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- PDB-4v9r: Crystal structure of antibiotic DITYROMYCIN bound to 70S ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v9r
タイトルCrystal structure of antibiotic DITYROMYCIN bound to 70S ribosome
要素
  • (30S Ribosomal Protein ...) x 20
  • (50S Ribosomal Protein ...) x 29
  • 16S Ribosomal RNA
  • 23S Ribosomal RNA
  • 5S Ribosomal RNA
  • Dityromycin
  • P-site tRNA
  • mRNA
キーワードRibosome/Antibiotic / 70S / Ribosome / Dityromycin / GE82832 / Ribosomal Protein S12 / EF-G / Translocation / Dityromycin and GE82832 bind protein S12 and block EF-G catalyzed translocation / 30S subunit with bound mRNA / P-site tRNA / Ribosome-Antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding ...large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A ...30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / : / L28p-like / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20
類似検索 - ドメイン・相同性
Dityromycin / N-FORMYLMETHIONINE / : / IRON/SULFUR CLUSTER / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...Dityromycin / N-FORMYLMETHIONINE / : / IRON/SULFUR CLUSTER / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / 30S ribosomal protein S17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S8 / 50S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
Streptomyces sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Bulkley, D.P. / Brandi, L. / Polikanov, Y.S. / Fabbretti, A. / O'Connor, M. / Gualerzi, C.O. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014
タイトル: The antibiotics dityromycin and GE82832 bind protein S12 and block EF-G-catalyzed translocation.
著者: Bulkley, D. / Brandi, L. / Polikanov, Y.S. / Fabbretti, A. / O'Connor, M. / Gualerzi, C.O. / Steitz, T.A.
履歴
登録2013年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 4NVU, 4NVV, 4NVW, 4NVX
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AA: 16S Ribosomal RNA
AB: 30S Ribosomal Protein S2
AC: 30S Ribosomal Protein S3
AD: 30S Ribosomal Protein S4
AE: 30S Ribosomal Protein S5
AF: 30S Ribosomal Protein S6
AG: 30S Ribosomal Protein S7
AH: 30S Ribosomal Protein S8
AI: 30S Ribosomal Protein S9
AJ: 30S Ribosomal Protein S10
AK: 30S Ribosomal Protein S11
AL: 30S Ribosomal Protein S12
AM: 30S Ribosomal Protein S13
AN: 30S Ribosomal Protein S14
AO: 30S Ribosomal Protein S15
AP: 30S Ribosomal Protein S16
AQ: 30S Ribosomal Protein S17
AR: 30S Ribosomal Protein S18
AS: 30S Ribosomal Protein S19
AT: 30S Ribosomal Protein S20
AU: 30S Ribosomal Protein THX
AV: mRNA
AX: P-site tRNA
AW: Dityromycin
BA: 23S Ribosomal RNA
BB: 5S Ribosomal RNA
BD: 50S Ribosomal Protein L2
BE: 50S Ribosomal Protein L3
BF: 50S Ribosomal Protein L4
BG: 50S Ribosomal Protein L5
BH: 50S Ribosomal Protein L6
BI: 50S Ribosomal Protein L9
BN: 50S Ribosomal Protein L13
BO: 50S Ribosomal Protein L14
BP: 50S Ribosomal Protein L15
BQ: 50S Ribosomal Protein L16
BR: 50S Ribosomal Protein L17
BS: 50S Ribosomal Protein L18
BT: 50S Ribosomal Protein L19
BU: 50S Ribosomal Protein L20
BV: 50S Ribosomal Protein L21
BW: 50S Ribosomal Protein L22
BX: 50S Ribosomal Protein L23
BY: 50S Ribosomal Protein L24
BZ: 50S Ribosomal Protein L25
B0: 50S Ribosomal Protein L27
B1: 50S Ribosomal Protein L28
B2: 50S Ribosomal Protein L29
B3: 50S Ribosomal Protein L30
B4: 50S Ribosomal Protein L31
B5: 50S Ribosomal Protein L32
B6: 50S Ribosomal Protein L33
B7: 50S Ribosomal Protein L34
B8: 50S Ribosomal Protein L35
B9: 50S Ribosomal Protein L36
CA: 16S Ribosomal RNA
CB: 30S Ribosomal Protein S2
CC: 30S Ribosomal Protein S3
CD: 30S Ribosomal Protein S4
CE: 30S Ribosomal Protein S5
CF: 30S Ribosomal Protein S6
CG: 30S Ribosomal Protein S7
CH: 30S Ribosomal Protein S8
CI: 30S Ribosomal Protein S9
CJ: 30S Ribosomal Protein S10
CK: 30S Ribosomal Protein S11
CL: 30S Ribosomal Protein S12
CM: 30S Ribosomal Protein S13
CN: 30S Ribosomal Protein S14
CO: 30S Ribosomal Protein S15
CP: 30S Ribosomal Protein S16
CQ: 30S Ribosomal Protein S17
CR: 30S Ribosomal Protein S18
CS: 30S Ribosomal Protein S19
CT: 30S Ribosomal Protein S20
CU: 30S Ribosomal Protein THX
CV: mRNA
CX: P-site tRNA
CW: Dityromycin
DA: 23S Ribosomal RNA
DB: 5S Ribosomal RNA
DD: 50S Ribosomal Protein L2
DE: 50S Ribosomal Protein L3
DF: 50S Ribosomal Protein L4
DG: 50S Ribosomal Protein L5
DH: 50S Ribosomal Protein L6
DI: 50S Ribosomal Protein L9
DN: 50S Ribosomal Protein L13
DO: 50S Ribosomal Protein L14
DP: 50S Ribosomal Protein L15
DQ: 50S Ribosomal Protein L16
DR: 50S Ribosomal Protein L17
DS: 50S Ribosomal Protein L18
DT: 50S Ribosomal Protein L19
DU: 50S Ribosomal Protein L20
DV: 50S Ribosomal Protein L21
DW: 50S Ribosomal Protein L22
DX: 50S Ribosomal Protein L23
DY: 50S Ribosomal Protein L24
DZ: 50S Ribosomal Protein L25
D0: 50S Ribosomal Protein L27
D1: 50S Ribosomal Protein L28
D2: 50S Ribosomal Protein L29
D3: 50S Ribosomal Protein L30
D4: 50S Ribosomal Protein L31
D5: 50S Ribosomal Protein L32
D6: 50S Ribosomal Protein L33
D7: 50S Ribosomal Protein L34
D8: 50S Ribosomal Protein L35
D9: 50S Ribosomal Protein L36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,455,1242101
ポリマ－4,405,250110
非ポリマー49,8751991
水45,3982520
1
AA: 16S Ribosomal RNA
AB: 30S Ribosomal Protein S2
AC: 30S Ribosomal Protein S3
AD: 30S Ribosomal Protein S4
AE: 30S Ribosomal Protein S5
AF: 30S Ribosomal Protein S6
AG: 30S Ribosomal Protein S7
AH: 30S Ribosomal Protein S8
AI: 30S Ribosomal Protein S9
AJ: 30S Ribosomal Protein S10
AK: 30S Ribosomal Protein S11
AL: 30S Ribosomal Protein S12
AM: 30S Ribosomal Protein S13
AN: 30S Ribosomal Protein S14
AO: 30S Ribosomal Protein S15
AP: 30S Ribosomal Protein S16
AQ: 30S Ribosomal Protein S17
AR: 30S Ribosomal Protein S18
AS: 30S Ribosomal Protein S19
AT: 30S Ribosomal Protein S20
AU: 30S Ribosomal Protein THX
AV: mRNA
AX: P-site tRNA
AW: Dityromycin
BA: 23S Ribosomal RNA
BB: 5S Ribosomal RNA
BD: 50S Ribosomal Protein L2
BE: 50S Ribosomal Protein L3
BF: 50S Ribosomal Protein L4
BG: 50S Ribosomal Protein L5
BH: 50S Ribosomal Protein L6
BI: 50S Ribosomal Protein L9
BN: 50S Ribosomal Protein L13
BO: 50S Ribosomal Protein L14
BP: 50S Ribosomal Protein L15
BQ: 50S Ribosomal Protein L16
BR: 50S Ribosomal Protein L17
BS: 50S Ribosomal Protein L18
BT: 50S Ribosomal Protein L19
BU: 50S Ribosomal Protein L20
BV: 50S Ribosomal Protein L21
BW: 50S Ribosomal Protein L22
BX: 50S Ribosomal Protein L23
BY: 50S Ribosomal Protein L24
BZ: 50S Ribosomal Protein L25
B0: 50S Ribosomal Protein L27
B1: 50S Ribosomal Protein L28
B2: 50S Ribosomal Protein L29
B3: 50S Ribosomal Protein L30
B4: 50S Ribosomal Protein L31
B5: 50S Ribosomal Protein L32
B6: 50S Ribosomal Protein L33
B7: 50S Ribosomal Protein L34
B8: 50S Ribosomal Protein L35
B9: 50S Ribosomal Protein L36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,229,9811150
ポリマ－2,202,62555
非ポリマー27,3561095
水54030
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
CA: 16S Ribosomal RNA
CB: 30S Ribosomal Protein S2
CC: 30S Ribosomal Protein S3
CD: 30S Ribosomal Protein S4
CE: 30S Ribosomal Protein S5
CF: 30S Ribosomal Protein S6
CG: 30S Ribosomal Protein S7
CH: 30S Ribosomal Protein S8
CI: 30S Ribosomal Protein S9
CJ: 30S Ribosomal Protein S10
CK: 30S Ribosomal Protein S11
CL: 30S Ribosomal Protein S12
CM: 30S Ribosomal Protein S13
CN: 30S Ribosomal Protein S14
CO: 30S Ribosomal Protein S15
CP: 30S Ribosomal Protein S16
CQ: 30S Ribosomal Protein S17
CR: 30S Ribosomal Protein S18
CS: 30S Ribosomal Protein S19
CT: 30S Ribosomal Protein S20
CU: 30S Ribosomal Protein THX
CV: mRNA
CX: P-site tRNA
CW: Dityromycin
DA: 23S Ribosomal RNA
DB: 5S Ribosomal RNA
DD: 50S Ribosomal Protein L2
DE: 50S Ribosomal Protein L3
DF: 50S Ribosomal Protein L4
DG: 50S Ribosomal Protein L5
DH: 50S Ribosomal Protein L6
DI: 50S Ribosomal Protein L9
DN: 50S Ribosomal Protein L13
DO: 50S Ribosomal Protein L14
DP: 50S Ribosomal Protein L15
DQ: 50S Ribosomal Protein L16
DR: 50S Ribosomal Protein L17
DS: 50S Ribosomal Protein L18
DT: 50S Ribosomal Protein L19
DU: 50S Ribosomal Protein L20
DV: 50S Ribosomal Protein L21
DW: 50S Ribosomal Protein L22
DX: 50S Ribosomal Protein L23
DY: 50S Ribosomal Protein L24
DZ: 50S Ribosomal Protein L25
D0: 50S Ribosomal Protein L27
D1: 50S Ribosomal Protein L28
D2: 50S Ribosomal Protein L29
D3: 50S Ribosomal Protein L30
D4: 50S Ribosomal Protein L31
D5: 50S Ribosomal Protein L32
D6: 50S Ribosomal Protein L33
D7: 50S Ribosomal Protein L34
D8: 50S Ribosomal Protein L35
D9: 50S Ribosomal Protein L36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,225,144951
ポリマ－2,202,62555
非ポリマー22,519896
水41423
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)210.080, 449.830, 619.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細This PDB entry contains coordinates for the 30S subunit with bound mRNA, P-site tRNA and Dityromycin of the 1st 70S ribosome in the ASU. The full biological assembly can be obtained by combining coordinates from this entry and the entry for the 50S subunit of the 1st 70S ribosome. The entire ASU contains two 70S ribosomes.

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 10分子 AACAAVCVAXCXBADABBDB

#1: RNA鎖 16S Ribosomal RNA


分子量: 493958.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: GenBank: AP008226.1
#22: RNA鎖 mRNA


分子量: 7804.735 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: IDT-Synthesized 24nt M-F-Stop mRNA
#23: RNA鎖 P-site tRNA


分子量: 24802.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE-600 / 参照: GenBank: AP012306.1
#25: RNA鎖 23S Ribosomal RNA


分子量: 947895.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: GenBank: AP008226.1
#26: RNA鎖 5S Ribosomal RNA


分子量: 39494.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: GenBank: AP008226.1

-
30S Ribosomal Protein ... , 20種, 40分子 ABCBACCCADCDAECEAFCFAGCGAHCHAICIAJCJAKCKALCLAMCMANCNAOCOAPCP...

#2: タンパク質 30S Ribosomal Protein S2


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80371
#3: タンパク質 30S Ribosomal Protein S3


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80372
#4: タンパク質 30S Ribosomal Protein S4


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80373
#5: タンパク質 30S Ribosomal Protein S5


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ5
#6: タンパク質 30S Ribosomal Protein S6


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLP8
#7: タンパク質 30S Ribosomal Protein S7


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P17291
#8: タンパク質 30S Ribosomal Protein S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: A0A0M9AFS9*PLUS
#9: タンパク質 30S Ribosomal Protein S9


分子量: 14410.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80374
#10: タンパク質 30S Ribosomal Protein S10


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN7
#11: タンパク質 30S Ribosomal Protein S11


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80376
#12: タンパク質 30S Ribosomal Protein S12


分子量: 14637.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN3
#13: タンパク質 30S Ribosomal Protein S13


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80377
#14: タンパク質 30S Ribosomal Protein S14


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: A0A0N0BLP2*PLUS
#15: タンパク質 30S Ribosomal Protein S15


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ76
#16: タンパク質 30S Ribosomal Protein S16


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJH3
#17: タンパク質 30S Ribosomal Protein S17


分子量: 12325.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: A0A0N0BLS5*PLUS
#18: タンパク質 30S Ribosomal Protein S18


分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLQ0
#19: タンパク質 30S Ribosomal Protein S19


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP2
#20: タンパク質 30S Ribosomal Protein S20


分子量: 11736.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80380
#21: タンパク質・ペプチド 30S Ribosomal Protein THX


分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SIH3

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 AWCW

#24: タンパク質・ペプチド Dityromycin


タイプ: Peptide-like / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1309.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Dityromycin was clarified to be composed of N-MeVal, Pro, Val, Phenylglycine, CH3NH2, N,N-Me2Thr and di-α-amino acid containing diphenylether moiety.
由来: (合成) Streptomyces sp. (バクテリア) / 参照: Dityromycin

+
50S Ribosomal Protein ... , 29種, 58分子 BDDDBEDEBFDFBGDGBHDHBIDIBNDNBODOBPDPBQDQBRDRBSDSBTDTBUDUBVDV...

#27: タンパク質 50S Ribosomal Protein L2


分子量: 30532.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60405
#28: タンパク質 50S Ribosomal Protein L3


分子量: 22450.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN8
#29: タンパク質 50S Ribosomal Protein L4


分子量: 23271.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN9
#30: タンパク質 50S Ribosomal Protein L5


分子量: 21061.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ0
#31: タンパク質 50S Ribosomal Protein L6


分子量: 19568.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ3, UniProt: P0DOY8*PLUS
#32: タンパク質 50S Ribosomal Protein L9


分子量: 16422.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLQ1
#33: タンパク質 50S Ribosomal Protein L13


分子量: 15927.903 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60488
#34: タンパク質 50S Ribosomal Protein L14


分子量: 13323.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP8
#35: タンパク質 50S Ribosomal Protein L15


分子量: 16319.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ7
#36: タンパク質 50S Ribosomal Protein L16


分子量: 15993.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60489
#37: タンパク質 50S Ribosomal Protein L17


分子量: 13750.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q9Z9H5
#38: タンパク質 50S Ribosomal Protein L18


分子量: 12639.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ4
#39: タンパク質 50S Ribosomal Protein L19


分子量: 17188.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60490
#40: タンパク質 50S Ribosomal Protein L20


分子量: 13779.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60491
#41: タンパク質 50S Ribosomal Protein L21


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60492
#42: タンパク質 50S Ribosomal Protein L22


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP3
#43: タンパク質 50S Ribosomal Protein L23


分子量: 10759.808 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP0
#44: タンパク質 50S Ribosomal Protein L24


分子量: 12085.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP9, UniProt: Q56435*PLUS
#45: タンパク質 50S Ribosomal Protein L25


分子量: 23238.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHZ1
#46: タンパク質 50S Ribosomal Protein L27


分子量: 9529.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60493
#47: タンパク質 50S Ribosomal Protein L28


分子量: 11004.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60494
#48: タンパク質 50S Ribosomal Protein L29


分子量: 8670.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP6
#49: タンパク質 50S Ribosomal Protein L30


分子量: 6799.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ6
#50: タンパク質 50S Ribosomal Protein L31


分子量: 8300.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJE1
#51: タンパク質 50S Ribosomal Protein L32


分子量: 6722.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80339
#52: タンパク質 50S Ribosomal Protein L33


分子量: 6632.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P35871
#53: タンパク質・ペプチド 50S Ribosomal Protein L34


分子量: 6132.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80340
#54: タンパク質 50S Ribosomal Protein L35


分子量: 7506.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SKU1
#55: タンパク質・ペプチド 50S Ribosomal Protein L36


分子量: 4435.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHR2, UniProt: P80256*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 4511分子

#56: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1973 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#57: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#58: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#59: 化合物 ChemComp-FME / N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 177.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO3S
#60: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#61: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2520 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細Dityromycin is a peptide antibiotic isolated from the culture broth of the soil microorganism, ...Dityromycin is a peptide antibiotic isolated from the culture broth of the soil microorganism, Streptomyces sp. strain No. AM-2504, showing activities against Bacillus, Corynebacterium, and Clostridium.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.02 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.6
詳細: 0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5mM BME, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月21日 / 詳細: S/N 60-0112-F
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→49.748 Å / Num. all: 1157340 / Num. obs: 1143138 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.45 % / Biso Wilson estimate: 66.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.199 / Rsym value: 0.236 / Net I/σ(I): 6.19
反射 シェル解像度: 3→3.08 Å / Rmerge(I) obs: 1.404 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. measured obs: 297393 / Num. unique obs: 84292 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→49.739 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8046 / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2586 57314 5.01 %
Rwork0.2033 --
obs0.2061 1142889 98.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 162.91 Å2 / Biso mean: 79.5902 Å2 / Biso min: 22.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→49.739 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18671 33933 256 159 53019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01309554
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.515460089
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06258013
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00725024
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.113142411
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3-3.03410.390819180.3482358143773299
3.0341-3.06980.36318790.3147361163799599
3.0698-3.10720.361919110.3101360773798899
3.1072-3.14650.342518770.2952362463812399
3.1465-3.18790.346819200.2869362153813599
3.1879-3.23160.34718620.2866361643802699
3.2316-3.27780.339619010.2831360503795199
3.2778-3.32670.317317920.2652347593655195
3.3267-3.37860.33418660.2603361203798699
3.3786-3.4340.31919120.2484362313814399
3.434-3.49320.289118870.2333362443813199
3.4932-3.55670.298219750.2328361843815999
3.5567-3.62510.303518630.2312363863824999
3.6251-3.69910.283219690.215361823815199
3.6991-3.77950.268119030.2066363153821899
3.7795-3.86740.258719020.1997363453824799
3.8674-3.96410.261218660.1983364413830799
3.9641-4.07120.247119060.1919357113761798
4.0712-4.19090.247419220.1885353763729897
4.1909-4.32610.240219160.18373646238378100
4.3261-4.48070.238719480.18133652338471100
4.4807-4.65990.230419480.17263642438372100
4.6599-4.87180.227819610.17053646438425100
4.8718-5.12840.225919190.16653662138540100
5.1284-5.44940.221118840.1583353103719496
5.4494-5.86950.212419230.1529365923851599
5.8695-6.45910.214119770.15793668438661100
6.4591-7.39110.220219310.1657368353876699
7.3911-9.3020.214819790.1734359943797397
9.302-49.7460.234418970.205366903858796

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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