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Yorodumi- PDB-3sj7: Structure of beta-ketoacetyl-CoA reductase (FabG) from Staphyloco... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3sj7 | ||||||
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Title | Structure of beta-ketoacetyl-CoA reductase (FabG) from Staphylococcus aureus complex with NADPH | ||||||
Components | 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / ketoreductase / Rossmann fold | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / : / : / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus subsp. aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Dutta, D. / Bhattacharyya, S. / Das, A.K. | ||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2012 Title: Crystal structure and fluorescence studies reveal the role of helical dimeric interface of staphylococcal fabg1 in positive cooperativity for NADPH. Authors: Dutta, D. / Bhattacharyya, S. / Das, A.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3sj7.cif.gz | 195.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3sj7.ent.gz | 157.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3sj7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3sj7_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3sj7_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 3sj7_validation.xml.gz | 22.3 KB | Display | |
Data in CIF | 3sj7_validation.cif.gz | 29.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/3sj7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/3sj7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26884.535 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus subsp. aureus (bacteria) Strain: NCTC 8325 / Gene: SAOUHSC_01199 / Plasmid: pQE30 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): M15 References: UniProt: Q2FZ53, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M sodium HEPES, pH 7.5, 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 40% v/v PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.54 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jun 6, 2011 / Details: mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: mirror / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.5→93.138 Å / Num. all: 18945 / Num. obs: 18945 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 11 % / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 27 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5→93.138 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 20.651 / SU ML: 0.222 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.535 / ESU R Free: 0.298 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 46.639 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→93.138 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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