[日本語] English
万見
- PDB-2wwy: Structure of human RECQ-like helicase in complex with a DNA substrate -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wwy
タイトルStructure of human RECQ-like helicase in complex with a DNA substrate
要素
  • 5'-D(*DA DG DC DG DT DC DG DA DG DA DT DC DCP)-3'
  • ATP-DEPENDENT DNA HELICASE Q1
  • DNA OLIGO (27BP)
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX / NUCLEAR PROTEIN / HYDROLASE / DNA STRAND ANNEALING / DNA-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA/DNA annealing activity / 3'-5' DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase / replication fork processing / DNA helicase activity / isomerase activity / double-strand break repair via homologous recombination / chromosome / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity ...DNA/DNA annealing activity / 3'-5' DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase / replication fork processing / DNA helicase activity / isomerase activity / double-strand break repair via homologous recombination / chromosome / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / DNA replication / DNA repair / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RQC domain / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. ...RQC domain / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / ATP-dependent DNA helicase Q1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Pike, A.C.W. / Zhang, Y. / Schnecke, C. / Chaikuad, A. / Krojer, T. / Cooper, C.D.O. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. ...Pike, A.C.W. / Zhang, Y. / Schnecke, C. / Chaikuad, A. / Krojer, T. / Cooper, C.D.O. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Recq1 Helicase-Driven DNA Unwinding, Annealing, and Branch Migration: Insights from DNA Complex Structures
著者: Pike, A.C.W. / Zhang, Y. / Schnecke, C. / Chaikuad, A. / Krojer, T. / Cooper, C.D.O. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structure of the Human Recq1 Helicase Reveals a Putative Strand-Separation Pin.
著者: Pike, A.C.W. / Shrestha, B. / Popuri, V. / Burgess-Brown, N. / Muzzolini, L. / Costantini, S. / Vindigni, A. / Gileadi, O.
履歴
登録2009年10月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Database references / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 1.32015年4月22日Group: Database references
改定 1.42015年9月16日Group: Derived calculations / Source and taxonomy
改定 1.52018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.62023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ATP-DEPENDENT DNA HELICASE Q1
B: ATP-DEPENDENT DNA HELICASE Q1
O: DNA OLIGO (27BP)
P: 5'-D(*DA DG DC DG DT DC DG DA DG DA DT DC DCP)-3'
Q: DNA OLIGO (27BP)
R: DNA OLIGO (27BP)
S: 5'-D(*DA DG DC DG DT DC DG DA DG DA DT DC DCP)-3'
T: DNA OLIGO (27BP)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,20316
ポリマ－175,5648
非ポリマー6398
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9640 Å2
ΔGint-104.25 kcal/mol
Surface area60680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.333, 174.218, 100.229
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESID 76:92 OR RESID 94: 149 OR...
211CHAIN B AND (RESID 76:92 OR RESID 94: 149 OR...
112CHAIN A AND (RESID 65:75 OR RESID 150: 199 OR...
212CHAIN B AND (RESID 65:75 OR RESID 150: 199 OR...

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.57491, 0.81412, 0.0818), (0.81396, -0.57924, 0.04427), (0.08342, 0.04113, -0.99566)
ベクター: -0.77837, -4.74743, 59.55817)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ATP-DEPENDENT DNA HELICASE Q1 / RECQ LIKE DNA HELICASE / DNA-DEPENDENT ATPASE Q1


分子量: 67384.938 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 49-616 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2
参照: UniProt: P46063, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用

-
DNA鎖 , 2種, 6分子 OQRTPS

#2: DNA鎖
DNA OLIGO (27BP)


分子量: 8210.268 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖 5'-D(*DA DG DC DG DT DC DG DA DG DA DT DC DCP)-3'


分子量: 3976.599 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 92分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.2M SOUDIUM SULPHATE, 20% PEG3350, 10% ETHYLENE GLYCOL, PH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9793
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→49.5 Å / Num. obs: 44075 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 75.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V1X

2v1x


解像度: 2.9→43.38 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 26.19 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: A SINGLE BFACTOR GROUP REFINED PER RESIDUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 2217 5.04 %
Rwork0.198 --
obs0.2 44020 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.21 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2551 Å20 Å2-3.5775 Å2
2--15.9334 Å20 Å2
3----14.6783 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→43.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8235 1378 30 84 9727
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0119971
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.44113761
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.293696
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091559
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041519
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2695X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2695X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.049
21A1211X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B1211X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.512
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9004-2.96340.34471360.30992473X-RAY DIFFRACTION95
2.9634-3.03240.34071300.29742640X-RAY DIFFRACTION100
3.0324-3.10820.31021530.282563X-RAY DIFFRACTION100
3.1082-3.19220.34971230.2682636X-RAY DIFFRACTION100
3.1922-3.28610.28811120.26242652X-RAY DIFFRACTION100
3.2861-3.39210.28331370.24752622X-RAY DIFFRACTION100
3.3921-3.51330.30841110.22922630X-RAY DIFFRACTION100
3.5133-3.65390.24891280.21472650X-RAY DIFFRACTION100
3.6539-3.82010.23091500.19852585X-RAY DIFFRACTION100
3.8201-4.02140.25031450.19532620X-RAY DIFFRACTION100
4.0214-4.27310.20651620.17342600X-RAY DIFFRACTION100
4.2731-4.60270.19921580.15152594X-RAY DIFFRACTION100
4.6027-5.06530.17031440.14372618X-RAY DIFFRACTION100
5.0653-5.79670.21191450.14972628X-RAY DIFFRACTION100
5.7967-7.29760.21831370.17442651X-RAY DIFFRACTION100
7.2976-43.38930.1841460.15462641X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.90970.01451.09172.0055-1.3445.0266-0.203-0.1266-0.06470.48850.2430.1095-1.2663-0.6345-0.00020.99810.27870.08650.5285-0.03530.48194.572726.35139.1777
22.8598-0.88850.30722.0552-0.03912.4986-0.0979-0.19490.05920.09940.1242-0.0158-0.31560.0484-0.00010.0845-0.03250.00570.11080.03590.180420.4451-3.025661.0951
32.19570.5061-0.70991.9234-2.09026.64010.12860.1406-0.0519-0.2874-0.0885-0.03480.83950.0286-0.00010.53020.00960.00390.4433-0.12440.381426.5787-14.333721.4342
41.0601-0.34480.18623.59550.63383.0714-0.1846-0.0413-0.056-0.16610.00260.0772-0.28340.021100.47040.04660.00170.5341-0.02070.407813.236516.61010.2624
52.4660.1177-0.5832.75561.69691.60830.5148-0.6482-1.05940.18580.22610.90481.0285-0.05270.00120.7227-0.1036-0.12280.74290.32680.848917.7676-30.634263.5213
62.74510.7769-1.05392.31341.7012.22590.07130.9142-0.2622-0.43750.51022.1596-1.0197-0.2879-0.00031.14710.0533-0.34611.48790.15391.033-10.172528.3556-1.5357
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 63:280)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 281:592)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND (RESID 64:285)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 286:593)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN O OR CHAIN P OR CHAIN Q
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN R OR CHAIN S OR CHAIN T

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る