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万見
- PDB-5low: Structure of the Ca2+-bound Rabphilin 3A C2B domain SNAP25 comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5low
タイトルStructure of the Ca2+-bound Rabphilin 3A C2B domain SNAP25 complex (P21 space group)
要素
  • (Synaptosomal-associated protein ...) x 2
  • Rabphilin-3A
キーワードEXOCYTOSIS / membrane fusion / calcium / C2 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


selenium binding / BLOC-1 complex / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / Other interleukin signaling / presynaptic dense core vesicle exocytosis / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / spontaneous neurotransmitter secretion ...selenium binding / BLOC-1 complex / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / Other interleukin signaling / presynaptic dense core vesicle exocytosis / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / spontaneous neurotransmitter secretion / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / extrinsic component of presynaptic membrane / regulation of establishment of protein localization / ribbon synapse / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / cholinergic synapse / SNAP receptor activity / SNARE complex / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / positive regulation of hormone secretion / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / neurotransmitter secretion / calcium-dependent phospholipid binding / dendritic spine organization / regulation of NMDA receptor activity / syntaxin-1 binding / extrinsic component of membrane / endosomal transport / Neutrophil degranulation / SNARE complex assembly / synaptic vesicle priming / regulation of synapse assembly / myosin binding / regulation of neuron projection development / phosphate ion binding / exocytosis / associative learning / synaptic vesicle exocytosis / voltage-gated potassium channel activity / long-term memory / axonal growth cone / somatodendritic compartment / voltage-gated potassium channel complex / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / photoreceptor inner segment / axonogenesis / SNARE binding / secretory granule / filopodium / locomotory behavior / intracellular protein transport / trans-Golgi network / terminal bouton / neuromuscular junction / positive regulation of insulin secretion / phospholipid binding / small GTPase binding / long-term synaptic potentiation / synaptic vesicle membrane / neuron differentiation / calcium-dependent protein binding / synaptic vesicle / lamellipodium / actin cytoskeleton / presynaptic membrane / growth cone / cell cortex / vesicle / dendritic spine / transmembrane transporter binding / postsynaptic membrane / cytoskeleton / neuron projection / endosome / protein domain specific binding / axon / neuronal cell body / synapse / lipid binding / calcium ion binding / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / protein-containing complex / zinc ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rabphilin-3A / Rabphilin/DOC2/Noc2 / : / FYVE-type zinc finger / FYVE-type zinc finger / Rab-binding domain / Rab-binding domain profile. / Synaptosomal-associated protein 25 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #110 / SNAP-25 domain ...Rabphilin-3A / Rabphilin/DOC2/Noc2 / : / FYVE-type zinc finger / FYVE-type zinc finger / Rab-binding domain / Rab-binding domain profile. / Synaptosomal-associated protein 25 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #110 / SNAP-25 domain / SNAP-25 family / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Synaptotagmin / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Rabphilin-3A / Synaptosomal-associated protein 25
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Verdaguer, N. / Ferrer-Orta, C.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural characterization of the Rabphilin-3A-SNAP25 interaction.
著者: Ferrer-Orta, C. / Perez-Sanchez, M.D. / Coronado-Parra, T. / Silva, C. / Lopez-Martinez, D. / Baltanas-Copado, J. / Gomez-Fernandez, J.C. / Corbalan-Garcia, S. / Verdaguer, N.
履歴
登録2016年8月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rabphilin-3A
B: Rabphilin-3A
C: Rabphilin-3A
D: Synaptosomal-associated protein 25
E: Synaptosomal-associated protein 25
F: Synaptosomal-associated protein 25
G: Synaptosomal-associated protein 25
H: Rabphilin-3A
I: Rabphilin-3A
J: Rabphilin-3A
K: Synaptosomal-associated protein 25
L: Synaptosomal-associated protein 25
M: Synaptosomal-associated protein 25
N: Synaptosomal-associated protein 25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,85933
ポリマ－191,73314
非ポリマー1,12619
水1,69394
1
A: Rabphilin-3A
B: Rabphilin-3A
C: Rabphilin-3A
D: Synaptosomal-associated protein 25
E: Synaptosomal-associated protein 25
F: Synaptosomal-associated protein 25
G: Synaptosomal-associated protein 25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,38316
ポリマ－95,8677
非ポリマー5179
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: Rabphilin-3A
I: Rabphilin-3A
J: Rabphilin-3A
K: Synaptosomal-associated protein 25
L: Synaptosomal-associated protein 25
M: Synaptosomal-associated protein 25
N: Synaptosomal-associated protein 25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,47517
ポリマ－95,8677
非ポリマー60910
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.080, 239.496, 71.487
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCHIJ

#1: タンパク質
Rabphilin-3A / Exophilin-1


分子量: 18579.307 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Rph3a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P47709

-
Synaptosomal-associated protein ... , 2種, 8分子 DFKMEGLN

#2: タンパク質
Synaptosomal-associated protein 25 / SNAP-25 / Super protein / SUP / Synaptosomal-associated 25 kDa protein


分子量: 10841.079 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Snap25, Snap / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P60881
#3: タンパク質
Synaptosomal-associated protein 25 / SNAP-25 / Super protein / SUP / Synaptosomal-associated 25 kDa protein


分子量: 9223.266 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Snap25, Snap / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P60881

-
非ポリマー , 3種, 113分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG3350 0.35 M Ammonium sulfate 0.1 M Tris (pH 8.5) al's oil

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.537
11-H, -K, H+L20.463
反射解像度: 2.8→47.9 Å / Num. obs: 43944 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.173 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.4 % / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LOB

5lob


解像度: 2.8→45.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.873 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.851 / SU B: 8.482 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26857 2212 5 %RANDOM
Rwork0.23793 ---
obs0.23944 41690 98.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.32 Å20 Å2-0.66 Å2
2--0.46 Å2-0 Å2
3----6.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11138 0 54 94 11286
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01911341
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210987
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9221.95715150
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.798325352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2751362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.1525.4600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.223152293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.5361574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.21597
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0212779
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022537
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4984.6625486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4984.6625485
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9036.9886835
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.9036.9886836
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.2874.6875855
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.2874.6875855
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.547.028316
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.14635.03412133
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.14635.03412133
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.804→2.876 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 166 -
Rwork0.293 2927 -
obs--92.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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