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- PDB-4un4: Crystal structure of Cas9 bound to PAM-containing DNA target with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4un4
タイトルCrystal structure of Cas9 bound to PAM-containing DNA target with mismatches at positions 1-2
要素
  • (TARGET DNA STRAND ...) x 2
  • CRISPR-ASSOCIATED ENDONUCLEASE CAS9/CSN1
  • NON-TARGET DNA STRAND
  • SGRNA
キーワードHYDROLASE/DNA/RNA / HYDROLASE-DNA-RNA COMPLEX / GENOME EDITING / RNP / PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated endonuclease Cas9, PAM-interacting domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9, bridge helix / CRISPR-associated endonuclease Cas9, REC lobe / REC lobe of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Bridge helix of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / PAM-interacting domain of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / : / Cas9 RuvC domain / HNH endonuclease / CRISPR-associated endonuclease Cas9 ...CRISPR-associated endonuclease Cas9, PAM-interacting domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9, bridge helix / CRISPR-associated endonuclease Cas9, REC lobe / REC lobe of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Bridge helix of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / PAM-interacting domain of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / : / Cas9 RuvC domain / HNH endonuclease / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. / HNH nuclease / Ribonuclease H superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.371 Å
データ登録者Anders, C. / Niewoehner, O. / Duerst, A. / Jinek, M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structural Basis of Pam-Dependent Target DNA Recognition by the Cas9 Endonuclease
著者: Anders, C. / Niewoehner, O. / Duerst, A. / Jinek, M.
履歴
登録2014年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SGRNA
B: CRISPR-ASSOCIATED ENDONUCLEASE CAS9/CSN1
C: TARGET DNA STRAND PROXIMAL FRAGMENT
D: NON-TARGET DNA STRAND
E: TARGET DNA STRAND DISTAL FRAGMENT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,77913
ポリマ－197,5855
非ポリマー1948
水12,376687
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19930 Å2
ΔGint-230.1 kcal/mol
Surface area74620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.780, 66.816, 186.834
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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TARGET DNA STRAND ... , 2種, 2分子 CE

#3: DNA鎖 TARGET DNA STRAND PROXIMAL FRAGMENT


分子量: 3286.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#5: DNA鎖 TARGET DNA STRAND DISTAL FRAGMENT


分子量: 5215.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
RNA鎖 / タンパク質 / DNA鎖 , 3種, 3分子 ABD

#1: RNA鎖 SGRNA


分子量: 26788.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#2: タンパク質 CRISPR-ASSOCIATED ENDONUCLEASE CAS9/CSN1


分子量: 158875.031 Da / 分子数: 1 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
株: M1 / プラスミド: PEC-K-MBP / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 2
参照: UniProt: Q99ZW2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#4: DNA鎖 NON-TARGET DNA STRAND


分子量: 3419.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

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非ポリマー , 2種, 695分子

#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 687 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細N-TERMINAL GAAS SEQUENCE IS DERIVED FROM EXPRESSION PLASMID. H840A MUTATION WAS INTRODUCED TO ...N-TERMINAL GAAS SEQUENCE IS DERIVED FROM EXPRESSION PLASMID. H840A MUTATION WAS INTRODUCED TO INACTIVATE THE HNH DOMAIN. D10A MUTATION WAS INTRODUCED TO INACTIVATE THE RUVC DOMAIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 0.1 M TRIS-ACETATE, PH 8.5, 0.3 M KSCN, 15% (W/V) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→47.49 Å / Num. obs: 160249 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.37→2.46 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4UN3

4un3


解像度: 2.371→47.493 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.3 / 位相誤差: 27.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2481 8029 5 %
Rwork0.2169 --
obs0.2185 160249 98.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.371→47.493 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10716 2503 8 687 13914
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01313721
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69419015
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8845549
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452169
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021994
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3709-2.39790.40681880.34193607X-RAY DIFFRACTION70
2.3979-2.42610.34812640.30965039X-RAY DIFFRACTION99
2.4261-2.45570.35322680.3125039X-RAY DIFFRACTION99
2.4557-2.48680.34522740.3095152X-RAY DIFFRACTION99
2.4868-2.51950.34222680.30565083X-RAY DIFFRACTION99
2.5195-2.5540.33212720.31195140X-RAY DIFFRACTION100
2.554-2.59050.36242820.31025070X-RAY DIFFRACTION100
2.5905-2.62910.36652750.29355180X-RAY DIFFRACTION100
2.6291-2.67020.31172650.28195120X-RAY DIFFRACTION100
2.6702-2.7140.34322690.28725156X-RAY DIFFRACTION100
2.714-2.76080.36382360.28625084X-RAY DIFFRACTION100
2.7608-2.8110.31272810.26685164X-RAY DIFFRACTION100
2.811-2.8650.30963020.27445126X-RAY DIFFRACTION100
2.865-2.92350.31562610.26995169X-RAY DIFFRACTION100
2.9235-2.98710.30752720.26815074X-RAY DIFFRACTION100
2.9871-3.05660.27172700.26025234X-RAY DIFFRACTION100
3.0566-3.1330.31522840.26045016X-RAY DIFFRACTION100
3.133-3.21770.30782450.24175151X-RAY DIFFRACTION100
3.2177-3.31230.25442950.23045171X-RAY DIFFRACTION100
3.3123-3.41920.25632550.22225139X-RAY DIFFRACTION100
3.4192-3.54140.24592790.21265156X-RAY DIFFRACTION100
3.5414-3.68310.22462660.19325106X-RAY DIFFRACTION100
3.6831-3.85070.19152670.18945137X-RAY DIFFRACTION100
3.8507-4.05360.20222830.18075118X-RAY DIFFRACTION100
4.0536-4.30740.17892670.17295156X-RAY DIFFRACTION100
4.3074-4.63970.19732640.16915108X-RAY DIFFRACTION100
4.6397-5.10610.20492740.16295143X-RAY DIFFRACTION100
5.1061-5.84390.23372650.17585120X-RAY DIFFRACTION100
5.8439-7.35820.20812720.1915150X-RAY DIFFRACTION100
7.3582-47.50260.17962660.16725112X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0211-0.00110.04760.0325-0.02890.11630.02250.09120.03670.0052-0.01010.00260.03310.08640.0977-0.0217-0.07520.00560.14910.00420.056218.292256.9954378.7395
20.02250.017-0.00010.019-0.01260.0122-0.06450.0223-0.01120.0395-0.00970.028-0.05450.000100.25330.01840.02650.2468-0.00970.1174245.51848.4515411.7959
30.1256-0.07730.03180.0707-0.07950.30090.0232-0.02960.02370.04790.0066-0.013-0.04390.14130.07730.0507-0.0149-0.02460.0574-0.00560.1145227.478361.6085408.1712
40.0544-0.00450.03030.08180.06540.1152-0.0089-0.0803-0.03270.1180.0519-0.01770.11920.03510.05620.114-0.03890.01820.04290.01330.1061200.79239.974411.6218
50.14990.0563-0.02380.14060.07290.0473-0.05520.1056-0.04220.08230.03110.05960.2327-0.08050.10230.1138-0.22050.04530.0508-0.01890.1055190.974636.2348381.8885
60.06790.0008-0.00760.0056-0.00420.05350.06220.01930.03880.016-0.00870.00570.0690.03330.02230.1328-0.00150.01960.1487-0.04330.0908222.749552.4379390.0209
70.001-0.0016-0.00060.00220.00110.00080.01450.00660.0148-0.00330.01170.00120.00070.000900.66660.0578-0.040.6156-0.11650.4669240.533430.5952349.8992
80.04130.0083-0.03790.0260.0410.15160.02710.03610.0613-0.05120.09030.02950.06270.07660.02130.1409-0.012-0.01780.16930.01940.1778218.484859.3358377.2643
90.00260.00030.00140.00090.00090.00070.0219-0.0069-0.02930.00610.01410.0103-0.00380.004600.4086-0.0224-0.00840.36710.10390.5036182.304466.4652378.1507
100.00290.00180.00010.0012-0.00070.00050.0176-0.00810.01340.00040.0158-0.0037-0.01550.0072-00.4931-0.0180.02480.45410.03760.4681176.957762.3073386.0416
110.0039-0.0022-0.00240.00270.00010.0021-0.03060.01490.0110.0059-0.0134-0.04650.0232-0.025-00.2933-0.0109-0.02640.2632-0.04830.2896210.455634.6143374.5199
120.00280.0016-0.00190.0051-0.00260.00210.00760.0233-0.03380.0050.03290.00190.0080.00670.00050.2818-0.04640.0120.221-0.13180.2881207.195935.0919371.6181
130.0015-0.0021-0.00110.0064-0.00020.00070.0108-0.0179-0.010.0022-0.01820.03440.03810.0079-00.2308-0.04770.040.2289-0.0070.2184215.635357.3055405.0316
1400.00030.00060.00310.00060.0001-0.0079-0.00440.0318-0.0253-0.00760.01130.0411-0.002400.2379-0.04120.03930.23240.07490.2339204.249153.659427.4364
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN B AND (RESID 4 THROUGH 163 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND (RESID 164 THROUGH 283 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND (RESID 284 THROUGH 711 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 712 THROUGH 1040 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 1041 THROUGH 1364 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 0 THROUGH 32 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 33 THROUGH 40 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESID 41 THROUGH 68 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESID 69 THROUGH 76 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN A AND (RESID 77 THROUGH 81 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN C AND (RESID 1 THROUGH 11 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN D AND (RESID 3 THROUGH 12 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN E AND (RESID 12 THROUGH 21 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN E AND (RESID 22 THROUGH 28 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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