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- PDB-1mxh: Crystal Structure of Substrate Complex of Putative Pteridine Redu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mxh
タイトルCrystal Structure of Substrate Complex of Putative Pteridine Reductase 2 (PTR2) from Trypanosoma cruzi
要素PTERIDINE REDUCTASE 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / SDR TOPOLOGY / PROTEIN-SUBSTRATE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Pteridine reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFOLIC ACID / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Putative pteridine reductase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Schormann, N. / Pal, B. / Senkovich, O. / Carson, M. / Howard, A. / Smith, C. / Delucas, L. / Chattopadhyay, D.
引用
ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of Trypanosoma cruzi pteridine reductase 2 in complex with a substrate and an inhibitor.
著者: Schormann, N. / Pal, B. / Senkovich, O. / Carson, M. / Howard, A. / Smith, C. / Delucas, L. / Chattopadhyay, D.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Expression, purification, crystallization and preliminary crystallographic analysis of recombinant pteridine reductase of Trypanosoma cruzi
著者: Schormann, N. / Pal, B. / Chattopadhyay, D.
履歴
登録2002年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600Heterogen Ligand coordinates were taken from PDB entry 1RF7. The coordinate file was missing a ...Heterogen Ligand coordinates were taken from PDB entry 1RF7. The coordinate file was missing a carboxylate group in the glutamate portion. No correction was made since the glutamate portion of ligand DHF shows no clear density in this structure.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PTERIDINE REDUCTASE 2
B: PTERIDINE REDUCTASE 2
C: PTERIDINE REDUCTASE 2
D: PTERIDINE REDUCTASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,47212
ポリマ－116,7254
非ポリマー4,7478
水8,233457
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23810 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area31610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.610, 74.610, 181.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
PTERIDINE REDUCTASE 2


分子量: 29181.277 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
株: Sylvio, X10 / 遺伝子: ptr2 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8I814
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-DHF / DIHYDROFOLIC ACID / 7,8-ジヒドロ葉酸


分子量: 443.413 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21N7O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.7 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.5
詳細: Sodium acetate, cacodylate buffer, pH 6.50, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Schormann, N., (2001) Acta Crystallogr.,Sect.D, 57, 1671.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMTris-HCl1reservoirpH8.0
21 mMmethotrexate1reservoir
31 mMNADPH1reservoir
420 mM1reservoirNaCl
55 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir
615 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9537
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月20日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→36 Å / Num. obs: 87817 / % possible obs: 79.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.025 / Net I/σ(I): 12.4
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 47858 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.059
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.44 Å / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 1.8 % / Num. unique obs: 7590 / Rmerge(I) obs: 0.182 / Mean I/σ(I) obs: 3.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
X-GENデータ削減
AMoRE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
X-GENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: INHIBITOR COMPLEX SOLVED BY MAD METHOD (PDBID 1MXF)

1mxf


解像度: 2.2→19.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 220622 / Data cutoff high rms absF: 220622 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 2799 5 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.205 55590 97.2 %-
all-55984 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.225 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å22.45 Å20 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3---0.72 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7380 0 308 457 8145
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.32
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.321.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.062
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.182
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.12.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 447 5.1 %
Rwork0.247 8326 -
obs--92 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1NAD.PARNAD.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DHF.PARDHF.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 50 Å / Rfactor Rfree: 0.252 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.33
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.87
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.44 Å / Rfactor Rfree: 0.288 / Rfactor Rwork: 0.246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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