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- PDB-4u7d: Structure of human RECQ-like helicase in complex with an oligonuc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u7d
タイトルStructure of human RECQ-like helicase in complex with an oligonucleotide
要素
  • ATP-dependent DNA helicase Q1
  • DNA oligonucleotide
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX / NUCLEAR PROTEIN / HYDROLASE / DNA STRAND ANNEALING / DNA BINDING PROTEIN / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA helicase activity / DNA/DNA annealing activity / four-way junction helicase activity / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity / DNA unwinding involved in DNA replication / replication fork processing / DNA helicase activity / isomerase activity / double-strand break repair via homologous recombination ...double-stranded DNA helicase activity / DNA/DNA annealing activity / four-way junction helicase activity / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity / DNA unwinding involved in DNA replication / replication fork processing / DNA helicase activity / isomerase activity / double-strand break repair via homologous recombination / chromosome / DNA repair / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RQC domain / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. ...RQC domain / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / ATP-dependent DNA helicase Q1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Pike, A.C.W. / Zhang, Y. / Schnecke, C. / Cooper, C.D.O. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust092809/Z/10/Z 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Human RECQ1 helicase-driven DNA unwinding, annealing, and branch migration: Insights from DNA complex structures.
著者: Pike, A.C. / Gomathinayagam, S. / Swuec, P. / Berti, M. / Zhang, Y. / Schnecke, C. / Marino, F. / von Delft, F. / Renault, L. / Costa, A. / Gileadi, O. / Vindigni, A.
履歴
登録2014年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Database references
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent DNA helicase Q1
B: ATP-dependent DNA helicase Q1
C: ATP-dependent DNA helicase Q1
D: ATP-dependent DNA helicase Q1
P: DNA oligonucleotide
Q: DNA oligonucleotide
R: DNA oligonucleotide
S: DNA oligonucleotide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,06912
ポリマ－293,8078
非ポリマー2624
水00
1
A: ATP-dependent DNA helicase Q1
B: ATP-dependent DNA helicase Q1
P: DNA oligonucleotide
Q: DNA oligonucleotide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,0356
ポリマ－146,9044
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-36.5 kcal/mol
Surface area51800 Å2
手法PISA
2
D: ATP-dependent DNA helicase Q1
R: DNA oligonucleotide
S: DNA oligonucleotide
ヘテロ分子

C: ATP-dependent DNA helicase Q1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,0356
ポリマ－146,9044
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
Buried area4150 Å2
ΔGint-36.5 kcal/mol
Surface area51800 Å2
手法PISA
3
C: ATP-dependent DNA helicase Q1
ヘテロ分子

D: ATP-dependent DNA helicase Q1
R: DNA oligonucleotide
S: DNA oligonucleotide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,0356
ポリマ－146,9044
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
Buried area4150 Å2
ΔGint-36.5 kcal/mol
Surface area51800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.380, 138.220, 207.581
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
ATP-dependent DNA helicase Q1 / DNA helicase / RecQ-like type 1 / RecQ1 / DNA-dependent ATPase Q1 / RecQ protein-like 1


分子量: 67414.961 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 49-616 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RECQL, RECQ1, RECQL1 / プラスミド: PNIC-CTHF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: P46063, DNA helicase
#2: DNA鎖
DNA oligonucleotide


分子量: 6036.890 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.35 % / 解説: Rod
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.18M potassium citrate, 17% (w/v) PEG3350, 5% (v/v) ethylene glycol, 0.1M bis-tris propane pH6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→83 Å / Num. obs: 40962 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 3.4→3.58 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1682)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V1X

2v1x


解像度: 3.4→39.9 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 42.82 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2486 1951 4.77 %Random but taking into account pseudosymmetry
Rwork0.2051 ---
obs0.2138 40919 94.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→39.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16240 980 4 0 17224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00717671
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1424120
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4646449
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0482767
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052906
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4004-3.49210.2521470.27292992X-RAY DIFFRACTION90
3.4921-3.59450.27711490.26593038X-RAY DIFFRACTION93
3.5945-3.71020.26831400.25553026X-RAY DIFFRACTION91
3.7102-3.84230.28861520.25663040X-RAY DIFFRACTION93
3.8423-3.99560.32751430.24722982X-RAY DIFFRACTION90
3.9956-4.17660.2821490.23173013X-RAY DIFFRACTION92
4.1766-4.39570.25991390.21252969X-RAY DIFFRACTION91
4.3957-4.66940.21991410.19833013X-RAY DIFFRACTION90
4.6694-5.02720.2421410.19562972X-RAY DIFFRACTION90
5.0272-5.52820.21461450.1932989X-RAY DIFFRACTION90
5.5282-6.31680.25751440.21382956X-RAY DIFFRACTION90
6.3168-7.9160.22511460.19392941X-RAY DIFFRACTION88
7.916-24.95250.23811480.15763016X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2032-0.52240.7562.7344-0.52265.6714-0.227-0.62490.25920.96940.0717-0.1044-1.63710.4407-0.0131.7247-0.485-0.0820.90720.09530.8091Chain A RecA1 domain28.00092.107372.1414
23.1712-0.99232.69253.21620.36856.16440.0401-0.01920.08770.2313-0.21790.141-0.2474-0.0834-0.00850.69660.28260.05340.5818-0.15240.7875Chain B RecA1 domain4.63495.1013-34.657
33.96720.2827-0.52142.5748-2.40196.17760.45120.1721-0.0526-0.3701-0.38760.07121.17930.0534-0.00080.8841-0.02870.12360.57110.06680.897Chain C RecA1 domain33.679931.322929.9014
42.0827-0.4405-0.33942.83250.5835.80210.321-0.27190.03520.8291-0.25080.13141.0247-0.46760.01960.8061-0.48540.00880.8170.19520.7645Chain D RecA1 domain9.7213-40.103667.4081
50.00090.0947-0.29792.628-0.21871.29430.25140.081-0.4091-0.47280.0714-0.15661.4906-0.36260.00181.050.01670.05571.1060.0631.0778Chain PQ duplex15.6055-33.232318.2508
60.1479-0.01430.4934-0.03650.03171.3673-1.32330.03160.4121-0.4018-0.4010.33311.2145-0.4749-0.17271.31760.0096-0.35141.7375-0.1031.5556Chain RS duplex42.5164-11.125126.436
74.50291.85111.23922.40220.85764.27860.05380.11450.32960.0293-0.08610.0862-0.49160.2761-0.02580.4101-0.2246-0.00970.39830.09620.6166Chain A RecA2-Cterminus14.4311-12.289639.7224
83.6001-1.66441.1813.5552-2.04656.3007-0.2549-0.37480.38130.27960.2021-0.0382-0.6109-0.49820.00870.42460.00590.05290.6453-0.07580.6576Chain B RecA2-Cterminus17.0667-10.3221-1.8817
93.24720.7331.2885.3560.87065.78640.2374-0.6042-0.1450.6678-0.2202-0.11360.45350.48260.00061.153-0.48610.12010.80430.11490.635Chain C RecA2-Cterminus42.863247.598763.1974
102.640.95260.73943.71471.48833.96310.0894-0.9556-0.32180.5905-0.0229-0.07320.5769-0.3858-01.5526-0.42780.03541.56430.17850.7365Chain D RecA2-Cterminus19.9014-24.277100.6505
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allchain 'D' and (resseq 283:592)D283 - 592
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resseq 63:282)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resseq 63:282)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resseq 63:282)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'P' or chain 'Q'
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'R' or chain 'S'
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 283:592)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 283:592)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resseq 283:592)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resseq 283:592)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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