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Yorodumi- PDB-5vqb: Crystal structure of rifampin monooxygenase from Streptomyces ven... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5vqb | ||||||
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Title | Crystal structure of rifampin monooxygenase from Streptomyces venezuelae, complex with FAD | ||||||
Components | Rifampin monooxygenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / rifampin / rifamycin / antibiotic resistance / monooxygenase / FAD / flavin adenine dinucleotide / structural genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptomyces venezuelae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.391 Å | ||||||
Authors | Cox, G. / Kelso, J. / Stogios, P.J. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Wright, G.D. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Cell Chem Biol / Year: 2018 Title: Rox, a Rifamycin Resistance Enzyme with an Unprecedented Mechanism of Action. Authors: Koteva, K. / Cox, G. / Kelso, J.K. / Surette, M.D. / Zubyk, H.L. / Ejim, L. / Stogios, P. / Savchenko, A. / Sorensen, D. / Wright, G.D. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5vqb.cif.gz | 553.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5vqb.ent.gz | 458.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5vqb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5vqb_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5vqb_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 5vqb_validation.xml.gz | 50.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5vqb_validation.cif.gz | 67.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/5vqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/5vqb | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6brdC 5kowS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 52470.309 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces venezuelae (strain ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745) (bacteria) Strain: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745 Gene: SVEN_0481 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: F2R776 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.03 Å3/Da / Density % sol: 59.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 / Details: 0.1 M MES pH 6, 0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG 5K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Apr 10, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.391→48.92 Å / Num. obs: 25915 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 3.7 % / Rpim(I) all: 0.173 / Rsym value: 0.288 / Net I/σ(I): 5.7 |
Reflection shell | Resolution: 3.4→3.46 Å / Redundancy: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.68 / Num. unique obs: 1305 / CC1/2: 0.457 / Rpim(I) all: 0.565 / Rsym value: 0.928 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5KOW Resolution: 3.391→48.92 Å / SU ML: 0.45 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.25 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.391→48.92 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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