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- PDB-4v06: Crystal structure of human tryptophan hydroxylase 2 (TPH2), catal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v06
タイトルCrystal structure of human tryptophan hydroxylase 2 (TPH2), catalytic domain
要素TRYPTOPHAN 5-HYDROXYLASE 2
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan 5-monooxygenase / tryptophan 5-monooxygenase activity / Serotonin and melatonin biosynthesis / aromatic amino acid metabolic process / serotonin biosynthetic process / neuron projection / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tryptophan 5-monooxygenase / Tryptophan 5-hydroxylase, catalytic domain / Phenylalanine Hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase / Tyrosine 3-monooxygenase-like / Aromatic amino acid hydroxylase, iron/copper binding site / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylases signature. / Aromatic amino acid hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase, C-terminal / Aromatic amino acid monoxygenase, C-terminal domain superfamily ...Tryptophan 5-monooxygenase / Tryptophan 5-hydroxylase, catalytic domain / Phenylalanine Hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase / Tyrosine 3-monooxygenase-like / Aromatic amino acid hydroxylase, iron/copper binding site / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylases signature. / Aromatic amino acid hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase, C-terminal / Aromatic amino acid monoxygenase, C-terminal domain superfamily / Aromatic amino acid hydroxylase superfamily / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase family profile. / ACT domain profile. / ACT domain / ACT-like domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / IMIDAZOLE / Tryptophan 5-hydroxylase 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Kopec, J. / Oberholzer, A. / Fitzpatrick, F. / Newman, J. / Tallant, C. / Kiyani, W. / Shrestha, L. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. ...Kopec, J. / Oberholzer, A. / Fitzpatrick, F. / Newman, J. / Tallant, C. / Kiyani, W. / Shrestha, L. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bountra, C. / Yue, W.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Tryptophane Hydroxylase 2 (Tph2), Catalytic Domain
著者: Kopec, J. / Oberholzer, A. / Fitzpatrick, F. / Newman, J. / Tallant, C. / Shrestha, L. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bountra, C. / Yue, W.W.
履歴
登録2014年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRYPTOPHAN 5-HYDROXYLASE 2
B: TRYPTOPHAN 5-HYDROXYLASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7536
ポリマ－80,5032
非ポリマー2504
水2,000111
1
A: TRYPTOPHAN 5-HYDROXYLASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3773
ポリマ－40,2521
非ポリマー1252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TRYPTOPHAN 5-HYDROXYLASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3773
ポリマ－40,2521
非ポリマー1252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.960, 100.199, 89.009
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 TRYPTOPHAN 5-HYDROXYLASE 2 / NEURONAL TRYPTOPHAN HYDROXYLASE / TRYPTOPHAN 5-MONOOXYGENASE 2


分子量: 40251.742 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 148-490 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q8IWU9, tryptophan 5-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.20M SODIUM ACETATE; 0.1M BIS-TRIS- PROPANE PH 6.5; 20.0% PEG 3350; 10.0% ETHYLENE GLYCOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→44.5 Å / Num. obs: 26141 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 58.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.63→2.75 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 1.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PAH

2pah


解像度: 2.63→44.504 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2424 1301 5 %
Rwork0.1977 --
obs0.2001 26100 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.63→44.504 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5212 0 12 111 5335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025354
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5317292
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.8211849
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.02810
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002953
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6301-2.73530.33561410.29142703X-RAY DIFFRACTION100
2.7353-2.85980.34321550.26492692X-RAY DIFFRACTION100
2.8598-3.01060.30021560.23952712X-RAY DIFFRACTION100
3.0106-3.19910.2981130.23072762X-RAY DIFFRACTION100
3.1991-3.44610.30981170.22632752X-RAY DIFFRACTION100
3.4461-3.79270.22831420.19562723X-RAY DIFFRACTION100
3.7927-4.34110.21521160.16482819X-RAY DIFFRACTION100
4.3411-5.46770.20921420.17222783X-RAY DIFFRACTION100
5.4677-44.51070.21882190.18652853X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5038-0.5356-0.12340.2580.48260.2919-0.0519-0.110.0549-0.0015-0.0218-0.0842-0.0492-0.1761-0.00010.41040.04820.03220.3080.03460.4217-19.72929.7997-43.1616
20.2434-0.124-0.0580.1610.09140.4366-0.05940.05980.62780.10180.5547-0.7108-0.32690.83790.17960.3964-0.0328-0.00520.7113-0.25520.82053.004133.0733-40.3152
30.4905-0.0133-0.20960.58960.16890.8254-0.0792-0.1940.12590.45050.2063-0.10190.38670.16830.32420.41440.1225-0.00710.459-0.09520.3921-7.789921.6024-39.1259
40.30320.12330.04330.06850.00130.00730.2915-0.3758-0.86130.42730.1923-0.32420.47840.36880.02820.75440.2735-0.30020.6835-0.1950.6391-3.139811.3503-32.2382
50.3186-0.03490.18880.5151-0.08540.15930.1970.36340.0898-0.1412-0.01980.1596-0.0832-0.01530.11890.2758-0.03610.00010.22830.01310.1998-4.23916.8907-62.6839
60.0412-0.0324-0.02080.00970.0057-0.007-0.23650.31380.53380.4771-0.07790.539-0.00430.2194-0.00160.545-0.02150.04670.49550.25460.8515.854731.468-71.8408
70.2232-0.0386-0.26980.0446-0.03370.3223-0.25090.63820.8235-0.1245-0.15170.7473-0.889-1.0133-0.33241.34550.0911-0.41420.79780.44751.0115-14.563337.5279-83.6474
80.5543-0.32330.16420.396-0.20620.285-0.31850.32030.9301-0.47090.09220.0538-0.2222-0.3472-0.18130.5285-0.0292-0.17520.72670.41730.5637-13.137127.6625-78.1602
90.0130.09970.04020.2535-0.01740.0447-0.18620.66340.0858-0.4765-0.0087-0.1194-0.17970.039-0.07860.6194-0.10050.02820.82730.16240.33791.582518.0367-79.1124
100.02370.0023-0.01220.0004-0.01210.00240.37670.2929-0.4012-0.0922-0.32040.2829-0.24850.3353-0.00010.9941-0.1963-0.18371.32050.04350.6492-11.280112.7747-88.065
110.00950.00470.0447-0.0050.00440.06280.08370.1644-0.0101-0.2679-0.14210.06090.0183-0.0968-0.17930.84130.0017-0.45181.46750.5133-0.0627-14.05618.3-94.0834
120.00820.0091-0.00280.10120.05420.01970.03220.8004-0.5461-0.50740.3363-0.33710.32680.174900.81530.0356-0.03110.99830.08340.8911-1.798111.8097-87.1788
130.12780.04370.12890.09520.07180.0580.22970.1894-0.12510.0772-0.0932-0.2119-0.1864-0.141400.3804-0.0186-0.01240.3970.05970.50666.94616.4262-66.0285
140.00150.0385-0.02720.02830.0914-0.00310.3096-0.42660.32780.165-0.15590.1033-0.03690.01880.03570.3905-0.01430.02110.2430.01270.3952-6.04831.8534-55.426
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 142 THROUGH 213 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 214 THROUGH 270 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 271 THROUGH 383 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 384 THROUGH 437 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 438 THROUGH 490 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 150 THROUGH 171 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 172 THROUGH 234 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 235 THROUGH 329 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 330 THROUGH 359 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 360 THROUGH 375 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESID 376 THROUGH 396 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'B' AND (RESID 397 THROUGH 436 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'B' AND (RESID 437 THROUGH 459 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'B' AND (RESID 460 THROUGH 490 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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