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- PDB-4v0m: Crystal structure of BBS1N in complex with ARL6DN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v0m
タイトルCrystal structure of BBS1N in complex with ARL6DN
要素
  • (ARF-LIKE SMALL GTPASE) x 2
  • BARDET-BIEDL SYNDROME 1 PROTEIN
キーワードHYDROLASE/STRUCTURAL PROTEIN / HYDROLASE-STRUCTURAL PROTEIN COMPLEX / BBSOME / GTP / COAT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


BBSome / protein localization to cilium / non-motile cilium assembly / axoneme / cilium assembly / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bardet-Biedl syndrome 1 protein / Bardet-Biedl syndrome 1, N-terminal / Ciliary BBSome complex subunit 1 / Small GTPase superfamily, ARF type / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily ...Bardet-Biedl syndrome 1 protein / Bardet-Biedl syndrome 1, N-terminal / Ciliary BBSome complex subunit 1 / Small GTPase superfamily, ARF type / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Bardet-biedl syndrome 1 protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Mourao, A. / Lorentzen, E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Membrane Targeting of the Bbsome by Arl6
著者: Mourao, A. / Nager, A.R. / Nachury, M.V. / Lorentzen, E.
履歴
登録2014年9月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月26日Group: Database references
改定 1.22014年12月17日Group: Database references
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARF-LIKE SMALL GTPASE
B: BARDET-BIEDL SYNDROME 1 PROTEIN
C: ARF-LIKE SMALL GTPASE
D: BARDET-BIEDL SYNDROME 1 PROTEIN
E: ARF-LIKE SMALL GTPASE
F: BARDET-BIEDL SYNDROME 1 PROTEIN
G: ARF-LIKE SMALL GTPASE
H: BARDET-BIEDL SYNDROME 1 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)262,88916
ポリマ－260,6998
非ポリマー2,1908
水00
1
E: ARF-LIKE SMALL GTPASE
F: BARDET-BIEDL SYNDROME 1 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7224
ポリマ－65,1752
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-6.7 kcal/mol
Surface area24570 Å2
手法PQS
2
A: ARF-LIKE SMALL GTPASE
B: BARDET-BIEDL SYNDROME 1 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7224
ポリマ－65,1752
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-9.1 kcal/mol
Surface area26100 Å2
手法PQS
3
C: ARF-LIKE SMALL GTPASE
D: BARDET-BIEDL SYNDROME 1 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7224
ポリマ－65,1752
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1470 Å2
ΔGint-5.9 kcal/mol
Surface area24810 Å2
手法PQS
4
G: ARF-LIKE SMALL GTPASE
H: BARDET-BIEDL SYNDROME 1 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7224
ポリマ－65,1752
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-6.1 kcal/mol
Surface area25470 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)124.785, 124.785, 441.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 ARF-LIKE SMALL GTPASE / ARL6


分子量: 18806.646 Da / 分子数: 3 / 断片: GTPASE, RESIDUES 16-180 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8JF99
#2: タンパク質
BARDET-BIEDL SYNDROME 1 PROTEIN / BBS1


分子量: 46368.062 Da / 分子数: 4 / 断片: WD40, RESIDUES 1-425 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8JEA1
#3: タンパク質 ARF-LIKE SMALL GTPASE / ARL6


分子量: 18806.646 Da / 分子数: 1 / 断片: GTPASE, RESIDUES 16-180 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8JF99
#4: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.39 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 29% PEG400, 0.1M TRIS PH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2MF / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→50 Å / Num. obs: 51878 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 129.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 3.45→3.55 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 3.45→87.128 Å / SU ML: 0.66 / σ(F): 1.87 / 位相誤差: 32.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2813 4847 5 %
Rwork0.2212 --
obs0.2242 51878 96.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.45→87.128 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14270 0 132 0 14402
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01114695
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6120107
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.615179
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0842396
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082553
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.45-3.48920.41591290.42822473X-RAY DIFFRACTION75
3.4892-3.53030.38861680.36613157X-RAY DIFFRACTION100
3.5303-3.57340.41791660.36093215X-RAY DIFFRACTION99
3.5734-3.61860.40771670.36533164X-RAY DIFFRACTION100
3.6186-3.66620.45251080.43492161X-RAY DIFFRACTION65
3.6662-3.71640.55261100.4942064X-RAY DIFFRACTION67
3.7164-3.76950.40451690.35373247X-RAY DIFFRACTION100
3.7695-3.82580.38091710.34593190X-RAY DIFFRACTION100
3.8258-3.88560.45181480.40552946X-RAY DIFFRACTION91
3.8856-3.94930.54491520.42052887X-RAY DIFFRACTION92
3.9493-4.01740.34481720.29913272X-RAY DIFFRACTION100
4.0174-4.09040.33951650.25643152X-RAY DIFFRACTION100
4.0904-4.16910.29861750.23983246X-RAY DIFFRACTION100
4.1691-4.25420.2691640.21723157X-RAY DIFFRACTION100
4.2542-4.34670.24931740.19753239X-RAY DIFFRACTION100
4.3467-4.44780.25131670.19343217X-RAY DIFFRACTION100
4.4478-4.5590.20981670.17163130X-RAY DIFFRACTION100
4.559-4.68230.2081710.16983206X-RAY DIFFRACTION100
4.6823-4.82010.26371770.18253233X-RAY DIFFRACTION100
4.8201-4.97560.241700.17443210X-RAY DIFFRACTION100
4.9756-5.15340.27411670.18283210X-RAY DIFFRACTION100
5.1534-5.35970.31671650.19413168X-RAY DIFFRACTION100
5.3597-5.60360.2931690.19793239X-RAY DIFFRACTION100
5.6036-5.8990.26351660.19913218X-RAY DIFFRACTION100
5.899-6.26850.25411660.18323193X-RAY DIFFRACTION100
6.2685-6.75230.24721590.17853220X-RAY DIFFRACTION100
6.7523-7.43150.25281680.18793200X-RAY DIFFRACTION100
7.4315-8.50610.29081620.18023214X-RAY DIFFRACTION100
8.5061-10.71370.19211670.16883200X-RAY DIFFRACTION100
10.7137-87.15610.26241680.22513186X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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