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万見
- PDB-1rp3: Cocrystal structure of the flagellar sigma/anti-sigma complex, Si... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rp3
タイトルCocrystal structure of the flagellar sigma/anti-sigma complex, Sigma-28/FlgM
要素
  • RNA polymerase sigma factor SIGMA-28 (FliA)
  • anti sigma factor FlgM
キーワードTRANSCRIPTION / SIGMA FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


antisigma factor binding / sigma factor antagonist activity / sigma factor antagonist complex / sigma factor activity / transcription coregulator binding / DNA-templated transcription initiation / DNA-directed RNA polymerase activity / disordered domain specific binding / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #150 / Anti-sigma-28 factor FlgM / Anti-sigma-28 factor FlgM, C-terminal / Anti-sigma-28 factor FlgM superfamily / Anti-sigma-28 factor, FlgM / RNA polymerase sigma factor, FliA/WhiG / PhyR, sigma-like (SL) domain / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 ...Helix Hairpins - #150 / Anti-sigma-28 factor FlgM / Anti-sigma-28 factor FlgM, C-terminal / Anti-sigma-28 factor FlgM superfamily / Anti-sigma-28 factor, FlgM / RNA polymerase sigma factor, FliA/WhiG / PhyR, sigma-like (SL) domain / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Helix Hairpins / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Helix non-globular / Special / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Anti sigma factor FlgM / RNA polymerase sigma factor FliA
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Sorenson, M.K. / Ray, S.S. / Darst, S.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of the Flagellar Sigma/Anti-Sigma Complex Sigma(28)/FlgM Reveals an Intact Sigma Factor in an Inactive Conformation
著者: Sorenson, M.K. / Ray, S.S. / Darst, S.A.
履歴
登録2003年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase sigma factor SIGMA-28 (FliA)
B: anti sigma factor FlgM
C: RNA polymerase sigma factor SIGMA-28 (FliA)
D: anti sigma factor FlgM
E: RNA polymerase sigma factor SIGMA-28 (FliA)
F: anti sigma factor FlgM
G: RNA polymerase sigma factor SIGMA-28 (FliA)
H: anti sigma factor FlgM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,9718
ポリマ－151,9718
非ポリマー00
水1,31573
1
A: RNA polymerase sigma factor SIGMA-28 (FliA)
B: anti sigma factor FlgM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9932
ポリマ－37,9932
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area15930 Å2
手法PISA
2
C: RNA polymerase sigma factor SIGMA-28 (FliA)
D: anti sigma factor FlgM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9932
ポリマ－37,9932
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area15590 Å2
手法PISA
3
E: RNA polymerase sigma factor SIGMA-28 (FliA)
F: anti sigma factor FlgM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9932
ポリマ－37,9932
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area15300 Å2
手法PISA
4
G: RNA polymerase sigma factor SIGMA-28 (FliA)
H: anti sigma factor FlgM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9932
ポリマ－37,9932
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area15670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.388, 119.666, 100.056
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
RNA polymerase sigma factor SIGMA-28 (FliA)


分子量: 27735.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67268
#2: タンパク質
anti sigma factor FlgM


分子量: 10257.778 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67268, UniProt: O66683*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 16.2% PEG 8000, 0.09M SODIUM CACODYLATE, 0.18M CALCIUM ACETATE, 3% ISOPROPANOL, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 6.50

-
データ収集

放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 76085 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / Biso Wilson estimate: 26.1 Å2 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
REFMAC5.1.24精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→29.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / Rfactor Rfree error: 0.005 / SU B: 7.523 / SU ML: 0.178 / Data cutoff high absF: 329601.92 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 3388 4.8 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.242 70618 92.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.6271 Å2 / ksol: 0.31168 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.84 Å20 Å211.35 Å2
2---19.55 Å20 Å2
3---13.71 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9037 0 0 73 9110
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.551.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.672
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.342
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.592.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 437 4.2 %
Rwork0.343 9944 -
obs--81.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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