍結剤: ETHANE / 詳細: CRYOGEN- ETHANE,

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 39000 X / 倍率（補正後）: 38900 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.26 mm
試料ホルダ温度: 95 K
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 128
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1MDFFモデルフィッティング
2SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: DEFOCUS GROUP VOLUMES
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: PROJECTION MATCHING / 解像度: 5.8 Å / 粒子像の数: 263000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--MDFF REFINEMENT PROTOCOL--FLEXIBLE FITTING
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
13FIH

3fih
PDB 未公開エントリ

13FIH1PDBexperimental model
23FIK

3fik
PDB 未公開エントリ

13FIK2PDBexperimental model
精密化最高解像度: 5.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 5.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18620 34716 0 0 53336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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