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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v0n | ||||||
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タイトル | Crystal structure of BBS1N in complex with ARL6DN, soaked with mercury | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/STRUCTURAL PROTEIN / HYDROLASE-STRUCTURAL PROTEIN COMPLEX / BBSOME / GTP / COAT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 BBSome / non-motile cilium assembly / protein localization to cilium / axoneme / cilium assembly / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3.131 Å | ||||||
データ登録者 | Mourao, A. / Lorentzen, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014 タイトル: Structural Basis for Membrane Targeting of the Bbsome by Arl6 著者: Mourao, A. / Nager, A.R. / Nachury, M.V. / Lorentzen, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4v0n.cif.gz | 376.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4v0n.ent.gz | 309.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4v0n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/4v0n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/4v0n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18806.646 Da / 分子数: 4 / 断片: GTPASE, RESIDUES 16-180 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス) 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8JF99 #2: タンパク質 | 分子量: 46368.062 Da / 分子数: 4 / 断片: WD40, RESIDUES 1-425 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス) 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8JEA1 #3: 化合物 | ChemComp-GTP / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-HG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.39 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 29% PEG400, 0.1M TRIS PH 8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.0075 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2MF / 検出器: PIXEL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0075 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.13→50 Å / Num. obs: 70112 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 104 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.13→3.24 Å / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 91.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 3.131→96.498 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.88 / 位相誤差: 26.62 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.131→96.498 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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