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- PDB-4v4i: Crystal Structure of a 70S Ribosome-tRNA Complex Reveals Function... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 4v4i
タイトルCrystal Structure of a 70S Ribosome-tRNA Complex Reveals Functional Interactions and Rearrangements.
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 28
  • 16S SMALL SUBUNIT RIBOSOMAL RNA
  • 23S LARGE SUBUNIT RIBOSOMAL RNA
  • 5S LARGE SUBUNIT RIBOSOMAL RNA
  • E-TRNA
  • MRNA
  • P-site PHE-tRNA
キーワードRIBOSOME / FUNCTIONAL COMPLEX / TRNA / E site / P site / PEPTIDYL TRANSFERASE CENTER
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L1, bacterial-type / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / : / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, type Z ...Ribosomal protein L1, bacterial-type / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / : / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bTHX ...: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.71 Å
データ登録者Korostelev, A. / Trakhanov, S. / Laurberg, M. / Noller, H.F.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of a 70S Ribosome-tRNA Complex Reveals Functional Interactions and Rearrangements
著者: Korostelev, A. / Trakhanov, S. / Laurberg, M. / Noller, H.F.
履歴
登録2007年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 1VSA, 2OW8
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 2.02019年7月3日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 400COMPOUND THE COMPLETE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS 30S AND 50S RIBOSOMAL SUBUNITS. THIS ENTRY 1VS9 ...COMPOUND THE COMPLETE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS 30S AND 50S RIBOSOMAL SUBUNITS. THIS ENTRY 1VS9 CONTAINS 50S RIBOSOMAL SUBUNIT. THE 30S RIBOSOMAL SUBUNIT CAN BE FOUND IN PDB ENTRY 2I1C.
Remark 999SEQUENCE The sequence for 23S LARGE SUBUNIT RIBOSOMAL RNA corresponds to the sequence from GB entry ...SEQUENCE The sequence for 23S LARGE SUBUNIT RIBOSOMAL RNA corresponds to the sequence from GB entry AE017221, residues 1534489-1537381. Residue (w C 41 ) and Residue (w G 43 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.86 Residue (w U 99 ) and Residue (w G 101 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.85 Residue (w C 155 ) and Residue (w U 161 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.82 Residue (w U 165 ) and Residue (w G 171 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.79 Residue (w C 366 B) and Residue (w G 370 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.80 Residue (w C 436 ) and Residue (w G 438 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.77 Residue (w G 489 ) and Residue (w G 491 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.82 Residue (w C 537 ) and Residue (w G 539 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.76 Residue (w A 890 ) and Residue (w G 892 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.94 Residue (w A 926 ) and Residue (w G 928 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.97 Residue (w U 1133 ) and Residue (w C 1135 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.86 Residue (w A 114 B) and Residue (w A 1143 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.81 Residue (w G 1171 ) and Residue (w G 1173 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.94 Residue (w C 122 A) and Residue (w C 1222 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.80 Residue (w A 144 B) and Residue (w C 1445 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.77 Residue (w A 149 B) and Residue (w G 1449 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.85 Residue (w C 1451 ) and Residue (w A 1453 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.78 Residue (w U 1481 ) and Residue (w G 1483 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.90 Residue (w C 1506 ) and Residue (w A 1508 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.96 Residue (w C 154 B) and Residue (w C 1547 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.90 Residue (w A 1583 ) and Residue (w C 1585 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.77 Residue (w C 163 B) and Residue (w A 1631 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.79 Residue (w C 1712 ) and Residue (w U 1716 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.86 Residue (w U 1735 ) and Residue (w C 1741 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.82 Residue (w G 1743 ) and Residue (w G 1746 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.89 Residue (w U 1864 ) and Residue (w G 1869 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.83 Residue (w A 1872 ) and Residue (w G 1878 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.79 Residue (w A 2199 ) and Residue (w C 2205 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.82 Residue (w U 2213 ) and Residue (w G 2215 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.81 Residue (w G 2219 ) and Residue (w G 2224 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.83 Residue (w A 712 B) and Residue (w A 2713 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.75
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS PART OF THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT. THE BIOLOGICAL ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS PART OF THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT. THE BIOLOGICAL UNIT CONSISTS OF TWO SUBUNITS. THERE IS 1 BIOLOGICAL UNIT IN THE ASYMMETRIC UNIT.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
w: 23S LARGE SUBUNIT RIBOSOMAL RNA
x: 5S LARGE SUBUNIT RIBOSOMAL RNA
A: 50S ribosomal protein L1
B: 50S ribosomal protein L2
C: 50S ribosomal protein L3
D: 50S ribosomal protein L4
E: 50S ribosomal protein L5
F: 50S ribosomal protein L6
G: 50S ribosomal protein L9
H: 50S ribosomal protein L13
I: 50S ribosomal protein L14
J: 50S ribosomal protein L15
K: 50S ribosomal protein L16
L: 50S ribosomal protein L17
M: 50S ribosomal protein L18
N: 50S ribosomal protein L19
O: 50S ribosomal protein L20
P: 50S ribosomal protein L21
Q: 50S ribosomal protein L22
R: 50S ribosomal protein L23
S: 50S ribosomal protein L24
T: 50S ribosomal protein L25
U: 50S ribosomal protein L27
V: 50S ribosomal protein L28
W: 50S ribosomal protein L29
X: 50S ribosomal protein L30
Y: 50S ribosomal protein L32
Z: 50S ribosomal protein L34
a: 50S ribosomal protein L35
b: 50S ribosomal protein L36
y: 16S SMALL SUBUNIT RIBOSOMAL RNA
z: P-site PHE-tRNA
0: E-TRNA
1: MRNA
c: 30S ribosomal protein S2
d: 30S ribosomal protein S3
e: 30S ribosomal protein S4
f: 30S ribosomal protein S5
g: 30S ribosomal protein S6
h: 30S ribosomal protein S7
i: 30S ribosomal protein S8
j: 30S ribosomal protein S9
k: 30S ribosomal protein S10
l: 30S ribosomal protein S11
m: 30S ribosomal protein S12
n: 30S ribosomal protein S13
o: 30S ribosomal protein S14
p: 30S ribosomal protein S15
q: 30S ribosomal protein S16
r: 30S ribosomal protein S17
s: 30S ribosomal protein S18
t: 30S ribosomal protein S19
u: 30S ribosomal protein S20
v: 30S ribosomal protein Thx


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,224,69954
ポリマ－2,224,69954
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)507.810, 507.810, 689.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 wxyz01

#1: RNA鎖 23S LARGE SUBUNIT RIBOSOMAL RNA


分子量: 939562.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27
#2: RNA鎖 5S LARGE SUBUNIT RIBOSOMAL RNA


分子量: 39211.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: GenBank: 48271
#31: RNA鎖 16S SMALL SUBUNIT RIBOSOMAL RNA


分子量: 494210.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: GenBank: 155076
#32: RNA鎖 P-site PHE-tRNA


分子量: 24649.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 174422
#33: RNA鎖 E-TRNA


分子量: 24502.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27
#34: RNA鎖 MRNA


分子量: 3146.917 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: 10-NUCLEOTIDE SYNTHETIC MRNA SEQUENCE 'AUGUUCUAAA' (DHARMACON RNA TECHNOLOGIES)

+
50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZab

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L1


分子量: 24867.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72GV9
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30532.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I07
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22450.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I04
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22744.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I05
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 21075.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I16
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19568.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I19
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 16436.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72GV5
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 18534.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72IN1
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13309.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I14
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 16319.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I23
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15977.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I11
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13750.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I33
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12639.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I20
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 17217.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72JU9
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13779.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72L76
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72HR2
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I09
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10759.808 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I06
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 12085.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I15
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L25


分子量: 23238.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72IA7
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9501.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72HR3
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 11032.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72G84
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8670.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I12
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6799.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I22
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6734.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62652
#28: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 6132.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P80340
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7506.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72L77
#30: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4435.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I28

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 cdefghijklmnopqrstuv

#35: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62662
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62663
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62664
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62665
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62666
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62667
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62668
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14429.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62669
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62653
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62654
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 14637.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P61941
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62655
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S14


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62656
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62657
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62238
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 12324.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62658
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 10258.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62659
#52: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62660
#53: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 11722.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62661
#54: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx


分子量: 3350.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62613

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.38 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 24-26% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2H2O11
3MPD12
4H2O12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.7→75 Å / Num. obs: 465894 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.149
反射 シェル解像度: 3.7→3.8 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.467 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
CNS精密化
d*TREKデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entries 1TWT AND 1TWV

1twt

1twv


解像度: 3.71→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.835 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / SU B: 200.673 / SU ML: 1.295 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.759 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: This file represents the structure 1VS9 re-refined with strong secondary-structure restraints. Structures of proteins L15, L19, L21, L28 and L29 from PDB entry 2J03 (Selmer et al., 2006) were ...詳細: This file represents the structure 1VS9 re-refined with strong secondary-structure restraints. Structures of proteins L15, L19, L21, L28 and L29 from PDB entry 2J03 (Selmer et al., 2006) were used as starting models in refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.353 11345 2.5 %RANDOM
Rwork0.348 ---
all0.349 ---
obs0.349 455685 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1.94 Å / 減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.92 Å / 溶媒モデル: MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.71→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26862 64786 0 0 91648
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.021159290
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3932.731238258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.79555738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.00921.2182061
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.715159016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.42115666
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.230224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0283941
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.4170.289280
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.266600
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3260.25400
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4880.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3660.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it25.3571.529656
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it35.427246261
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2083181307
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.1254.5191997
LS精密化 シェル解像度: 3.71→3.805 Å / Total num. of bins used: 20 /
反射数%反射
Rfree630 -
Rwork31881 -
obs32511 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3544-0.6603-0.21461.23040.39990.130.22740.08440.21610.1777-0.3107-0.04340.0876-0.06910.0833000-0.0001-0.00010.0001-103.26791.8061-143.0996
20.66240.5669-0.05320.4851-0.04550.00430.0032-0.26330.1722-0.1843-0.0463-0.0243-0.0173-0.00950.0431000000-111.303789.6303-146.2364
30.0226-0.10690.00910.5053-0.04310.00370.0578-0.01550.05070.0759-0.122-0.0824-0.19160.34060.0642000000-122.766441.6755-59.6841
4000000-0.0299-0.0342-0.1511-0.01810.0406-0.0067-0.0334-0.1056-0.0107000000-113.313150.5275-69.8557
50.73310.2112-0.05930.3816-0.07610.0157-0.05970.0002-0.0753-0.05240.13010.0417-0.1084-0.0817-0.07040000-0.00010-203.6106-15.3518-60.7766
60.11310.048-0.0280.0204-0.01190.0069-0.0493-0.1043-0.06550.01080.09730.0551-0.0027-0.043-0.048000000-205.446992.1684-95.5842
70.00110.01270.00220.15260.02650.00460.06390.0040.153-0.0253-0.03720.061-0.02340.0349-0.0267000000-138.59519.9307-185.9234
80.03830.1129-0.01510.3329-0.04450.00590.0370.1292-0.18490.0472-0.04170.0282-0.02670.07620.0047000000-211.3408-43.7213-109.4818
90.2821-0.08850.00280.0278-0.000900.13220.2023-0.03580.1059-0.0086-0.06920.03840.024-0.1236000.0001-0.000100-92.671122.487-83.8152
100.57810.1688-0.14630.0493-0.04270.037-0.00650.0745-0.1014-0.0131-0.00850.0358-0.10430.06020.015000000-227.5694-0.3169-95.53
11000000-0.02490.07940.1396-0.03230.0120.1399-0.1781-0.09130.013000000-160.8441-27.6102-67.4687
120.46330.3298-0.20030.2347-0.14250.08660.0197-0.15670.04830.0632-0.01050.02920.02-0.0347-0.0093000000-182.853485.9409-124.4711
130.1537-0.11370.04350.0841-0.03220.01230.1167-0.0416-0.00380.0419-0.0991-0.11550.0049-0.0169-0.0176000000-176.8074-1.3562-138.4532
140000000.0293-0.0379-0.054-0.1153-0.0163-0.17720.08510.0394-0.0129000000-192.43688.9255-26.1245
150.09570.08480.01920.07520.0170.00380.0278-0.0363-0.05770.0641-0.1786-0.00150.0677-0.11770.1508000000-170.158751.1147-187.1672
160.6399-0.72270.38780.8162-0.43790.2350.0499-0.1988-0.11060.29490.0212-0.0624-0.1921-0.221-0.071100.00010-0.000100-173.1533-30.0552-38.989
170.1649-0.07080.0010.0304-0.00040-0.0972-0.12360.0296-0.08790.04850.0274-0.1969-0.08140.0487000000-228.07530.783-102.2491
180.1837-0.2695-0.03260.39530.04780.00580.0595-0.1151-0.03380.1679-0.12620.11910.13930.03970.0667-0.000100.00010-0.00010-240.859841.1482-108.1994
191.0589-0.4140.22470.1619-0.08790.0477-0.1545-0.18390.0171-0.01360.1294-0.0669-0.09280.1290.0252000000-212.073638.633-50.3349
202.03760.18720.18070.3422-0.01460.0190.01710.1039-0.0453-0.08880.15910.01660.0531-0.013-0.1762000000-171.145773.7041-24.3737
210.06630.4353-0.15642.8592-1.02710.3689-0.00160.0047-0.0760.3108-0.22850.1661-0.25770.26880.2301-0.00010.00010.0001000.0001-214.449694.7914-47.159
220.03880.06430.01310.10630.02170.00440.0048-0.0573-0.03240.07330.0674-0.00180.0255-0.0265-0.0722000000-191.1791-6.3166-163.9043
230.26330.33220.20340.4190.25660.1571-0.0555-0.21990.121-0.27580.1132-0.06540.26310.0277-0.057700-0.0001000-181.254447.3272-155.0396
240.05420.0024-0.00780.0001-0.00040.0011-0.20130.23660.1902-0.15030.15790.0932-0.14310.35570.0434-0.00010.0001-0.0001-0.000100-134.336484.4061-86.9231
251.1056-0.61670.02550.344-0.01420.00060.0302-0.04690.2412-0.06750.16220.06050.1502-0.1199-0.1924000000-177.540696.1864-29.4197
26000000-0.02070.10560.0936-0.07960.0378-0.10030.16620.1377-0.0171000000-216.785735.3309-137.5719
270.435-0.1679-0.86470.07180.40542.4523-0.0119-0.1561-0.067-0.07640.0615-0.1467-0.0147-0.0286-0.0496000000-211.135524.2089-45.053
281.71951.60060.42861.51420.43110.14950.0121-0.0443-0.01260.0758-0.1193-0.05920.00210.02280.1072000000-163.841763.5747-60.1538
290.27720.08580.10850.02650.03360.04240.0320.2095-0.0453-0.1372-0.10.15230.1274-0.0230.068000000.0001-170.842968.8386-129.851
302.0767-1.2002-0.26090.69360.15080.0328-0.00240.0198-0.0341-0.0303-0.0331-0.06840.04250.16830.03550-0.00010000-192.8783-25.5438-119.5695
31000000-0.0680.02510.00190.01070.04430.1023-0.04070.02390.0237000000-36.6983-18.2404-98.8584
32000000-0.0570.07390.00930.0108-0.0311-0.1307-0.1966-0.08150.0881000000-69.4548-46.7528-140.8621
330.1073-0.03860.00530.0139-0.00190.0003-0.001-0.0557-0.0189-0.0401-0.0561-0.01530.10370.03360.0572000000-82.8222-73.1081-86.3789
340.0174-0.0636-0.02420.23290.08880.03380.0371-0.007-0.0050.1001-0.01850.1103-0.04420.0599-0.0186000000-68.2852-39.5826-89.2215
350.26970.4491-0.37970.7479-0.63230.53460.0160.0222-0.14320.0164-0.01020.19940.11230.1998-0.00580-0.00010000-71.754149.6531-69.769
360.23970.17030.04820.12090.03420.0097-0.0203-0.0959-0.1464-0.00410.08980.08930.16530.1487-0.0694000000-77.270623.0509-151.5108
370.5756-0.1633-0.17920.04630.05090.0558-0.0394-0.0203-0.0331-0.08020.0714-0.0179-0.02310.0086-0.032000000-61.2994-25.5639-60.7521
380.139-0.14010.01980.1412-0.020.00280.0538-0.15680.17050.04420.0679-0.003-0.1391-0.2071-0.1216000000-60.3862.1384-169.6574
39000000-0.03050.1772-0.1702-0.092-0.20350.2029-0.1762-0.11720.234-0.00010000-0.0001-60.5287-35.3715-167.3943
40000000-0.0246-0.06920.0580.268-0.0373-0.08780.0978-0.28410.0619-0.000100000-79.671342.5065-113.1098
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431.78540.32671.34710.05990.24651.01640.00290.4592-0.1202-0.12250.1225-0.0735-0.11610.2352-0.125400-0.0001-0.00020.00010-86.1233-38.5105-156.6972
440.00070.0273-0.00171.0859-0.06930.00440.15910.042-0.09970.1657-0.0335-0.0878-0.0161-0.0269-0.125600-0.0001000-81.14815.1051-45.9683
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490.01280.0611-0.00640.2918-0.03060.0032-0.09940.09-0.0434-0.09760.0920.03210.05320.210.007400.00010000-132.0952-38.0054-15.0598
503.0864-2.78980.53252.5218-0.48140.09190.00790.3763-0.1137-0.12530.0218-0.03810.07830.124-0.0297-0.000100-0.00010.00010-93.7656-8.426-177.7247
510.1218-0.03140.06460.1881-0.06160.04550.03330.07020.005-0.05910.02590.02640.0165-0.0396-0.0592000000-178.973426.269-177.4783
520.0707-0.0261-0.0190.0268-0.01560.0350.0024-0.0147-0.01160.00490.0097-0.01210.028-0.0099-0.01210.0010.0035-0.00290.0004-0.00690.001-117.1086-55.896-57.2147
530.0291-0.0333-0.01750.0784-0.08330.27560.02240.01990.05680.0050.02630.00880.0159-0.0818-0.0487000000-121.0991-14.0268-74.3052
540.1779-0.09230.01020.1432-0.04360.0160.0140.01180.0274-0.0231-0.01330.0048-0.00460.0044-0.00070000-0.00010.0001-84.2258-21.4099-153.9137
550.1404-0.0420.01790.1662-0.06850.02830.0046-0.0010.01910.0233-0.0093-0.00190.00480.02020.004700000.00010-85.72681.0431-75.0807
561.0816-0.1735-0.68130.33080.24370.4888-0.01220.0075-0.1826-0.0533-0.12160.04-0.10780.06560.1338000000-141.648917.7788-130.351
573.9176-1.0147-1.45513.6640.56970.55140.0165-0.44880.1484-0.19490.12750.0124-0.0119-0.2668-0.1440-0.000100.0001-0.00020-108.41061.2524-133.3145
580.9603-0.0303-0.03360.9657-0.06110.00520.03490.03720.0014-0.11050.05430.0543-0.04480.0669-0.0892000000-117.720151.3728-134.8397
591.52910.8776-0.90860.5036-0.52150.540.01820.49690.10380.3709-0.1325-0.00290.1569-0.10020.1143000.0001-0.000100-97.64221.9063-135.974
601.9414-2.4691.41043.14-1.79371.02470.0252-0.2452-0.1826-0.0210.09870.0795-0.0251-0.1067-0.1239000000-97.77423.047-118.3364
611.38240.0696-0.91051.36580.67573.3946-0.0078-0.08680.26540.057-0.01810.02340.0163-0.1620.0259000000-243.82220.6255-74.5807
620.0929-0.02050.00010.07360.00330.0002-0.0059-0.01520.02640.01710.00360.0112-0.021-0.00720.00230.0068-0.0172-0.00040.00260.01470.0023-175.217574.1092-79.5122
630.8146-0.3524-0.31480.68880.28420.2675-0.0339-0.0305-0.0821-0.09420.0636-0.05070.01140.0593-0.0297000000-175.59216.5672-153.092
640.83210.1997-0.01180.1618-0.03610.00990.0478-0.0256-0.01840.0074-0.03220.0366-0.0539-0.0106-0.0155000000-201.580631.8772-119.179
650.3663-0.073-0.03250.45950.25720.2751-0.02110.0566-0.0485-0.00830.0560.04160.08410.0727-0.0349000000-198.8776-26.5237-129.5166
660.08050.00150.00410.0484-0.0040.00060.0119-0.0096-0.00530.0168-0.00580.0041-0.00280.0027-0.0060.00040.0017-0.0042-0.00020.0010-157.75138.0867-61.1182
670.14480.011-0.07780.17980.09230.0956-0.0221-0.00480.0139-0.064-0.00150.0227-0.04690.04060.0237000000-94.092775.4993-123.8168
680.5354-0.1367-0.05180.0987-0.05960.0882-0.0060.0196-0.1066-0.0215-0.0048-0.1030.00210.0280.0108000000-147.738849.8493-103.892
690.2002-0.09260.03570.11110.06110.09460.0010.0121-0.0051-0.03380.0048-0.001-0.04720.004-0.0058000000-159.433948.3785-149.2929
700.0912-0.01650.0350.0129-0.00980.01460.0031-0.0109-0.01040.005-0.0059-0.00320.0027-0.03040.0028-0.0013-0.00360.01810.00210.02230.0014-187.8327-3.668-74.7106
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AC6 - 646 - 64
22AC162 - 229162 - 229
33BD2 - 552 - 55
44BD56 - 22156 - 221
54BD222 - 273222 - 273
65CE3 - 1053 - 105
75CE106 - 160106 - 160
85CE161 - 203161 - 203
96DF4 - 1974 - 197
107EG3 - 1823 - 182
118FH7 - 817 - 81
128FH82 - 17982 - 179
139GI1 - 331 - 33
149GI34 - 7934 - 79
159GI80 - 14880 - 148
1610HJ24 - 16124 - 161
1711IK1 - 1221 - 122
1812JL5 - 685 - 68
1912JL69 - 15069 - 150
2013KM1 - 1371 - 137
2114LN1 - 1181 - 118
2215MO7 - 597 - 59
2315MO60 - 11260 - 112
2416NP1 - 1371 - 137
2517OQ2 - 722 - 72
2617OQ73 - 11873 - 118
2718PR1 - 1011 - 101
2819QS2 - 1102 - 110
2920RT3 - 943 - 94
3021SU1 - 1031 - 103
3122TV1 - 941 - 94
3222TV95 - 18595 - 185
3323UW10 - 3310 - 33
3423UW34 - 8534 - 85
3524VX8 - 958 - 95
3625WY1 - 361 - 36
3725WY37 - 6237 - 62
3826XZ1 - 601 - 60
3927YAA5 - 605 - 60
4028ZBA1 - 481 - 48
4129aCA2 - 642 - 64
4230bDA2 - 362 - 36
4331cIA7 - 2407 - 240
4432dJA2 - 2072 - 207
4533eKA2 - 2092 - 209
4634fLA5 - 1545 - 154
4735gMA1 - 1011 - 101
4836hNA2 - 1562 - 156
4937iOA1 - 1381 - 138
5038jPA2 - 1282 - 128
5139kQA3 - 1003 - 100
5240lRA11 - 12611 - 126
5341mSA4 - 1272 - 125
5442nTA2 - 1262 - 126
5543oUA2 - 612 - 61
5644pVA2 - 892 - 89
5745qWA1 - 831 - 83
5846rXA2 - 1052 - 105
5947sYA16 - 8816 - 88
6048tZA2 - 812 - 81
6149uAB8 - 1068 - 106
6250vBB2 - 252 - 25
6351xB1 - 1192 - 121
6452yEA5 - 5606 - 544
6553yEA1391 - 15291374 - 1507
6654yEA927 - 1390905 - 1373
6755yEA561 - 926545 - 904
6856zFA1 - 251 - 25
6956zFA45 - 7645 - 76
7057zFA26 - 4426 - 44
71580GA1 - 251 - 25
72580GA45 - 7645 - 76
73590GA26 - 4426 - 44
74601HA-3 - 31 - 6
7561wA1 - 101 - 10
7661wA2895 - 29022882 - 2889
7762wA11 - 84611 - 872
7863wA847 - 932873 - 956
7964wA933 - 1005957 - 1030
8065wA1006 - 11491031 - 1174
8166wA1150 - 20921175 - 2092
8267wA2093 - 22252093 - 2215
8368wA2226 - 22582216 - 2248
8469wA2259 - 24322249 - 2422
8570wA2433 - 28942423 - 2881

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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