PDB-2wv7: Intracellular subtilisin precursor from B. clausii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wv7

タイトル

Intracellular subtilisin precursor from B. clausii

要素

INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE

キーワード

HYDROLASE / INTRACELLULAR PROTEINASE REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

serine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS CLAUSII (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Vevodova, J. / Gamble, M. / Ariza, A. / Dodson, E. / Jones, D.D. / Wilson, K.S.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of an Intracellular Subtilisin Reveals Novel Structural Features Unique to This Subtilisin Family.
著者: Vevodova, J. / Gamble, M. / Kunze, G. / Ariza, A. / Dodson, E. / Jones, D.D. / Wilson, K.S.

履歴

登録	2009年10月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月27日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wv7.cif.gz	661.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wv7.ent.gz	550.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wv7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wv7_validation.pdf.gz	479.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wv7_full_validation.pdf.gz	518.1 KB	表示
XML形式データ	2wv7_validation.xml.gz	65.1 KB	表示
CIF形式データ	2wv7_validation.cif.gz	91.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/2wv7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/2wv7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wwtC 2x8jC 1yjcS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2wwt-2 2wwt-1 2x8j-3 2x8j-1 2x8j-2 2wwt-3 1uk7-1 3azw-1 3w2y-d 1uk9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (11) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (12)

登録構造単位

A: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE

B: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE

C: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE

D: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE

E: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE

F: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE

ヘテロ分子

210 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE

B: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
69.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE

D: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
69.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE

F: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
69.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.829, 119.829, 106.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	3 - 402
2	1	1	4	B	3 - 402
3	1	1	4	C	3 - 402
4	1	1	4	D	3 - 402
5	1	1	4	E	3 - 402
6	1	1	4	F	3 - 402

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.6384, 0.7692, -0.0278), (0.7697, 0.6383, -0.0101), (0.01, -0.0279, -0.9996)	7.3848, -2.949, 65.1895
2	given	(0.7311, 0.6822, -0.003), (0.6822, -0.731, 0.0136), (0.0071, -0.012, -0.9999)	57.2641, -41.6108, 31.1338
3	given	(0.013, 0.9996, -0.0251), (-0.9996, 0.0136, 0.0237), (0.0241, 0.0248, 0.9994)	60.677, -34.4581, -34.069
4	given	(0.7282, -0.6828, 0.0587), (0.6852, 0.7273, -0.0405), (-0.0151, 0.0697, 0.9975)	-68.9449, 33.2229, -4.0509
5	given	(-0.9944, 0.1021, -0.0263), (0.1024, 0.9947, -0.0093), (0.0252, -0.012, -0.9996)	-59.4228, 34.4761, 60.4674

#1: タンパク質	INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE 分子量: 34944.020 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS CLAUSII (バクテリア) 解説: ISOLATED FROM A NOVOZYMES STRAIN OF B. CLAUSII. STRAIN NUMBER AVAILABLE ON REQUEST. プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D0AB41, subtilisin
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: 0.1M BISTRIS PH 6.5, 0.1M NACL, 1.5M AMMONIUM SULFATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9762
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→46.6 Å / Num. obs: 62796 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2.45→2.58 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YJC

1yjc

解像度: 2.45→46.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.844 / SU B: 27.139 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.82 / ESU R Free: 0.328 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.274	3905	6.2 %	RANDOM
R_work	0.197	-	-	-
obs	0.202	58858	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.52 Å²	1.26 Å²	0 Å²
2-	-	2.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→46.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13168	0	5	321	13494

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	13418
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.646	1.954	18186
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.978	5	1766
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.944	24.746	552
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.752	15	2076
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.314	15	67
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	2105
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	10145
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.25	1.5	8787
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.435	2	13974
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.809	3	4631
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.245	4.5	4212
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2166 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	medium positional	0.34	0.5
2	B	medium positional	0.37	0.5
3	C	medium positional	0.32	0.5
4	D	medium positional	0.33	0.5
5	E	medium positional	0.37	0.5
6	F	medium positional	0.39	0.5
1	A	medium thermal	1.92	2
2	B	medium thermal	1.16	2
3	C	medium thermal	1.95	2
4	D	medium thermal	1.32	2
5	E	medium thermal	0.96	2
6	F	medium thermal	1.52	2

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.51 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	315	-
R_work	0.276	4335	-
obs	-	-	99.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6113	-0.5237	-0.605	1.6813	0.0642	1.4089	-0.0731	0.0346	-0.1342	-0.013	-0.0039	-0.0772	0.1546	0.1106	0.077	0.0206	0.0143	0.0102	0.0137	0.0075	0.1977	14.935	-20.289	28.497
2	2.4895	-0.3399	0.2906	1.6452	0.3813	2.3479	-0.0015	-0.1922	-0.0686	0.2221	-0.0805	0.213	0.2164	-0.4363	0.082	0.0616	-0.0259	0.0296	0.1146	-0.0208	0.246	-17.317	-5.982	38.007
3	1.5608	0.1813	-0.3836	1.8975	-0.0386	1.1943	0.015	-0.0625	0.0451	0.0967	0.0168	-0.0152	-0.0599	0.0467	-0.0318	0.0191	0.0218	0.0038	0.0506	0.0165	0.1877	54.993	-17.468	3.098
4	1.8849	0.2485	0.2923	2.6458	0.4413	1.4121	0.034	0.102	-0.2891	-0.081	-0.0312	0.1935	0.2369	-0.1407	-0.0028	0.1148	-0.0116	0.0206	0.101	-0.0092	0.2907	41.094	-49.887	-5.432
5	3.1847	0.3252	-0.2345	1.7098	0.1049	1.1058	-0.0056	0.1813	-0.0629	-0.0548	0.0114	-0.0526	-0.0023	0.1018	-0.0058	0.0662	0.0178	-0.0214	0.07	-0.0066	0.2649	-44.239	27.832	22.841
6	3.6191	0.6786	-0.377	1.6495	-0.224	1.4166	0.0246	-0.0182	-0.4098	0.064	-0.006	0.116	0.1455	-0.1899	-0.0186	0.0859	-0.0033	-0.0206	0.0973	-0.0008	0.3589	-77.578	16.113	32.572

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 402
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 402
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 402
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 402
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	3 - 402
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 402

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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