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- PDB-4v4j: Interactions and Dynamics of the Shine-Dalgarno Helix in the 70S ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v4j
タイトルInteractions and Dynamics of the Shine-Dalgarno Helix in the 70S Ribosome.
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 26
  • (LSU ribosomal protein ...) x 2
  • 16S RNA
  • 23S LARGE SUBUNIT RIBOSOMAL RNA
  • 5S LARGE SUBUNIT RIBOSOMAL RNA
  • E-site tRNA
  • MRNA
  • P-site tRNAfMET
キーワードRIBOSOME / 70S ribosome / Shine-Dalgarno
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L1, bacterial-type / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z ...Ribosomal protein L1, bacterial-type / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / : / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Large ribosomal subunit protein bL32 ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.83 Å
データ登録者Korostelev, A. / Trakhanov, S. / Asahara, H. / Laurberg, M. / Noller, H.F.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Interactions and dynamics of the Shine Dalgarno helix in the 70S ribosome.
著者: Korostelev, A. / Trakhanov, S. / Asahara, H. / Laurberg, M. / Lancaster, L. / Noller, H.F.
履歴
登録2007年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 2QNH, 1VSP
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order
Remark 400COMPOUND THE COMPLETE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS 30S AND 50S RIBOSOMAL SUBUNITS. THIS ENTRY 1VSP ...COMPOUND THE COMPLETE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS 30S AND 50S RIBOSOMAL SUBUNITS. THIS ENTRY 1VSP CONTAINS 50S RIBOSOMAL SUBUNIT. THE 30S RIBOSOMAL SUBUNIT CAN BE FOUND IN PDB ENTRY 2QNH.
Remark 999SEQUENCE THE SEQUENCE FOR 23S LARGE SUBUNIT RIBOSOMAL RNA CORRESPONDS TO THE SEQUENCE FROM GB ENTRY ...SEQUENCE THE SEQUENCE FOR 23S LARGE SUBUNIT RIBOSOMAL RNA CORRESPONDS TO THE SEQUENCE FROM GB ENTRY AE017221, RESIDUES 1534489-1537377.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
w: 23S LARGE SUBUNIT RIBOSOMAL RNA
x: 5S LARGE SUBUNIT RIBOSOMAL RNA
A: 50S ribosomal protein L1
B: 50S ribosomal protein L2
C: 50S ribosomal protein L3
D: 50S ribosomal protein L4
E: 50S ribosomal protein L5
F: 50S ribosomal protein L6
G: 50S ribosomal protein L9
H: 50S ribosomal protein L13
I: 50S ribosomal protein L14
J: 50S ribosomal protein L15
K: 50S ribosomal protein L16
L: 50S ribosomal protein L17
M: 50S ribosomal protein L18
N: 50S ribosomal protein L19
O: 50S ribosomal protein L20
P: 50S ribosomal protein L21
Q: 50S ribosomal protein L22
R: 50S ribosomal protein L23
S: 50S ribosomal protein L24
T: 50S ribosomal protein L25
U: 50S ribosomal protein L27
V: LSU ribosomal protein L28P
W: 50S ribosomal protein L29
X: LSU ribosomal protein L30P
Y: 50S ribosomal protein L32
Z: 50S ribosomal protein L34
a: 50S ribosomal protein L35
b: 50S ribosomal protein L36
y: 16S RNA
z: P-site tRNAfMET
2: E-site tRNA
3: MRNA
c: 30S ribosomal protein S2
d: 30S ribosomal protein S3
e: 30S ribosomal protein S4
f: 30S ribosomal protein S5
g: 30S ribosomal protein S6
h: 30S ribosomal protein S7
i: 30S ribosomal protein S8
j: 30S ribosomal protein S9
k: 30S ribosomal protein S10
l: 30S ribosomal protein S11
m: 30S ribosomal protein S12
n: 30S ribosomal protein S13
o: 30S ribosomal protein S14 type Z
p: 30S ribosomal protein S15
q: 30S ribosomal protein S16
r: 30S ribosomal protein S17
s: 30S ribosomal protein S18
t: 30S ribosomal protein S19
u: 30S ribosomal protein S20
v: 30S ribosomal protein Thx


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,224,54654
ポリマ－2,224,54654
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)507.210, 507.210, 692.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 wxyz23

#1: RNA鎖 23S LARGE SUBUNIT RIBOSOMAL RNA


分子量: 939562.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27
#2: RNA鎖 5S LARGE SUBUNIT RIBOSOMAL RNA


分子量: 38882.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: GenBank: 48271
#31: RNA鎖 16S RNA


分子量: 494168.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: GenBank: 155076
#32: RNA鎖 P-site tRNAfMET


分子量: 24786.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27
#33: RNA鎖 E-site tRNA


分子量: 24502.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27
#34: RNA鎖 MRNA


分子量: 5866.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27

+
50S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUWYZab

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L1


分子量: 24867.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72GV9
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30532.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I07
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22450.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I04
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22744.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I05
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 21075.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I16
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19568.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I19
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 16436.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72GV5
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 15895.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72IN1
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13309.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I14
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 16319.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I23
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15977.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I11
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13750.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I33
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12639.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I20
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 17217.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72JU9
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13779.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72L76
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72HR2
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I09
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10759.808 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I06
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 12085.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I15
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L25


分子量: 23238.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72IA7
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9501.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72HR3
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8670.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I12
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6734.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62652
#28: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 6132.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P80340
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7506.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72L77
#30: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4435.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I28

-
LSU ribosomal protein ... , 2種, 2分子 VX

#24: タンパク質 LSU ribosomal protein L28P


分子量: 11032.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72G84
#26: タンパク質 LSU ribosomal protein L30P


分子量: 6799.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I22

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 cdefghijklmnopqrstuv

#35: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62662
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62663
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62664
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62665
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62666
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62667
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62668
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14429.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62669
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62653
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62654
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 14637.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P61941
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62655
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62656
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62657
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62238
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 12324.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62658
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 10258.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62659
#52: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62660
#53: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 11722.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62661
#54: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx


分子量: 3350.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62613

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.454 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.5
詳細: Buffer conditions: 25 mM K-HEPES (pH 7.5), 12.5 mM Na-cacodylate pH 5.5, 2.5 mM Tris-HCl (pH 7.5), 80 mM NH_4 Cl, 80 mM KCl, 11 mM MgCl_2, 6.5 mM Thermine HCl and 0.2 M KSCN. Crystallization ...詳細: Buffer conditions: 25 mM K-HEPES (pH 7.5), 12.5 mM Na-cacodylate pH 5.5, 2.5 mM Tris-HCl (pH 7.5), 80 mM NH_4 Cl, 80 mM KCl, 11 mM MgCl_2, 6.5 mM Thermine HCl and 0.2 M KSCN. Crystallization by the hanging drop method over 26-30% MPD in the above buffer mix, using 2 uL of ribosome complex mixed with 2 uL of well mixture on siliconized cover slips, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1K-HEPES11
3Na-cacodylate11
4Tris-HCl11
5NH_4 Cl11
6KCl11
7MgCl_211
8Thermine HCl11
9KSCN11
10H2O11
11K-HEPES12
12Na-cacodylate12
13Tris-HCl12
14NH_4 Cl12
15KCl12
16MgCl_212
17Thermine HCl12
18KSCN12
19H2O12
20MPD12
21H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 0.9835 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9835 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.83→78 Å / Num. obs: 354761 / % possible obs: 82 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.15

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
d*TREKデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化開始モデル: 1VSA, 2OW8. PROTEINS L15, L19, L21, L28 AND L29 FROM PDB ENTRY 2J03.

1vsa
PDB 未公開エントリ

2ow8
PDB 未公開エントリ

2j03
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.83→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.754 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.734 / SU B: 152.437 / SU ML: 1.023 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.962 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.351 10068 2.9 %RANDOM
Rwork0.327 ---
obs0.327 346189 81.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1.1 Å / 減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.8 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 0 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.83→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26862 64786 0 0 91648
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.021159953
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2372.732239279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.42955746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.38321.2152065
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.93159034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.66515668
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.230360
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0284252
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3160.264431
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.265504
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2270.23802
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.410.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2770.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it01.529914
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0246327
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it03182169
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it04.5192952
LS精密化 シェル解像度: 3.83→3.928 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 310 -
Rwork0.387 9243 -
all-9553 -
obs--31.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0421-0.1636-0.0580.8718-0.01530.32420.00880.00720.09090.0669-0.08690.15560.107-0.03930.078000000-107.585890.8836-145.1871
20.176-0.0064-0.00480.22560.01230.1106-0.0042-0.03210.00260.0274-0.00830.0494-0.03190.01480.0125000000-115.298348.9687-67.9739
30.1294-0.0384-0.0550.03170.09450.32470.03130.036-0.08970.0717-0.0101-0.00850.0428-0.0169-0.0212000000-203.7219-15.2637-61.0262
40.2828-0.1979-0.02190.57930.06050.0063-0.02360.03070.04440.0309-0.0116-0.0592-0.00830.01250.0351000000-205.564892.2201-95.891
50.20830.0061-0.04730.0197-0.07090.4637-0.00120.04180.04940.04070.0290.0070.00140.0493-0.0277000000-138.355619.9751-186.4658
60.5538-0.31150.32630.4031-0.15610.5068-0.00960.0307-0.1493-0.0470.01880.0590.0463-0.029-0.0092000000-211.5181-43.8884-109.7377
70.30730.36260.13690.42770.16150.061-0.03660.1021-0.0458-0.04580.0581-0.0423-0.01330.0067-0.0215000000-92.617122.8158-84.3217
80.02430.02850.10210.52390.0490.44040.0028-0.1231-0.0085-0.01290.0740.05010.01610.0019-0.0768000000-227.5571-0.4377-95.9061
91.09980.08620.0140.05280.05820.0711-0.1272-0.04310.05570.06240.1531-0.0597-0.04120.069-0.0259000000-160.7266-27.4022-67.93
100.22280.0614-0.11510.235-0.17680.3729-0.0472-0.01310.044-0.0213-0.0003-0.04240.02570.00780.0475000000-183.065485.9717-124.9029
110.2420.28890.31841.38680.2710.43040.03310.0514-0.0230.0163-0.0302-0.0685-0.04940.0426-0.0029000000-176.8072-1.4461-139.0289
120.0665-0.1542-0.14780.35760.34290.3287-0.1728-0.057-0.05160.07460.0086-0.057-0.00880.04590.164200.000100.000100-192.54748.9235-26.2297
130.7244-0.18250.55050.046-0.13870.4183-0.05560.099-0.0430.0312-0.04990.0480.09150.03360.1055000000-170.337551.2493-187.6083
140.1135-0.09490.0130.1326-0.21480.78270.0292-0.0418-0.05340.02010.01720.0258-0.093-0.0874-0.0464000000-173.2493-29.9593-39.1296
150.35030.18170.2520.14410.17510.2208-0.06940.0963-0.122-0.05830.124-0.1203-0.07780.1103-0.05460000-0.00010-228.154430.9004-102.6091
160.3481-0.1571-0.30630.22890.0150.36570.0057-0.0253-0.0116-0.05240.06860.00720.0325-0.0884-0.0743000000-240.963741.1419-108.2555
171.1027-0.3225-0.59070.11850.12140.426-0.0646-0.16710.1755-0.04130.0877-0.02110.06020.0482-0.0231000000-212.317938.8088-50.5023
180.8070.01310.04650.5646-0.33340.2005-0.03550.069-0.09480.05460.08090.0507-0.0639-0.0171-0.0453000000-171.191573.8149-24.3082
190.49170.4418-0.24120.8037-0.41430.975-0.03470.03180.05520.0052-0.0398-0.0345-0.04430.01710.0746000000-214.724595.0228-46.7905
200.4299-0.15810.19120.31950.02170.30220.04430.0596-0.03040.0705-0.0436-0.01880.00760.0185-0.0008000000-191.3576-6.3189-164.2639
210.8269-1.04330.76161.3164-0.96090.7014-0.0423-0.0280.00920.04670.1427-0.0318-0.0494-0.1915-0.1004000000-181.273547.2641-155.7415
220.09230.13760.13341.02321.32011.72960.0738-0.1291-0.00410.0598-0.16330.0140.0445-0.20450.08940-0.000100.000100-134.176684.8257-86.9846
231.12150.86640.16071.10560.32340.1141-0.00020.0736-0.1141-0.05990.0763-0.0915-0.06240.0281-0.0761000000-177.712196.0787-29.7726
240.0952-0.0165-0.14030.3002-0.11040.26780.0150.0932-0.0508-0.1492-0.11880.13250.00470.12890.1038000000-217.320935.6339-138.0367
250.89550.05780.3120.3043-0.02590.1157-0.0992-0.0375-0.0107-0.02270.037-0.00330.3253-0.08380.06220.0001-0.000100.0001-0.00010-211.790824.1463-44.8261
260.05910.1758-0.02580.5227-0.07690.0113-0.0249-0.2185-0.0086-0.01770.07610.02470.15570.0119-0.0513000000-163.891163.7951-60.2673
270.6867-0.0956-0.42620.01780.15092.15410.11030.0978-0.0251-0.0367-0.0592-0.2355-0.2282-0.0214-0.051100.000100.000100-170.923369.0656-130.4834
281.38240.76150.85871.84-1.17942.4557-0.05320.3743-0.2575-0.1138-0.1391-0.02810.0036-0.20640.19230.0001000.0001-0.00020-193.4121-25.4393-119.9066
290.45910.09510.18330.24240.09440.4650.0038-0.01140.04790.0069-0.0152-0.0653-0.07280.08410.0114000000-36.5805-18.2255-99.2593
300.3435-0.17450.02120.13350.13980.5071-0.0780.0073-0.00990.01640.0097-0.00820.01390.00930.0683000000-69.4175-46.8384-141.285
310.347-0.13770.18870.30280.02910.32420.01180.1081-0.00330.0153-0.02990.02760.0463-0.00420.0181000000-82.8378-73.2301-86.7315
320.1903-0.03450.1820.1039-0.30480.9306-0.08330.01360.02840.0176-0.01170.0198-0.08320.11640.095000000-68.205-39.5047-89.4907
330.9601-0.1701-0.48541.01030.11131.0509-0.0208-0.01750.07880.05090.092-0.0310.0258-0.0024-0.0712000000-71.812449.4404-69.8464
340.5186-0.0343-0.06710.3162-0.08710.03540.00060.0277-0.0742-0.00120.03560.0188-0.02170.0867-0.0362000000-77.440123.1373-152.2496
350.6096-0.0633-0.11720.0932-0.1050.1809-0.0138-0.09720.01030.0485-0.0618-0.0467-0.03740.0190.0756000000-61.1925-25.5562-61.0414
360.5210.3227-0.35040.2624-0.11880.5589-0.0523-0.0447-0.03-0.0750.0314-0.01430.0283-0.01360.0209000000-60.4812.2919-170.3966
371.284-0.6395-0.52230.59620.57430.5679-0.0009-0.13430.11190.01720.109-0.03740.1260.1096-0.1081000000-60.6371-35.5253-167.7891
381.27970.0263-0.1980.76750.1731.71470.0430.06690.01580.08060.0657-0.0469-0.20680.1121-0.1086000000-81.676742.5424-113.699
390.62730.07830.1260.0255-0.02540.1332-0.03210.10340.0270.02860.0635-0.05560.04910.0218-0.0314000000-116.5425-39.2539-91.9193
400.299-0.0747-0.05670.7724-0.57991.079-0.0089-0.0762-0.0352-0.11210.0151-0.05260.1742-0.0734-0.0062000000-114.8601-0.443-177.1383
411.81240.93410.6580.5050.28030.3858-0.1350.1610.21150.06760.09530.18260.11430.06420.039700.000100-0.00020-85.8883-38.4673-157.028
420.9377-0.1580.50760.46530.23690.5117-0.11750.038-0.04890.0743-0.0217-0.0218-0.07430.00520.1392000000-81.030115.0745-45.7864
430.3792-0.01730.48670.6124-0.10910.6370.00590.0862-0.04780.02530.07340.10620.14480.0422-0.0793000000-102.5571-69.5249-40.1604
440.2967-0.1794-0.19970.14450.29871.0142-0.095-0.09410.0432-0.02090.07210.0357-0.0277-0.0090.02300.00010000-97.7913-15.5-37.325
450.6754-0.0748-0.8171.0707-0.54581.4002-0.00410.0472-0.0915-0.13240.06520.03960.1004-0.0094-0.061000000-62.229435.4629-87.6221
460.4677-0.646-0.02520.91590.17550.8334-0.0948-0.09350.0884-0.17610.0818-0.0044-0.00380.01860.013000000-123.8642-33.1355-174.4449
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615.4428-0.64043.12741.8487-2.06676.98190.01330.29310.05450.09590.0002-0.0031-0.26040.1994-0.01350000-0.00010-69.195111.0132-101.002
620.0408-0.0165-0.00530.04120.00150.0281-0.0012-0.01440.02910.01270.00370.0058-0.0283-0.0016-0.00240.02050.0025-0.00220.01550.00840.0085-175.873873.562-77.927
630.05350.0177-0.00190.05080.01360.1002-0.00570.01630.0049-0.00470.0039-0.0001-0.0066-0.00470.0017-0.00010.00010.0001-0.0001-0.00010-196.295640.9236-119.747
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700.07460.01470.05760.08040.03240.0977-0.0155-0.02790.010.00830.0020.0199-0.019-0.01190.0134000000-197.696-9.9095-59.2371
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC6 - 646 - 64
2X-RAY DIFFRACTION1AC162 - 229162 - 229
3X-RAY DIFFRACTION2BD2 - 552 - 55
4X-RAY DIFFRACTION2BD56 - 22156 - 221
5X-RAY DIFFRACTION2BD222 - 273222 - 273
6X-RAY DIFFRACTION3CE3 - 1053 - 105
7X-RAY DIFFRACTION3CE106 - 160106 - 160
8X-RAY DIFFRACTION3CE161 - 203161 - 203
9X-RAY DIFFRACTION4DF4 - 1974 - 197
10X-RAY DIFFRACTION5EG3 - 1823 - 182
11X-RAY DIFFRACTION6FH7 - 817 - 81
12X-RAY DIFFRACTION6FH82 - 17982 - 179
13X-RAY DIFFRACTION7GI1 - 331 - 33
14X-RAY DIFFRACTION7GI34 - 7934 - 79
15X-RAY DIFFRACTION7GI80 - 14880 - 148
16X-RAY DIFFRACTION8HJ24 - 1611 - 138
17X-RAY DIFFRACTION9IK1 - 1221 - 122
18X-RAY DIFFRACTION10JL5 - 685 - 68
19X-RAY DIFFRACTION10JL69 - 15069 - 150
20X-RAY DIFFRACTION11KM1 - 1371 - 137
21X-RAY DIFFRACTION12LN1 - 1181 - 118
22X-RAY DIFFRACTION13MO7 - 597 - 59
23X-RAY DIFFRACTION13MO60 - 11260 - 112
24X-RAY DIFFRACTION14NP1 - 1371 - 137
25X-RAY DIFFRACTION15OQ2 - 722 - 72
26X-RAY DIFFRACTION15OQ73 - 11873 - 118
27X-RAY DIFFRACTION16PR1 - 1011 - 101
28X-RAY DIFFRACTION17QS2 - 1102 - 110
29X-RAY DIFFRACTION18RT3 - 943 - 94
30X-RAY DIFFRACTION19SU1 - 1031 - 103
31X-RAY DIFFRACTION20TV1 - 941 - 94
32X-RAY DIFFRACTION20TV95 - 18595 - 185
33X-RAY DIFFRACTION21UW10 - 3310 - 33
34X-RAY DIFFRACTION21UW34 - 8534 - 85
35X-RAY DIFFRACTION22VX8 - 958 - 95
36X-RAY DIFFRACTION23WY1 - 361 - 36
37X-RAY DIFFRACTION23WY37 - 6237 - 62
38X-RAY DIFFRACTION24XZ1 - 601 - 60
39X-RAY DIFFRACTION25YAA5 - 605 - 60
40X-RAY DIFFRACTION26ZBA1 - 481 - 48
41X-RAY DIFFRACTION27aCA2 - 642 - 64
42X-RAY DIFFRACTION28bDA2 - 362 - 36
43X-RAY DIFFRACTION29cIA7 - 2407 - 240
44X-RAY DIFFRACTION30dJA2 - 1092 - 109
45X-RAY DIFFRACTION30dJA110 - 207110 - 207
46X-RAY DIFFRACTION31eKA2 - 992 - 99
47X-RAY DIFFRACTION31eKA190 - 209190 - 209
48X-RAY DIFFRACTION31eKA100 - 189100 - 189
49X-RAY DIFFRACTION32fLA5 - 1545 - 154
50X-RAY DIFFRACTION33gMA1 - 1011 - 101
51X-RAY DIFFRACTION34hNA2 - 1562 - 156
52X-RAY DIFFRACTION35iOA1 - 1381 - 138
53X-RAY DIFFRACTION36jPA2 - 1282 - 128
54X-RAY DIFFRACTION37kQA3 - 1003 - 100
55X-RAY DIFFRACTION38lRA11 - 12611 - 126
56X-RAY DIFFRACTION39mSA4 - 1272 - 125
57X-RAY DIFFRACTION40nTA2 - 1262 - 126
58X-RAY DIFFRACTION41oUA2 - 612 - 61
59X-RAY DIFFRACTION42pVA2 - 892 - 89
60X-RAY DIFFRACTION43qWA1 - 831 - 83
61X-RAY DIFFRACTION44rXA2 - 1052 - 105
62X-RAY DIFFRACTION45sYA16 - 8816 - 88
63X-RAY DIFFRACTION46tZA2 - 812 - 81
64X-RAY DIFFRACTION47uAB8 - 1068 - 106
65X-RAY DIFFRACTION48xB1 - 121 - 12
66X-RAY DIFFRACTION48xB109 - 119110 - 120
67X-RAY DIFFRACTION48xB13 - 2113 - 21
68X-RAY DIFFRACTION48xB62 - 10862 - 109
69X-RAY DIFFRACTION48xB22 - 6122 - 61
70X-RAY DIFFRACTION49yEA5 - 516 - 52
71X-RAY DIFFRACTION49yEA360 - 562356 - 546
72X-RAY DIFFRACTION50yEA52 - 35953 - 355
73X-RAY DIFFRACTION51yEA563 - 588547 - 572
74X-RAY DIFFRACTION51yEA756 - 919740 - 897
75X-RAY DIFFRACTION52yEA589 - 755573 - 739
76X-RAY DIFFRACTION53yEA920 - 949898 - 927
77X-RAY DIFFRACTION53yEA1232 - 13961214 - 1379
78X-RAY DIFFRACTION54yEA950 - 1063928 - 1046
79X-RAY DIFFRACTION54yEA1193 - 12311175 - 1213
80X-RAY DIFFRACTION55yEA1064 - 11921047 - 1174
81X-RAY DIFFRACTION56yEA1397 - 14131380 - 1396
82X-RAY DIFFRACTION56yEA1487 - 15331465 - 1511
83X-RAY DIFFRACTION56yEA1414 - 14321397 - 1415
84X-RAY DIFFRACTION56yEA1468 - 14861446 - 1464
85X-RAY DIFFRACTION56yEA1433 - 14671416 - 1445
86X-RAY DIFFRACTION57zFA1 - 71 - 7
87X-RAY DIFFRACTION57zFA49 - 7650 - 77
88X-RAY DIFFRACTION58zFA8 - 488 - 49
89X-RAY DIFFRACTION592GA1 - 71 - 7
90X-RAY DIFFRACTION592GA49 - 7649 - 76
91X-RAY DIFFRACTION602GA8 - 488 - 48
92X-RAY DIFFRACTION613HA1 - 81 - 8
93X-RAY DIFFRACTION61yEA1534 - 15411512 - 1519
94X-RAY DIFFRACTION62wA1 - 8101 - 836
95X-RAY DIFFRACTION62wA2895 - 29022882 - 2889
96X-RAY DIFFRACTION63wA811 - 990837 - 1015
97X-RAY DIFFRACTION63wA1164 - 12701189 - 1295
98X-RAY DIFFRACTION64wA991 - 11631016 - 1188
99X-RAY DIFFRACTION65wA1271 - 16461296 - 1671
100X-RAY DIFFRACTION66wA1647 - 20101672 - 2010
101X-RAY DIFFRACTION67wA2011 - 20582011 - 2058
102X-RAY DIFFRACTION67wA2448 - 26272438 - 2617
103X-RAY DIFFRACTION68wA2059 - 20922059 - 2092
104X-RAY DIFFRACTION68wA2197 - 24472197 - 2437
105X-RAY DIFFRACTION69wA2093 - 21962093 - 2196
106X-RAY DIFFRACTION70wA2628 - 28942618 - 2881

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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